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- PDB-5w0k: Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0k
タイトルCrystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain
要素
  • CL40 IgG heavy chain
  • CL40 IgG light chain
  • Envelope glycoprotein H
  • Envelope glycoprotein L
  • Glycoprotein 42糖タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune system (ウイルス性) / receptor binding (受容体) / herpesvirus entry / Epstein-Barr Virus (エプスタイン・バール・ウイルス) / membrane fusion / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-Immune system complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / carbohydrate binding / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal ...Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / 抗体 / Roll / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein 42 / Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sathiyamoorthy, K. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119480 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI076183 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA117794 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Inhibition of EBV-mediated membrane fusion by anti-gHgL antibodies.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Jiang, J. / Mohl, B.S. / Chen, J. / Zhou, Z.H. / Longnecker, R. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
H: CL40 IgG heavy chain
L: CL40 IgG light chain
X: Glycoprotein 42
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L
E: CL40 IgG heavy chain
F: CL40 IgG light chain
Y: Glycoprotein 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,70810
ポリマ－273,70810
非ポリマー00
水0
1
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
H: CL40 IgG heavy chain
L: CL40 IgG light chain
X: Glycoprotein 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8545
ポリマ－136,8545
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L
E: CL40 IgG heavy chain
F: CL40 IgG light chain
Y: Glycoprotein 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8545
ポリマ－136,8545
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.380, 133.130, 254.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12(chain B and resid 25 through 130)
22chain D
13(chain E and (resid 1 through 130 or resid 135 through 216))
23(chain H and resid 1 through 216)
14(chain F and resid 1 through 210)
24chain L
15(chain X and resid 51 through 81)
25chain Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUTYRTYRchain AAA20 - 6741 - 655
211LEULEUTYRTYRchain CCF20 - 6741 - 655
112ALAALAARGARG(chain B and resid 25 through 130)BB25 - 1302 - 107
212ALAALAARGARGchain DDG25 - 1302 - 107
113GLUGLUGLYGLY(chain E and (resid 1 through 130 or resid 135 through 216))EH1 - 1301 - 130
123THRTHRARGARG(chain E and (resid 1 through 130 or resid 135 through 216))EH135 - 216135 - 216
213GLUGLUARGARG(chain H and resid 1 through 216)HC1 - 2161 - 216
114ASPASPASNASN(chain F and resid 1 through 210)FI1 - 2101 - 210
214ASPASPASNASNchain LLD1 - 2101 - 210
115GLUGLUTRPTRP(chain X and resid 51 through 81)XE51 - 815 - 35
215GLUGLUTRPTRPchain YYJ51 - 815 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 73225.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-679 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gH, BXLF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 12589.231 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-137 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gL, BKRF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03212
#3: 抗体 CL40 IgG heavy chain


分子量: 23347.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株 (発現宿主): CL40 hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 CL40 IgG light chain


分子量: 23601.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株 (発現宿主): CL40 hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: タンパク質・ペプチド Glycoprotein 42 / 糖タンパク質 / gp42


分子量: 4090.565 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-81 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P03205

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
解説: Initial crystals appear as stacked plates in PEG3350 as growth precipitant, optimized crystals grew in PEG4000 as precipitant and are in the shape of a small and irregularly shaped rhombohedron
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000
Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryojet
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.19 Å / Num. obs: 60129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Net I/σ(I): 11.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PHF, 2XQY

3phf

2xqy


解像度: 3.1→22.763 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 2707 4.99 %
Rwork0.2416 51571 -
obs0.2445 54278 90.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.62 Å2 / Biso mean: 67.6934 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→22.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18663 0 0 0 18663
残基数----2410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62725986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.65111427
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7652X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
12C7652X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
21B1030X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
22D1030X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
31E2316X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
32H2316X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
41F2276X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
42L2276X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
51X317X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
52Y317X-RAY DIFFRACTION13.708TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.15630.3751810.33151586166754
3.1563-3.21680.4034920.30761799189160
3.2168-3.28230.38731040.29881988209268
3.2823-3.35350.34691200.29632193231374
3.3535-3.43120.33161260.27112415254181
3.4312-3.51670.33221310.2752599273088
3.5167-3.61150.29441510.27692851300296
3.6115-3.71730.32111570.26929783135100
3.7173-3.83670.30631570.263529823139100
3.8367-3.97320.38561560.24129533109100
3.9732-4.13130.33571570.238829803137100
4.1313-4.31820.24841580.212630013159100
4.3182-4.54410.24321570.199829933150100
4.5441-4.82630.26631590.198530143173100
4.8263-5.19480.23671580.205329903148100
5.1948-5.71010.30281600.222830353195100
5.7101-6.51930.29241600.246330533213100
6.5193-8.15050.30251600.258430693229100
8.1505-22.76310.27581630.23083092325597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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