[日本語] English
万見
- PDB-5ydt: Remodeled Utp30 in 90S pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydt
タイトルRemodeled Utp30 in 90S pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP)
要素
  • 5' ETS RNA
  • Ribosome biogenesis protein UTP30リボソーム生合成
  • Saccharomyces cerevisiae strain ALI 308 18S ribosomal RNA gene, partial sequence
  • Unassigned helices
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome assembly (リボソーム) / 90S pre-ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


90S preribosome / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / cytosolic large ribosomal subunit / 核小体 / RNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / Ribosome biogenesis protein UTP30
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Ye, K. / Zhu, X. / Hu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91540201 中国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Structure and RNA recognition of ribosome assembly factor Utp30.
著者: Jianfei Hu / Xing Zhu / Keqiong Ye /
要旨: The 90S preribosomes are gigantic early assembly intermediates of small ribosomal subunits. Cryo-EM structures of 90S were recently determined, but many of its components have not been accurately ...The 90S preribosomes are gigantic early assembly intermediates of small ribosomal subunits. Cryo-EM structures of 90S were recently determined, but many of its components have not been accurately modeled. Here we determine the crystal structure of yeast Utp30, a ribosomal L1 domain-containing protein in 90S, at 2.65 Å resolution, revealing a classic two-domain fold. The structure of Utp30 fits well into the cryo-EM density of 90S, confirming its previously assigned location. Utp30 binds to the rearranged helix 41 of 18S rRNA and helix 4 of 5' external transcribed spacer in 90S. Comparison of RNA-binding modes of different L1 domains illustrates that they consistently recognize a short RNA duplex with the concaved surface of domain I, but are versatile in RNA recognition outside the core interface. Cic1 is a paralog of Utp30 associating with large subunit preribosomes. Utp30 and Cic1 share similar RNA-binding modes, suggesting that their distinct functions may be executed by a single protein in other organisms. Deletion of Utp30 does not affect the composition of 90S. The nonessential role of Utp30 could be ascribed to its peripheral localization and redundant interactions in 90S.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年2月28日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6696
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6696
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
U5: Ribosome biogenesis protein UTP30
SA: Saccharomyces cerevisiae strain ALI 308 18S ribosomal RNA gene, partial sequence
5A: 5' ETS RNA
UC: Unassigned helices


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2264
ポリマ－61,2264
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein UTP30 / リボソーム生合成 / U3 snoRNP-associated protein UTP30


分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36144
#2: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae strain ALI 308 18S ribosomal RNA gene, partial sequence / 18S ribosomal RNA


分子量: 20614.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 33334408
#3: RNA鎖 5' ETS RNA


分子量: 6031.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#4: タンパク質・ペプチド Unassigned helices


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.4 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73543 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る