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- EMDB-8706: Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8706
タイトルCryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4
マップデータYeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4
試料
  • 複合体: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, cytoplasmic
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear distribution protein PAC1
キーワードcytoplasmic dynein / lis1 / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule sliding / karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / microtubule associated complex ...microtubule sliding / karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / microtubule associated complex / dynein intermediate chain binding / nuclear migration / dynein complex binding / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / spindle pole / cell cortex / microtubule / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / : / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain ...Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / : / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear distribution protein PAC1 / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Cianfrocco MA / DeSantis ME
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107214 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100947 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Lis1 Has Two Opposing Modes of Regulating Cytoplasmic Dynein.
著者: Morgan E DeSantis / Michael A Cianfrocco / Zaw Min Htet / Phuoc Tien Tran / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner /
要旨: Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a ...Regulation is central to the functional versatility of cytoplasmic dynein, a motor involved in intracellular transport, cell division, and neurodevelopment. Previous work established that Lis1, a conserved regulator of dynein, binds to its motor domain and induces a tight microtubule-binding state in dynein. The work we present here-a combination of biochemistry, single-molecule assays, and cryoelectron microscopy-led to the surprising discovery that Lis1 has two opposing modes of regulating dynein, being capable of inducing both low and high affinity for the microtubule. We show that these opposing modes depend on the stoichiometry of Lis1 binding to dynein and that this stoichiometry is regulated by the nucleotide state of dynein's AAA3 domain. The low-affinity state requires Lis1 to also bind to dynein at a novel conserved site, mutation of which disrupts Lis1's function in vivo. We propose a new model for the regulation of dynein by Lis1.
履歴
登録2017年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月23日-
マップ公開2017年9月6日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.071
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.071
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5vlj
  • 表面レベル: 0.071
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 307.2 Å		2.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 307.2 Å		2.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 307.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.071 / ムービー #1: 0.071
最小 - 最大-0.04799215 - 0.18136224
平均 (標準偏差)0.0010077149 (±0.013684663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 307.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z307.200307.200307.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0480.1810.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the pre...

全体名称: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4
要素
  • 複合体: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, cytoplasmic
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear distribution protein PAC1

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超分子 #1: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the pre...

超分子名称: Complex between yeast dynein (AAA3 Walker B) with Lis1 in the presence of ATP.VO4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 444 KDa

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分子 #1: Dynein heavy chain, cytoplasmic

分子名称: Dynein heavy chain, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 272.66625 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: VQFYWLDLYG ILGENLDIQN FLPLETSKFK SLTSEYKMIT TRAFQLDTTI EVIHIPNFDT TLKLTIDSLK MIKSSLSTFL ERQRRQFPR FYFLGNDDLL KIIGSGKHHD QVSKFMKKMF GSIESIIFFE DSITGVRSVE GEVLNLNEKI ELKDSIQAQE W LNILDTEI ...文字列:
VQFYWLDLYG ILGENLDIQN FLPLETSKFK SLTSEYKMIT TRAFQLDTTI EVIHIPNFDT TLKLTIDSLK MIKSSLSTFL ERQRRQFPR FYFLGNDDLL KIIGSGKHHD QVSKFMKKMF GSIESIIFFE DSITGVRSVE GEVLNLNEKI ELKDSIQAQE W LNILDTEI KLSVFTQFRD CLGQLKDGTD IEVVVSKYIF QAILLSAQVM WTELVEKCLQ TNEFSKYWKE VDMKIKGLLD KL NKSSDNV KKKIEALLVE YLHFNNVIGQ LKNCSTKEEA RLLWAKVQKF YQKNDTLDDL NSVFISQSGY LLQYKFEYIG IPE RLIYTP LLLVGFATLT DSLHQKYGGC FFGPAGTGKT ETVKAFGQNL GRVVVVFNCD DSFDYQVLSR LLVGITQIGA WGCF DEFNR LDEKVLSAVS ANIQQIQNGL QVGKSHITLL EEETPLSPHT AVFITLNPGY NGRSELPENL KKSFREFSMK SPQSG TIAE MILQIMGFED SKSLASKIVH FLELLSSKCS SMNHYHFGLR TLKGVLRNCS PLVSEFGEGE KTVVESLKRV ILPSLG DTD ELVFKDELSK IFDSAGTPLN SKAIVQCLKD AGQRSGFSMS EEFLKKCMQF YYMQKTQQAL ILVGKAGCGK TATWKTV ID AMAIFDGHAN VVYVIDTKVL TKESLYGSML KATLEWRDGL FTSILRRVND DITGTFKNSR IWVVFDSDLD PEYVEAMN S VLDDNKILTL PNGERLPIPP NFRILFETDN LDHTTPATIT RCGLLWFSTD VCSISSKIDH LLNKSYEALD NKLSMFELD KLKDLISDSF DMASLTNIFT CSNDLVHILG VRTFNKLETA VQLAVHLISS YRQWFQNLDD KSLKDVITLL IKRSLLYALA GDSTGESQR AFIQTINTYF GHDSQELSDY STIVIANDKL SFSSFCSEIP SVSLEAHEVM RPDIVIPTID TIKHEKIFYD L LNSKRGII LCGPPGSGKT MIMNNALRNS SLYDVVGINF SKDTTTEHIL SALHRHTNYV TTSKGLTLLP KSDIKNLVLF CD EINLPKL DKYGSQNVVL FLRQLMEKQG FWKTPENKWV TIERIHIVGA CNPPTDPGRI PMSERFTRHA AILYLGYPSG KSL SQIYEI YYKAIFKLVP EFRSYTEPFA RASVHLYNEC KARYSTGLQS HYLFSPRELT RLVRGVYTAI NTGPRQTLRS LIRL WAYEA WRIFADRLVG VKEKNSFEQL LYETVDKYLP NQDLGNISST SLLFSGLLSL DFKEVNKTDL VNFIEERFKT FCDEE LEVP MVIHESMVDH ILRIDRALKQ VQGHMMLIGA SRTGKTILTR FVAWLNGLKI VQPKIHRHSN LSDFDMILKK AISDCS LKE SRTCLIIDES NILETAFLER MNTLLANADI PDLFQGEEYD KLLNNLRNKT RSLGLLLDTE QELYDWFVGE IAKNLHV VF TICDPTNNKS SAMISSPALF NRCIINWMGD WDTKTMSQVA NNMVDVVPME FTDFIVPEVN KELVFTEPIQ TIRDAVVN I LIHFDRNFYQ KMKVGVNPRS PGYFIDGLRA LVKLVTAKYQ DLQENQRFVN VGLEKLNESV SLTFEKERWL NTTKQFSKT SQELIGNCII SSIYETYFGH LNERERGDML VILKRLLGKF AVKYDVNYRF IDYLVTLDEK MKWLECGLDK NDYFLENMSI VMNSQDAVP FLLDPSSHMI TVISNYYGNK TVLLSFLEEG FVKRLENAVR FGSVVIIQDG EFFDPIISRL ISREFNHAGN R VTVEIGDH EVDVSGDFKL FIHSCDPSGD IPIFLRSRVR LVHFVTNKES IETRIFDITL TEENAEMQRK REDLIKLNTE YR LKLKNLE KRLLEELNNS QGNMLENDEL MVTLNNLKKE AMNIEKKLSE SEEFFPQFDN LVEEYSIIGK HSVKIFSMLE KFG QFHWFY GISIGQFLSC FKRVFIKKSR ETRAARTRVD EILWLLYQEV YCQFSTALDK KFKMIMAMTM FCLYKFDIES EQYK EAVLT MIGVLSESSD GVPKLTVDTN DDLRYLWDYV TTKSYISALN WFKNEFFVDE WNIADVVANS ENNYFTMASE RDVDG TFKL IELAKASKES LKIIPLGSIE NLNYAQEEIS KSKIEGGWIL LQNIQMSLSW VKTYLHKHVE ETKAAEEHEK FKMFMT CHL TGDKLPAPLL QRTDRVVYED IPGILDTVKD LWGSQFFTGK ISGVWSVYCT FLLSWFHALI TARTRLVPHG FSKKYYF ND CDFQFASVYL ENVLATNSTN NIPWAQVRDH IATIVYGGKI DEEKDLEVVA KLCAHVFCGS DNLQIVPGVR IPQPLLQQ S EEEERARLTA ILSNTIEPAD SLSSWLQLPR ESILDYERLQ AKEVASSTEQ LLQEM

UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic, Dynein heavy chain, cytoplasmic

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分子 #2: Nuclear distribution protein PAC1

分子名称: Nuclear distribution protein PAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 40.645449 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: LKWIPRNLPS CLINVESSVT SVKLHPNLPI VFVATDHGKL YAFDLFNYTI PLASLQSHTK AITSMDVLFT NYTNSSKKNY LVIVTASKD LQIHVFKWVS EECKFQQIRS LLGHEHIVSA VKIWQKNNDV HIASCSRDQT VKIWDFHNGW SLKTFQPHSQ W VRSIDVLG ...文字列:
LKWIPRNLPS CLINVESSVT SVKLHPNLPI VFVATDHGKL YAFDLFNYTI PLASLQSHTK AITSMDVLFT NYTNSSKKNY LVIVTASKD LQIHVFKWVS EECKFQQIRS LLGHEHIVSA VKIWQKNNDV HIASCSRDQT VKIWDFHNGW SLKTFQPHSQ W VRSIDVLG DYIISGSHDT TLRLTHWPSG NGLSVGTGHE FPIEKVKFIH FIEDSPEIRF RTPSTDRYKN WGMQYCVSAS RD RTIKIWE IPLPTLMAHR APIPNPTDSN FRCVLTLKGH LSWVRDISIR GQYLFSCADD KSVRCWDLNT GQCLHVWEKL HTG FVNCLD LDVDFDSNVT PRQMMVTGGL DCKSNVFM

UniProtKB: Nuclear distribution protein PAC1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.23 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil UltrAuFoil 1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 詳細: No grid pretreatment
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4826 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6016

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27807
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 800
得られたモデル

PDB-5vlj:
Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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