PDB-5uy3: Crystal structure of human Fab PGT144, a broadly reactive and pot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uy3

タイトル

Crystal structure of human Fab PGT144, a broadly reactive and potent HIV-1 neutralizing antibody

要素

Antibody PGT144 Fab heavy chain
Antibody PGT144 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Antibody (抗体) / HIV Env glycoprotein

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Julien, J.-P. / Lee, J.H. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
California HIV/AIDS Research Program Dissertation Award	D12-SRI-353	米国
Scripps CHAVI-ID	UM1 AI100663	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI110657	米国
International AIDS Vaccine Initiative		米国
Bill & Melinda Gates Foundation	OPP1115782 and OPP1084519	米国

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: A Broadly Neutralizing Antibody Targets the Dynamic HIV Envelope Trimer Apex via a Long, Rigidified, and Anionic β-Hairpin Structure.
著者: Jeong Hyun Lee / Raiees Andrabi / Ching-Yao Su / Anila Yasmeen / Jean-Philippe Julien / Leopold Kong / Nicholas C Wu / Ryan McBride / Devin Sok / Matthias Pauthner / Christopher A Cottrell / ...
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV delineate vaccine targets and are prophylactic and therapeutic agents. Some of the most potent bnAbs target a quaternary epitope at the apex of the ...

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uy3.cif.gz	343.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uy3.ent.gz	280.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8643C 8644C 5v8lC 5v8mC 3u1sS 4rqq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rqq-1 3u1s-d 4rqq-3 6e9q-1 4rqq-2 5uxq-1 6e9k-d 6e9q-2 6rlo-2 4n9g-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Antibody PGT144 Fab light chain

H: Antibody PGT144 Fab heavy chain

B: Antibody PGT144 Fab light chain

A: Antibody PGT144 Fab heavy chain

98.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Antibody PGT144 Fab light chain

H: Antibody PGT144 Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Antibody PGT144 Fab light chain

A: Antibody PGT144 Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 67.550, 69.550
Angle α, β, γ (deg.)	82.04, 74.89, 81.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Antibody PGT144 Fab light chain 分子量: 23560.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Antibody PGT144 Fab heavy chain 分子量: 25874.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: JCSG F8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 21292 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U1S

3u1s

解像度: 2.9→36.293 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 30.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2821	1064	5 %
R_work	0.2409	-	-
obs	0.243	21284	96.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	0	0	6856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.619	9541
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.244	4171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.032	0.4131	133	0.3203	2541	X-RAY DIFFRACTION	97
3.032-3.1917	0.3289	133	0.2934	2530	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1917-3.3915	0.3088	135	0.2648	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3915-3.6532	0.3066	132	0.2565	2508	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6532-4.0204	0.2821	132	0.242	2508	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0204-4.6012	0.2648	133	0.2143	2529	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6012-5.7932	0.2071	134	0.2	2524	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7932-36.2959	0.2681	132	0.2223	2514	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0218	0.0116	0.0039	0.022	-0.0105	0.0014	0.011	0.0398	-0.1344	-0.0425	0.0548	0.0041	-0.0007	0.0749	0	0.3759	0.0353	-0.0416	0.5146	-0.063	0.2508	10.3934	-6.7183	26.9997
2	0.0099	-0.022	0.0283	0.0009	-0.0311	0.0188	0.1708	-0.1909	-0.1348	-0.1547	0.0373	0.1924	-0.0932	0.1315	0	0.2353	0.0251	-0.0167	0.3304	-0.2396	0.0619	10.2752	1.4274	26.3122
3	0.0059	-0.0144	0.0044	-0.0165	-0.0262	0.0492	0.1063	0.1062	-0.0346	-0.0324	0.0076	-0.051	-0.0645	-0.1134	0	0.2427	-0.0062	-0.001	0.2079	-0.0069	0.2619	-2.2987	7.9728	58.5671
4	0.0344	0.0133	-0	0.0315	0.0064	-0.0165	0.0489	0.0116	0.0091	0.0863	-0.0775	0.0503	-0.0294	0.0778	-0	0.1805	-0.013	0.005	0.1255	0.0029	0.2043	-2.8689	8.1292	61.1826
5	-0.002	-0.0052	0.0071	-0.0043	-0.0137	0.0111	-0.0782	-0.0151	0.0776	-0.0508	0.0837	0.0428	-0.1154	-0.0787	-0	0.5268	0.0872	0.0916	0.5688	-0.1116	0.4016	-9.8679	14.5082	20.3876
6	-0.0789	0.0166	-0.0035	-0.001	-0.005	0.0152	-0.1703	0.2111	0.1588	-0.2471	-0.3802	-0.2142	0.1752	0.1692	0	-0.7094	0.2275	-0.3363	-0.8353	-0.8949	-0.8441	-6.0857	2.411	14.861
7	0.0001	-0.0217	0.0388	-0.0143	0.025	-0.0044	0.0025	0.0991	-0.2339	0.0746	-0.3028	-0.025	-0.2617	-0.046	-0	0.1577	0.1132	0.0119	-0.3921	-0.0358	0.1369	-6.6486	21.6551	51.1424
8	0.0191	-0.0238	0.025	0.0228	0.0178	0.0346	0.0872	0.1017	-0.1257	0.0166	0.1496	0.0293	0.0588	0.0023	0	0.3065	-0.0867	0.064	0.3546	-0.0202	0.2021	7.2054	33.605	23.5332
9	0.0331	0.016	0.0181	0.0121	-0.0117	-0.0033	0.2088	0.1206	-0.2141	-0.0595	-0.032	-0.2328	-0.1295	-0.1425	0	-0.4384	-0.3223	0.0694	0.3036	0.1089	0.257	7.8734	33.5888	17.8268
10	0.0002	-0.0047	-0.0009	0.0289	0.0121	0.0277	0.1174	0.0343	0.1586	0.1914	-0.0411	0.1503	0.0715	0.1488	0	0.1417	-0.0274	-0.0143	0.1384	0.0452	0.1879	25.0661	39.3036	-10.5953
11	0.045	0.0329	0.0199	0.0452	-0.0204	0.0022	0.0276	-0.0551	-0.0357	-0.0855	-0.0082	-0.0149	0.0372	-0.0407	0	0.3371	0.0185	0.0455	0.1787	0.0452	0.2354	23.5382	36.112	-12.0249
12	0.0028	0.0079	0.0003	0.0027	0.0001	0.0021	-0.0054	0.023	-0.0383	-0.0097	0.0176	-0.0035	0.0061	0.0677	0	0.2288	-0.0873	0.2235	0.4877	-0.0313	0.3752	37.3722	38.3915	22.2988
13	0.004	0.0051	0.0048	0.0031	-0.0018	0.0029	-0.0218	0.0589	0.0381	-0.0355	-0.0134	-0.0742	-0.0237	0.0226	0	0.4006	-0.0047	0.0769	0.234	-0.0087	0.1885	27.3805	46.0765	37.5154
14	0.0058	0.0153	-0.0031	-0.0102	0.0062	-0.0011	0.0036	0.057	0.0134	-0.0363	0.0486	0.0409	0.0893	0.0125	-0	0.1516	0.1037	-0.0409	0.344	0.0531	0.1818	24.4901	33.1705	25.6176
15	-0.001	0.0021	-0.0047	0.0039	-0.0088	0.0035	0.0744	0.0336	-0.1473	-0.0028	0.033	0.0102	0.0051	0.0392	0	0.4664	-0.0793	-0.0161	0.095	0.1565	0.1198	26.7853	29.2903	35.6052
16	-0.0199	0.0532	0.0177	-0.0024	-0.0039	0.0192	0.0861	0.1578	-0.1299	0.144	0.1816	0.0374	0.2097	-0.1076	0	0.0892	0.1417	-0.1534	0.0638	0.1479	-0.0063	28.1557	32.88	32.9478
17	0.0118	0.0056	0.0122	0.0073	0.0058	0.0091	-0.0033	0.1282	0.1289	0.0393	-0.2015	0.1022	0.0515	-0.0087	0	0.3915	-0.0687	-0.0269	0.2968	0.0525	0.1871	19.6014	30.8395	40.5476
18	-0.0149	-0.0583	0.0458	-0.0396	-0.0042	0.0144	0.0392	-0.066	0.0165	0.0627	0.0113	0.0661	-0.0836	0.0539	0	0.1083	-0.0192	0.0203	0.1403	0.0113	0.1754	30.5305	49.1955	-1.7449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 33 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 103 through 160 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 161 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 4 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 33 through 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 117 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 62 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 114 through 150 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 151 through 212 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 4 through 20 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 21 through 32 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 33 through 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 52 through 61 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 62 through 100E)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 100G through 116 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 117 through 218 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)