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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o5i | ||||||
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タイトル | Robo1 Ig5 | ||||||
要素 | Roundabout homolog 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Neuronal receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Netrin-1 signaling ...chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Inactivation of CDC42 and RAC1 / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / aortic valve morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Activation of RAC1 / axon midline choice point recognition / aorta development / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of axonogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of cell migration / positive regulation of MAP kinase activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nervous system development / 細胞接着 / neuron projection / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å | ||||||
データ登録者 | Aleksandrova, N. / Gutsche, I. / Kandiah, E. / Avilov, S.V. / Petoukhov, M.V. / Seiradake, E. / McCarthy, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Robo1 Forms a Compact Dimer-of-Dimers Assembly. 著者: Aleksandrova, N. / Gutsche, I. / Kandiah, E. / Avilov, S.V. / Petoukhov, M.V. / Seiradake, E. / McCarthy, A.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o5i.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o5i.ent.gz | 35.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5o5gC 5opeC 2v9qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/505 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9813.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO1, DUTT1 / プラスミド: pTT3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6N7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 100 mM Sodium acetate, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 2082 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 74.92 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1026 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.798 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2v9q 解像度: 3.01→40.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.427
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68.15 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.01→40.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.01→3.37 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.1298 Å / Origin y: -28.4573 Å / Origin z: 6.1192 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |