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万見
- PDB-5xn5: Homo-dimer crystal structure of geranylgeranyl diphosphate syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xn5
タイトルHomo-dimer crystal structure of geranylgeranyl diphosphate synthases 1 from Oryza sativa
要素Os07g0580900 protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / homo-dimer / lsu-lsu / OSGGPPS1
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyltranstransferase activity / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Os07g0580900 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Wang, C. / Zhou, F. / Lu, S. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: A recruiting protein of geranylgeranyl diphosphate synthase controls metabolic flux toward chlorophyll biosynthesis in rice
著者: Zhou, F. / Wang, C.Y. / Gutensohn, M. / Jiang, L. / Zhang, P. / Zhang, D. / Dudareva, N. / Lu, S.
履歴
登録2017年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Os07g0580900 protein
B: Os07g0580900 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7312
ポリマ－65,7312
非ポリマー00
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.022, 74.118, 71.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Os07g0580900 protein / Putative geranylgeranyl diphosphate synthase / cDNA clone:J023007O22 / full insert sequence / cDNA ...Putative geranylgeranyl diphosphate synthase / cDNA clone:J023007O22 / full insert sequence / cDNA clone:J033030K23


分子量: 32865.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 62-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: Os07g0580900, OJ1301_C12.3, OSNPB_070580900, P0453G03.27
発現宿主: Escherichia coli O103:H2 str. 12009 (大腸菌)
参照: UniProt: Q7XI92
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0 M sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.1 Å / Num. obs: 39062 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E8H

5e8h


解像度: 2.002→38.056 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 1960 5.02 %
Rwork0.187 37091 -
obs0.1884 39051 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.89 Å2 / Biso mean: 33.0425 Å2 / Biso min: 16.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→38.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4322 0 0 226 4548
Biso mean---43.54 -
残基数----569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3745955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7871605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0022-2.05230.31491290.25022423255292
2.0523-2.10780.29271530.228926592812100
2.1078-2.16980.2561300.212826532783100
2.1698-2.23980.21191090.205627042813100
2.2398-2.31990.25751670.195226272794100
2.3199-2.41270.25791200.19426452765100
2.4127-2.52250.20211350.193826852820100
2.5225-2.65550.21481510.196526672818100
2.6555-2.82180.22441400.18726552795100
2.8218-3.03960.20571420.190626552797100
3.0396-3.34530.19341290.178626932822100
3.3453-3.8290.17831520.175826602812100
3.829-4.82260.19471590.159426772836100
4.8226-38.06290.21681440.19072688283298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9781 Å / Origin y: 12.9069 Å / Origin z: 19.2809 Å
111213212223313233
T0.1246 Å20.0008 Å20.002 Å2-0.1932 Å2-0.0044 Å2--0.1573 Å2
L0.3052 °20.2077 °2-0.0582 °2-2.0448 °2-0.6824 °2--0.5454 °2
S-0.0003 Å °0.0385 Å °-0.0157 Å °-0.0731 Å °-0.0226 Å °-0.1419 Å °0.0388 Å °-0.0026 Å °0.0196 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 305
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 305
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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