English [日本語]
- PDB-5oom: Structure of a native assembly intermediate of the human mitochon... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5oom
タイトルStructure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA
記述子Ribosomal protein 63,mitochondrial
Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1,mitochondrial
Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
Unknown protein or protein extension
Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
and more 3 items
キーワードRIBOSOME / Ribosome / mitochondria / biogenesis / translation / electron cryomicroscopy
試料の由来Homo sapiens / ヒト
手法電子顕微鏡 (3.03 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Brown, A. / Rathore, S. / Kimanius, D. / Aibara, S. / Bia, X.C. / Rorbach, J. / Amunts, A. / Ramakrishnan, V.
引用Nat. Struct. Mol. Biol., 2017, 24, 866-869

Nat. Struct. Mol. Biol., 2017, 24, 866-869 万見文献
Structures of the human mitochondrial ribosome in native states of assembly.
Alan Brown / Sorbhi Rathore / Dari Kimanius / Shintaro Aibara / Xiao-Chen Bai / Joanna Rorbach / Alexey Amunts / V Ramakrishnan

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年8月8日 / 公開: 2017年9月13日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年9月13日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年9月20日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
1.22017年10月18日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3843
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


表示 / / 立体視:
中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: mitochondrial tRNAVal
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
8: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
e: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
f: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
k: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
l: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
m: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
t: Unknown protein or protein extension
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: MIEF1 upstream open reading frame protein
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,784,461107
ポリマ-1,782,78155
非ポリマ-1,68052
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)318730
ΔGint (kcal/M)-2451
Surface area (Å2)471030
手法PISA

-
構成要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖16S ribosomal RNA


分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: GenBank: 1025814679
#2: RNA鎖mitochondrial tRNAVal


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: GenBank: 1215733170

+
39S ribosomal protein ... , 46種, 46分子 DEFHIJKLMN...

#3: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L2, mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q5T653

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#4: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L3, mitochondrial / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P09001

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#5: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L4, mitochondrial / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BYD3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#6: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L9, mitochondrial / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BYD2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#7: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L10, mitochondrial / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q7Z7H8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#8: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L11, mitochondrial / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y3B7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L13, mitochondrial / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BYD1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#10: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L14, mitochondrial / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q6P1L8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#11: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9P015

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • cellular response to leukemia inhibitory factor (GO: 1990830)
  • mitochondrial translational elongation (GO: 0070125)
  • mitochondrial translational termination (GO: 0070126)
#12: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L16, mitochondrial / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NX20

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#13: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L17, mitochondrial / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NRX2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#14: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L18, mitochondrial / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9H0U6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#15: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L19, mitochondrial / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: P49406

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#16: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L20, mitochondrial / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BYC9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#17: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L21, mitochondrial / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q7Z2W9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#18: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L22, mitochondrial / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NWU5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#19: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L23, mitochondrial / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q16540

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#20: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L24, mitochondrial / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q96A35

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#21: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L27, mitochondrial / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9P0M9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#22: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L28, mitochondrial / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q13084

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#23: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9HD33

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#24: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L30, mitochondrial / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8TCC3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#25: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L32, mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BYC8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#26: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L33, mitochondrial / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O75394

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#27: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L34, mitochondrial / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BQ48

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#28: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L35, mitochondrial / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NZE8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#29: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L37, mitochondrial / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BZE1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#30: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L38, mitochondrial / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q96DV4

細胞要素

生物学的過程

#31: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L39, mitochondrial / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NYK5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#32: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L40, mitochondrial / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NQ50

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#33: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L41, mitochondrial / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8IXM3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#34: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L42, mitochondrial / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9Y6G3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#35: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L43, mitochondrial / MRP-L43 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23457.789 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8N983

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#36: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L44, mitochondrial / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9H9J2, EC: 3.1.26.-

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#37: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L45, mitochondrial / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BRJ2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#38: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L46, mitochondrial / MRP-L46 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9H2W6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#39: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L48, mitochondrial / MRP-L48 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q96GC5

細胞要素

生物学的過程

#40: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L49, mitochondrial / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q13405

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#41: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L50, mitochondrial / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8N5N7

細胞要素

生物学的過程

#42: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L51, mitochondrial / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q4U2R6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#43: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L52, mitochondrial / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q86TS9

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#44: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L53, mitochondrial / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q96EL3

細胞要素

生物学的過程

#45: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L54, mitochondrial / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q6P161

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#46: L型ポリペプチド39S ribosomal protein L55, mitochondrial / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q7Z7F7

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#50: L型ポリペプチド39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NVS2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#51: L型ポリペプチド39S ribosomal protein S30, mitochondrial / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NP92

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
L型ポリペプチド , 7種, 7分子 opqtuvw

#47: L型ポリペプチドRibosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BQC6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#48: L型ポリペプチドPeptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q14197, EC: 3.1.1.29

細胞要素

分子機能

  • aminoacyl-tRNA hydrolase activity (GO: 0004045)
  • translation release factor activity, codon nonspecific (GO: 0016150)

生物学的過程

#49: L型ポリペプチドGrowth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8TAE8

細胞要素

生物学的過程

#52: L型ポリペプチドUnknown protein or protein extension


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens
#53: L型ポリペプチドMitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: Q96EH3

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • negative regulation of mitochondrial translation (GO: 0070130)
  • negative regulation of ribosome biogenesis (GO: 0090071)
  • ribosomal large subunit biogenesis (GO: 0042273)
#54: L型ポリペプチドMIEF1 upstream open reading frame protein


分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: L0R8F8
#55: L型ポリペプチドAcyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Homo sapiens / 参照: UniProt: O14561

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
非ポリマー , 3種, 52分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 49 / : Mg
#57: 化合物ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / : Zn
#58: 化合物ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / : C11H23N2O7PS

-
実験情報

-
実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

-
試料調製

構成要素名称: Mitochondrial ribosome large subunit with assembly factor
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55
由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens
緩衝液詳細: 2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
pH: 7.45
緩衝液成分
ID濃度単位名称Buffer ID
120mMHEPES-KOH1
2100mMPotassium chlorideKCl1
320mMMagnesium acetateMgOAc1
42mMDithiothreitol1
試料詳細: Sample concentration = 100 nM / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 kelvins / 詳細: Sample incubated for 30 s prior to freezing.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後の値): 130841 / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダのモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1-2575_1479: / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing IDImaging IDFitting ID
1RELION2.0PARTICLE SELECTION1
2EPUIMAGE ACQUISITION1
4Gctf0.5CTF CORRECTION1
7UCSF Chimera1.11MODEL FITTING1
9Coot1.11.1MODEL REFINEMENT1
10RELION2.0INITIAL EULER ASSIGNMENT1
12RELION2.0CLASSIFICATION1
13RELION2.0.1RECONSTRUCTION1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.03 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379869 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築温度因子: 85 / 精密化のプロトコル: OTHER / 精密化に使用した空間: REAL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 3J9M
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01695158
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.267134073
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.00255226
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07115559
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00812974

+
万見について

-
お知らせ

-
2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る