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万見
- PDB-5oup: Structure of TgPLP1 MACPF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oup
タイトルStructure of TgPLP1 MACPF domain
要素Perforin-like protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Toxoplasma / cell egress / MACPF domain
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme membrane / exit from host cell / symbiont-containing vacuole membrane / wide pore channel activity / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Perforin-like protein 1 / Perforin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ni, T. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000331/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Structures of monomeric and oligomeric forms of theToxoplasma gondiiperforin-like protein 1.
著者: Ni, T. / Williams, S.I. / Rezelj, S. / Anderluh, G. / Harlos, K. / Stansfeld, P.J. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3342
ポリマ－39,1131
非ポリマー2211
水1,76598
1
A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,33814
ポリマ－273,7897
非ポリマー1,5487
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-y,x-y,z-1/31
crystal symmetry operation3_554-x+y,-x,z-2/31
crystal symmetry operation4_554-x,-y,z-1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-5/61
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)104.860, 104.860, 52.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Perforin-like protein 1


分子量: 39112.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: PLP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3G7T1, UniProt: V5BCL0*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 10% isopropanol, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0719 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0719 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→90.81 Å / Num. obs: 21264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Net I/σ(I): 13.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03→52.43 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 965 4.54 %
Rwork0.1913 --
obs0.193 21265 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→52.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 14 98 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.573003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2031320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0302-2.13730.26181560.25172877X-RAY DIFFRACTION100
2.1373-2.27120.28541380.24022866X-RAY DIFFRACTION100
2.2712-2.44650.26011530.25192852X-RAY DIFFRACTION100
2.4465-2.69270.27811220.22022913X-RAY DIFFRACTION100
2.6927-3.08230.28861430.20712894X-RAY DIFFRACTION100
3.0823-3.88320.21971230.16922917X-RAY DIFFRACTION100
3.8832-52.44750.18591300.16622981X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4227-0.7176-0.25062.80371.27441.4458-0.085-0.2209-0.29120.270.01880.19050.0908-0.02210.05920.30520.0157-0.03110.2901-0.01050.2968-22.925329.66975.97
22.80780.6239-1.18571.9203-0.66472.6142-0.2415-0.24890.0923-0.0318-0.00490.31820.2401-0.04850.22130.3124-0.0323-0.04580.2824-0.09130.3649-22.675115.4607-1.6571
34.0694-1.088-1.27923.9555-0.08982.9789-0.05080.28860.2055-0.3006-0.1098-0.3829-0.19030.04160.09480.3193-0.0097-0.04560.27940.0140.2813-10.327231.2204-8.3214
47.1086-0.1387-2.07242.19820.95782.1796-0.01360.2178-0.00110.0022-0.19260.1337-0.0251-0.13660.27540.26190.0421-0.06910.3257-0.03420.2248-15.022118.8242-3.0633
54.63970.0188-0.83163.0423-0.95934.04640.1070.06550.56820.0856-0.0506-0.1845-0.9291-0.0693-0.04940.6570.0997-0.04250.3054-0.06170.3692-22.973350.04482.8618
66.4774-1.0027-0.8181.7519-0.5023.1197-0.0843-0.5466-0.4390.1023-0.1441-0.22560.08880.4380.02170.2401-0.0396-0.05320.2436-0.0250.2834-7.822220.45160.5839
74.1147-0.2967-0.65824.7836-0.95882.51520.01330.02-0.33780.0286-0.1551-0.0717-0.0846-0.16530.0560.24110.0147-0.02550.254-0.04720.2025-21.309433.67560.511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 465 through 517 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 518 through 537 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 538 through 581 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 582 through 598 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 599 through 663 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 664 through 747 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 748 through 800 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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