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- PDB-5nh2: Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nh2 | ||||||
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Title | Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin homologue BiaA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE / Fic domain | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of protein adenylylation / AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / regulation of cell division / extracellular region / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dietz, N. / Schirmer, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin homologue BiaA Authors: Dietz, N. / Schirmer, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 156 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 123 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vzaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34425.012 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: bepA, BH13370 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q6G2A9, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases |
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#2: Protein | Mass: 7661.802 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: BH13360 / Production host: ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 / Details: 0.2 M di-Sodium malonate, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 13, 2016 / Details: q |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.321→43.375 Å / Num. obs: 15699 / % possible obs: 94 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.08 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2vza Resolution: 2.321→43.375 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.321→43.375 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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