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万見
- PDB-5mvb: Solution structure of a human G-Quadruplex hybrid-2 form in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mvb
タイトルSolution structure of a human G-Quadruplex hybrid-2 form in complex with a Gold-ligand.
要素DNA (26-MER)
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / G-Quadruplex hybrid / 2 Auoxo6
機能・相同性Chem-AUZ / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wirmer-Bartoschek, J. / Jonker, H.R.A. / Bendel, L.E. / Gruen, T. / Bazzicalupi, C. / Messori, L. / Gratteri, P. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Land HessenLOEWE SynChemBio ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Solution NMR Structure of a Ligand/Hybrid-2-G-Quadruplex Complex Reveals Rearrangements that Affect Ligand Binding.
著者: Wirmer-Bartoschek, J. / Bendel, L.E. / Jonker, H.R.A. / Grun, J.T. / Papi, F. / Bazzicalupi, C. / Messori, L. / Gratteri, P. / Schwalbe, H.
履歴
登録2017年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0734
ポリマ－8,2001
非ポリマー8733
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area4990 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8200.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-AUZ / bis(m2-Oxo)-bis(2-methyl-2,2'-bipyridine)-di-gold(iii)


分子量: 794.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24Au2N4O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D NOESY
222isotropic22D NOESY
131isotropic12D COSY
242isotropic12D COSY
252isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
262isotropic2D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM DNA 26mer, 70 mM potassium chloride, 25 mM KPi, 0.3 mM DSS, 1.3 mM Auoxo6, 93% H2O/ 7%DMSO-d6H2O93% H2O/ 7%DMSO-d6
solution21 mM DNA 26mer, 70 mM potassium chloride, 25 mM KPi, 0.3 mM DSS, 1.3 mM Auoxo6, 93% D2O / 7% DMSO-d6D2O93% D2O / 7% DMSO-d6
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDNA 26mernatural abundance1
70 mMpotassium chloridenatural abundance1
25 mMKPinatural abundance1
0.3 mMDSSnatural abundance1
1.3 mMAuoxo6natural abundance1
1 mMDNA 26mernatural abundance2
70 mMpotassium chloridenatural abundance2
25 mMKPinatural abundance2
0.3 mMDSSnatural abundance2
1.3 mMAuoxo6natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
195 mMconditions_H2O7 ambient mbar298 K
295 mMconditions_D2O7 ambient mbar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddard and Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114Goddard and Knellerpeak picking
Sparky3.114Goddard and Knellerデータ解析
ARIA1.2 HJ development versionLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA1.2 HJ development versionLinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
詳細: simulated annealing with cartesian angle dynamics; refinement in explicit water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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