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万見
- PDB-5u0a: CRISPR RNA-guided surveillance complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u0a
タイトルCRISPR RNA-guided surveillance complex
要素
  • (CRISPR-associated protein, ...) x 4
  • Cse2二セレン化炭素
  • Nontarget Strand
  • Target Strand
  • crRNA
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CRISPR-Cas (CRISPR) / Cascacde / surveillance
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR ...CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR / CRISPR_assoc / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR-associated protein, Cse1 family / CRISPR-associated protein, Cse2 family / CRISPR-associated protein, Cse4 family / CRISPR-associated protein, Cas5e family / CRISPR-associated protein, Cse3 family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
Thermobifida fusca YX (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Xiao, Y. / Luo, M. / Hayes, R.P. / Kim, J. / Ng, S. / Ding, F. / Liao, M. / Ke, A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure Basis for Directional R-loop Formation and Substrate Handover Mechanisms in Type I CRISPR-Cas System.
著者: Yibei Xiao / Min Luo / Robert P Hayes / Jonathan Kim / Sherwin Ng / Fang Ding / Maofu Liao / Ailong Ke /
要旨: Type I CRISPR systems feature a sequential dsDNA target searching and degradation process, by crRNA-displaying Cascade and nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here we present two cryo- ...Type I CRISPR systems feature a sequential dsDNA target searching and degradation process, by crRNA-displaying Cascade and nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here we present two cryo-EM snapshots of the Thermobifida fusca type I-E Cascade: (1) unwinding 11 bp of dsDNA at the seed-sequence region to scout for sequence complementarity, and (2) further unwinding of the entire protospacer to form a full R-loop. These structures provide the much-needed temporal and spatial resolution to resolve key mechanistic steps leading to Cas3 recruitment. In the early steps, PAM recognition causes severe DNA bending, leading to spontaneous DNA unwinding to form a seed-bubble. The full R-loop formation triggers conformational changes in Cascade, licensing Cas3 to bind. The same process also generates a bulge in the non-target DNA strand, enabling its handover to Cas3 for cleavage. The combination of both negative and positive checkpoints ensures stringent yet efficient target degradation in type I CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2016年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, Cse3 family
C: CRISPR-associated protein, Cse1 family
D: CRISPR-associated protein, Cse4 family
E: CRISPR-associated protein, Cse4 family
F: CRISPR-associated protein, Cse4 family
G: CRISPR-associated protein, Cse4 family
H: CRISPR-associated protein, Cse4 family
I: CRISPR-associated protein, Cse4 family
J: Cse2
K: crRNA
L: Cse2
M: Target Strand
N: CRISPR-associated protein, Cas5e family
O: Nontarget Strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,31114
ポリマ－464,31114
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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CRISPR-associated protein, ... , 4種, 9分子 ACDEFGHIN

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, Cse3 family


分子量: 26327.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1588 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ5
#2: タンパク質 CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量: 61433.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ1
#3: タンパク質
CRISPR-associated protein, Cse4 family / Cas7


分子量: 41043.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ3
#7: タンパク質 CRISPR-associated protein, Cas5e family


分子量: 28279.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1589 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ4

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DNA鎖 , 2種, 2分子 MO

#6: DNA鎖 Target Strand


分子量: 15251.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca YX (バクテリア)
#8: DNA鎖 Nontarget Strand


分子量: 12076.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca YX (バクテリア)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JLK

#4: タンパク質 Cse2 / 二セレン化炭素


分子量: 27446.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1591 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ2
#5: RNA鎖 crRNA


分子量: 19790.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) Thermobifida fusca YX (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pcdf
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
グリッドのタイプ: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 31000 X / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 21000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1072

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1-2575_1692: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SPIDER粒子像選択
2SAMUEL粒子像選択
3UcsfImager4画像取得
5RELION1.4CTF補正
8Coot0.8.1モデルフィッティング
10SPIDER初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 303301
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131292 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01330167
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.4241600
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.35417710
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0794700
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0084928

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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