+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ocr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the kappa-carrageenase zobellia_236 from Zobellia galactanivorans | |||||||||
要素 | Kappa-carrageenase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside hydrolase 16 (グリコシダーゼ) / kappa-carrageenase / beta-jellyroll / marine polysaccharidase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Zobellia galactanivorans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Czjzek, M. / Matard-Mann, M. / Michel, G. / Jeudy, A. / Larocque, R. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Structural insights into marine carbohydrate degradation by family GH16 kappa-carrageenases. 著者: Matard-Mann, M. / Bernard, T. / Leroux, C. / Barbeyron, T. / Larocque, R. / Prechoux, A. / Jeudy, A. / Jam, M. / Nyvall Collen, P. / Michel, G. / Czjzek, M. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ocr.cif.gz | 490.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ocr.ent.gz | 403 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ocr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 30 - 307 / Label seq-ID: 9 - 286
NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33510.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The discrepancies to the coordinate file are due to sequencing errors of the Uniprot entry (the sequence was deposited in early sequencing days). The GenBank sequence CAZ94309.1 is part of a ...詳細: The discrepancies to the coordinate file are due to sequencing errors of the Uniprot entry (the sequence was deposited in early sequencing days). The GenBank sequence CAZ94309.1 is part of a more recent genome sequencing project - and that has the exact same sequence as our crystal structure 由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア) 遺伝子: cgkA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O84907, UniProt: G0L921*PLUS, kappa-carrageenase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 % / 解説: rather thin, long and rectangular plates |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27-29 % PEG 3350, 100 mM MES buffer at pH 6.5, 0.3 M NaNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: optical mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→81.7 Å / Num. obs: 132172 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.98 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/av σ(I): 11.97 / Net I/σ(I): 11.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 20564 / CC1/2: 0.771 / % possible all: 90.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DYP 解像度: 1.66→81.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.029 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.66→81.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|