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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vlj | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4 | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / cytoplasmic dynein / lis1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule sliding / karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / microtubule associated complex ...microtubule sliding / karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / microtubule associated complex / spindle pole body / dynein intermediate chain binding / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / spindle pole / cell cortex / microtubule / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cianfrocco, M.A. / DeSantis, M.E. / Htet, Z.M. / Tran, P.T. / Reck-Peterson, S.L. / Leschziner, A.E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Lis1 Has Two Opposing Modes of Regulating Cytoplasmic Dynein. 著者: Morgan E DeSantis / Michael A Cianfrocco / Zaw Min Htet / Phuoc Tien Tran / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner / 要旨: Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a ...Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a conserved regulator of dynein, binds to its motor domain and induces a tight microtubule-binding state in dynein. The work we present here-a combination of biochemistry, single-molecule assays, and cryoelectron microscopy-led to the surprising discovery that Lis1 has two opposing modes of regulating dynein, being capable of inducing both low and high affinity for the microtubule. We show that these opposing modes depend on the stoichiometry of Lis1 binding to dynein and that this stoichiometry is regulated by the nucleotide state of dynein's AAA3 domain. The low-affinity state requires Lis1 to also bind to dynein at a novel conserved site, mutation of which disrupts Lis1's function in vivo. We propose a new model for the regulation of dynein by Lis1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vlj.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vlj.ent.gz | 853.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vlj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vlj_validation.pdf.gz | 784.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vlj_full_validation.pdf.gz | 817.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vlj_validation.xml.gz | 79.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vlj_validation.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 272666.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1448-3028,3298-4092 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DYN1, DHC1, YKR054C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36022 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 40645.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PAC1, LIS1, SCY_5321 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZPA6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.444 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.23 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: No grid pretreatment / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil UltrAuFoil 1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 276 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4826 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27807 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 800 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |