PDB-5wkv: Structure of an acid sensing ion channel in a resting state with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wkv

タイトル

Structure of an acid sensing ion channel in a resting state with calcium

要素

Acid-sensing ion channel 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Ion channel / ASIC / ASIC1a / Sodium channel / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Yoder, N. / Gouaux, E.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	5T32DK007680	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	5F31NS096782	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	5R01NS038631	米国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Gating mechanisms of acid-sensing ion channels.
著者: Nate Yoder / Craig Yoshioka / Eric Gouaux /

要旨: Acid-sensing ion channels (ASICs) are trimeric, proton-gated and sodium-selective members of the epithelial sodium channel/degenerin (ENaC/DEG) superfamily of ion channels and are expressed ...

履歴

登録	2017年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wkv.cif.gz	495 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wkv.ent.gz	408.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wkv_validation.pdf.gz	1006.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wkv_full_validation.pdf.gz	1022 KB	表示
XML形式データ	5wkv_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	5wkv_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wkv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7009C 5wkuC 6aveC 2qtsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wkx-d 5wky-d 5wku-d 7cfs-d 30346 4nyk-1 6urg-d 5y58-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acid-sensing ion channel 1

C: Acid-sensing ion channel 1

B: Acid-sensing ion channel 1

ヘテロ分子

153 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.180, 133.700, 157.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal

分子量: 50241.160 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1XA76

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 150 mM NaCl, 19% PEG 1000, 5 mM CaCl2.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 37779 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.76 % / CC_1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 7.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2597: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QTS

2qts

解像度: 3.2→24.951 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 36.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2971	1877	4.98 %
R_work	0.287	-	-
obs	0.2875	37637	94.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9263	0	120	0	9383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9622
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	13144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.261	5698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2438	0.4325	127	0.428	2512	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2438-3.29	0.4488	142	0.426	2601	X-RAY DIFFRACTION	94
3.29-3.339	0.4067	130	0.4195	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
3.339-3.391	0.4082	132	0.4258	2595	X-RAY DIFFRACTION	93
3.391-3.4465	0.4319	138	0.4079	2598	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4465-3.5058	0.3733	143	0.4024	2636	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5058-3.5693	0.4374	136	0.3897	2620	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5693-3.6378	0.4774	115	0.4722	2094	X-RAY DIFFRACTION	75
3.6378-3.7118	0.4718	80	0.5061	1617	X-RAY DIFFRACTION	58
3.7118-3.7922	0.3524	134	0.3466	2657	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7922-3.8801	0.3798	142	0.3704	2643	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8801-3.9768	0.3069	131	0.3295	2464	X-RAY DIFFRACTION	89
3.9768-4.0839	0.3505	149	0.3219	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0839-4.2035	0.2912	141	0.2923	2695	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2035-4.3385	0.2516	146	0.2724	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3385-4.4927	0.2373	145	0.249	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4927-4.6715	0.2321	148	0.2337	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6715-4.8826	0.213	147	0.2278	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8826-5.1379	0.2561	145	0.2271	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1379-5.4566	0.263	146	0.238	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4566-5.8729	0.274	143	0.2609	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8729-6.4546	0.2675	147	0.2629	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4546-7.3675	0.2795	141	0.258	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3675-9.2041	0.272	143	0.2255	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
9.2041-24.952	0.2523	146	0.2361	2786	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9111	-2.3741	0.5351	1.5311	-2.9849	4.2052	-0.4706	-0.2152	0.1345	0.6254	0.4806	-0.3525	0.3952	-0.4588	-0.1792	1.3225	-0.0022	-0.5394	1.5825	-0.058	1.2235	19.7635	-8.569	21.9402
2	0.2171	-1.4831	-0.8794	1.492	2.1343	8.4207	0.1442	1.0255	0.4525	-0.6907	0.1532	-0.0847	-0.7411	0.0636	-0.3333	0.8616	-0.1189	-0.0735	2.035	-0.0679	0.8018	-13.727	4.6984	-36.4134
3	5.6477	2.6924	1.1263	4.926	2.5703	7.9055	-0.1569	0.5823	0.0288	-0.6483	0.2676	-0.1334	-0.2689	0.1182	-0.0993	0.766	-0.0618	0.0614	1.4992	-0.0158	0.6861	-13.467	12.2335	-17.7944
4	1.7166	0.8254	0.7041	0.3278	0.7744	2.0639	-0.1656	-0.0677	0.4915	-0.187	0.5785	-0.7844	0.0257	2.8599	0.0006	1.0232	-0.0533	0.0406	2.5906	-0.2484	0.9239	10.3877	5.7065	-5.0862
5	4.8799	2.3431	1.3814	0.2205	-0.6718	4.1444	0.1236	1.0771	-0.822	0.0374	0.1831	-0.4049	0.5322	1.2372	-0.3436	0.9684	0.1027	-0.0285	1.696	-0.2134	0.7351	-7.368	4.6324	-21.1021
6	3.0391	-1.2221	1.0798	1.3491	-0.4986	2.5444	-0.6925	-0.6875	0.2608	0.417	0.5715	-0.4947	-0.1441	-0.8341	0.2052	0.983	-0.0564	-0.1679	1.6868	-0.0402	1.0971	18.7506	1.4922	16.8467
7	5.3093	0.4175	1.1098	-0.893	0.9912	0.086	-0.0099	-0.7064	2.6083	-0.4518	-0.9397	-1.2691	-0.141	-0.4514	0.7745	1.1195	-0.0508	-0.2438	2.4335	0.3725	0.7303	22.0757	7.4466	20.329
8	4.3627	-2.623	1.7935	5.3194	0.1905	0.6229	0.2764	-0.1726	0.6057	-0.2384	-0.5874	0.8663	-0.1496	-1.0498	0.3393	1.0708	0.2987	0.13	2.1539	-0.1469	1.2519	-39.2784	19.5848	3.5861
9	5.6578	-0.3561	0.4107	4.1797	-1.3656	6.3382	-0.1097	-0.9492	0.1463	0.2943	-0.259	-0.0069	-0.3297	-0.7128	0.2845	0.7056	-0.1159	0.089	1.3353	-0.2565	0.7002	-28.8755	8.1365	3.4105
10	7.1618	0.6615	-1.4121	1.6794	-3.2149	6.8084	-0.7002	-0.9034	2.2627	1.48	1.3689	-0.4307	1.1586	-1.6438	-0.1233	1.3192	0.3346	-0.6492	1.543	-0.3831	1.3544	-11.535	17.9101	19.314
11	7.8443	-1.0828	1.2678	7.733	-0.9153	2.507	-1.0772	-3.2464	1.736	-0.539	-0.2878	-2.0169	-0.417	0.0336	1.3109	1.5531	0.149	-0.1286	1.9386	-0.359	2.031	-24.5402	32.9495	9.3008
12	6.2999	-0.1874	2.747	1.0402	0.2843	2.885	-0.4901	-1.9558	0.3003	0.2671	0.1274	-0.1721	-0.0194	-0.4367	0.3297	0.8258	-0.0083	-0.023	2.0009	0.0396	0.7739	-10.0543	4.134	12.6703
13	2.9668	1.1399	0.6897	1.3363	1.0929	2.0129	0.5358	-0.0408	-1.2923	0.1089	-0.0771	-0.1951	0.814	-0.3706	-0.4066	1.3401	-0.0915	-0.2152	1.1313	0.1004	1.2371	-19.3468	-15.1111	3.8751
14	6.0055	0.7604	1.1019	6.3566	1.0075	4.5553	0.5241	0.3677	-0.4223	-0.1418	0.1017	0.1544	0.5976	-0.1026	-0.5676	0.826	-0.0978	-0.1342	1.1804	-0.1102	0.6827	-22.0708	-13.8598	-7.0691
15	6.3593	2.1114	1.1444	4.3561	-2.6443	0.6355	-1.1914	-2.7955	-0.182	-1.0417	0.1026	1.2857	0.3345	-0.547	0.7658	1.5433	-0.5804	-0.2309	1.8528	0.409	1.8102	-20.1252	-23.108	12.9536
16	5.6444	-0.253	2.417	3.1875	-0.0084	5.7968	0.216	0.4493	-0.7152	0.3005	-0.7111	0.2288	1.6375	-1.6684	0.4576	0.9743	-0.3756	-0.005	1.6879	-0.2687	0.7504	-17.5872	-6.4629	-10.5821
17	4.9711	0.6453	2.5098	1.8697	0.3057	5.979	-0.2091	0.6667	0.8608	-0.0418	-0.5418	-0.1265	0.4347	0.6421	0.6682	0.7706	-0.2386	-0.0112	0.541	0.1386	0.7972	-9.9247	-7.8889	-2.9907
18	0.5498	-0.3585	-0.8418	5.2203	5.3887	6.2533	-1.5484	2.0257	-0.5225	1.7222	-1.1928	-0.1845	0.8322	-0.8366	1.0322	1.9331	-0.0018	-0.314	2.5663	0.1571	0.9746	25.5947	-5.6725	43.0988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 42:81)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 82:163)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 164:278)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 279:302)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 303:407)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 408:458)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 42:81)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 82:205)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 206:281)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 282:311)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 312:359)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 360:459)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 42:190)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 191:278)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 279:363)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 364:389)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 390:435)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 436:459)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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