PDB-3kol: Crystal structure of a glyoxalase/dioxygenase from Nostoc punctiforme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kol

タイトル

Crystal structure of a glyoxalase/dioxygenase from Nostoc punctiforme

要素

Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / metal ion binding / bleomycin resistance / NYSGXRC / PSI2 / Dioxygenase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

lactoylglutathione lyase activity / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glyoxalase/dioxygenase from Nostoc punctiforme
著者: Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2009年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kol.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kol.ent.gz	30.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3kol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3kol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lii-d 2oi0-d 5ocr-4 5ocr-1 7l9i-3 6b56-d 2c21-3 5t9x-3 4ywy-1 5no7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11005o

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.382, 50.382, 138.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- CO
2	1	A-246- HOH

#1: タンパク質	Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase / Oxidoreductase 分子量: 17163.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア) 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: Npun_R6391 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2IY64
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium Sulfate; MES pH 6.5; Cobalt (II) Chloride hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 14757 / Num. obs: 14757 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 54.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 55.5 % / R_merge(I) obs: 0.357 / Num. unique all: 723 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELX		モデル構築
SHARP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1163	-	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.213	14540	98.3 %	-
all	-	14540	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.06 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1136	0	2	100	1238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.74

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.02 Å / R_factor R_free error: 0.021

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	162	-
R_work	0.207	-	-
obs	-	2137	95 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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