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- PDB-5w10: Lcd1 GAF domain in complex with cAMP ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w10
タイトルLcd1 GAF domain in complex with cAMP ligand
要素cGMP-specific phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GAF domain / cAMP binding domain / Effector domain / Regulates the DGC activity of the GGDEF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cGMP-specific phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (Leptospira interrogans)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Guzzo, C.R. / Maciel, N.K. / Barbosa, A.S. / Farah, C.S.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/084147 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/18664-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/06650-7 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474907/2013-9 ブラジル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural and Enzymatic Characterization of a cAMP-Dependent Diguanylate Cyclase from Pathogenic Leptospira Species.
著者: da Costa Vasconcelos, F.N. / Maciel, N.K. / Favaro, D.C. / de Oliveira, L.C. / Barbosa, A.S. / Salinas, R.K. / de Souza, R.F. / Farah, C.S. / Guzzo, C.R.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific phosphodiesterase
B: cGMP-specific phosphodiesterase
C: cGMP-specific phosphodiesterase
D: cGMP-specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2678
ポリマ－88,9504
非ポリマー1,3174
水6,233346
1
A: cGMP-specific phosphodiesterase
D: cGMP-specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1334
ポリマ－44,4752
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
2
B: cGMP-specific phosphodiesterase
C: cGMP-specific phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1334
ポリマ－44,4752
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.190, 119.995, 62.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A4 - 174
2010B4 - 174
1020A3 - 174
2020C3 - 174
1030A3 - 174
2030D3 - 174
1040B4 - 173
2040C4 - 173
1050B4 - 174
2050D4 - 174
1060C1 - 174
2060D1 - 174

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
cGMP-specific phosphodiesterase


分子量: 22237.525 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (strain Fiocruz L1-130) (Leptospira interrogans)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC_13137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: Q72MQ6
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium citrate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 93522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.944 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22519 2498 5.1 %RANDOM
Rwork0.19463 ---
obs0.19617 46800 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å2-0 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5479 0 88 346 5913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.54727881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4313063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7925722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91724.521261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.429151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5951534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0573.9032780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0513.9022779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6165.8283475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6155.833476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8064.3583034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8054.3583035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9396.3364386
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.00631.2156854
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.97231.0566721
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A105840.09
12B105840.09
21A95720.16
22C95720.16
31A95200.16
32D95200.16
41B95840.16
42C95840.16
51B94700.16
52D94700.16
61C103300.1
62D103300.1
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 185 -
Rwork0.329 3315 -
obs--97.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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