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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vl3 | ||||||||||||
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タイトル | CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / therapeutic antibody / Siglec (SIGLEC) / B cell (B細胞) / Fab | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell proliferation / IgM binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of calcium-mediated signaling / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / B cell activation ...negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell proliferation / IgM binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of calcium-mediated signaling / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / B cell activation / immunoglobulin complex / regulation of endocytosis / regulation of immune response / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / recycling endosome / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / エンドソーム / 細胞接着 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 細胞膜 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sicard, T. / Ereno-Orbea, J. / Julien, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Molecular basis of human CD22 function and therapeutic targeting. 著者: June Ereño-Orbea / Taylor Sicard / Hong Cui / Mohammad T Mazhab-Jafari / Samir Benlekbir / Alba Guarné / John L Rubinstein / Jean-Philippe Julien / 要旨: CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause ...CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause autoimmune diseases and blood cancers. Here we report the crystal structure of human CD22 at 2.1 Å resolution, which reveals that specificity for α2-6 sialic acid ligands is dictated by a pre-formed β-hairpin as a unique mode of recognition across sialic acid-binding immunoglobulin-type lectins. The CD22 ectodomain adopts an extended conformation that facilitates concomitant CD22 nanocluster formation on B cells and binding to trans ligands to avert autoimmunity in mammals. We structurally delineate the CD22 site targeted by the therapeutic antibody epratuzumab at 3.1 Å resolution and determine a critical role for CD22 N-linked glycosylation in antibody engagement. Our studies provide molecular insights into mechanisms governing B-cell inhibition and valuable clues for the design of immune modulators in B-cell dysfunction.The B-cell-specific co-receptor CD22 is a therapeutic target for depleting dysregulated B cells. Here the authors structurally characterize the ectodomain of CD22 and present its crystal structure with the bound therapeutic antibody epratuzumab, which gives insights into the mechanism of inhibition of B-cell activation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vl3.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vl3.ent.gz | 949.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8704C 8705C 5vkjC 5vkkC 5vkmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 8分子 ACEHBDFL
#2: 抗体 | 分子量: 24028.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291 #3: 抗体 | 分子量: 24340.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0 |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 QRST
#1: タンパク質 | 分子量: 36802.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD22, SIGLEC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20273 #8: 化合物 | ChemComp-GOL / | |
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-糖 , 4種, 8分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | #7: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→39.345 Å / Num. obs: 65863 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 65.68 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→39.345 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.345 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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