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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qtc | ||||||
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タイトル | Unliganded T. brucei FPPS | ||||||
要素 | Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ) / PanDDA / protein-ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.645 Å | ||||||
データ登録者 | Muenzker, L. / Petrick, J.P. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Unliganded T. brucei FPPS 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qtc.cif.gz | 147.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qtc.ent.gz | 116.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/5qtc | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002101 (1エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of ground state model |
タイプ | ground state |
解説 | X-ray crystallography of TbruFPPS at Novartis, Basel and data collection at SLS beamline X10SA |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 % / Mosaicity: 0.09 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 % w/v PEG 3350, 0.2 M sodium tartrate dibasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.645→56.767 Å / Num. obs: 24792 / % possible obs: 54.1 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 628869 |
反射 シェル | 解像度: 1.645→1.878 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 92960 / Num. unique obs: 5046 / CC1/2: 0.446 / Rpim(I) all: 2.228 / Rrim(I) all: 9.678 / Rsym value: 1.531 / Net I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 8.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdbid 4ryp 解像度: 1.645→56.767 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.81 Å2 / Biso mean: 44.3119 Å2 / Biso min: 15.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.645→56.767 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.6547 Å / Origin y: 11.8524 Å / Origin z: -10.9774 Å
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精密化 TLSグループ |
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