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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i9a
タイトルCrystal Structure of Sus scrofa Quinolinate Phosphoribosyltransferase in Complex with Nicotinate Mononucleotide
要素quinolinate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Nicotinate metabolism / quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD+ biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 ...Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Youn, H.-S. / Kim, M.-K. / Kang, K.B. / Kim, T.G. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Lee, Y. / Kang, J.Y. / Song, H.E. ...Youn, H.-S. / Kim, M.-K. / Kang, K.B. / Kim, T.G. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Lee, Y. / Kang, J.Y. / Song, H.E. / Park, I. / Cho, C. / Fukuoka, S. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Sus scrofa quinolinate phosphoribosyltransferase in complex with nicotinate mononucleotide
著者: Youn, H.-S. / Kim, M.-K. / Kang, G.B. / Kim, T.G. / Lee, J.-G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Lee, Y. / Kang, J.Y. / Song, H.E. / Park, I. / Cho, C. / Fukuoka, S. / Eom, S.H.
履歴
登録2012年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: quinolinate phosphoribosyltransferase
B: quinolinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4794
ポリマ－59,8092
非ポリマー6702
水1,74797
1
A: quinolinate phosphoribosyltransferase
B: quinolinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: quinolinate phosphoribosyltransferase
B: quinolinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: quinolinate phosphoribosyltransferase
B: quinolinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,43812
ポリマ－179,4266
非ポリマー2,0116
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area31040 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area55410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.106, 119.106, 93.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-424-

HOH

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要素

#1: タンパク質 quinolinate phosphoribosyltransferase


分子量: 29904.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: I3LK75*PLUS, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-NCN / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / NAMN


分子量: 335.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14NO9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN WAS DIRECTLY PURIFIED FROM PORCINE KIDNEY. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS ...THE PROTEIN WAS DIRECTLY PURIFIED FROM PORCINE KIDNEY. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器日付: 2004年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→50 Å / Num. obs: 45417 / Biso Wilson estimate: 37.19 Å2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JBM

2jbm


解像度: 2.096→34.686 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8185 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 2222 4.92 %
Rwork0.2149 --
obs0.217 45199 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.22 Å2 / Biso mean: 32.4461 Å2 / Biso min: 10 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→34.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4202 0 44 97 4343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3515920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4631542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0964-2.1420.21941490.1642580272998
2.142-2.19180.22381330.167927002833100
2.1918-2.24660.23351210.182826962817100
2.2466-2.30740.26291620.186626092771100
2.3074-2.37520.23091320.182826792811100
2.3752-2.45190.23251130.174326872800100
2.4519-2.53950.24771490.194426842833100
2.5395-2.64110.25341240.207126992823100
2.6411-2.76130.28041480.209626822830100
2.7613-2.90680.29821290.229326982827100
2.9068-3.08880.28921330.244826782811100
3.0888-3.32710.28891590.250426852844100
3.3271-3.66160.29891340.239427042838100
3.6616-4.19070.24191590.196527142873100
4.1907-5.27690.24161420.200327372879100
5.2769-34.69040.24281350.23872745288096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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