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万見
- PDB-5mv2: Crystal structure of the E protein of the Japanese encephalitis l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mv2
タイトルCrystal structure of the E protein of the Japanese encephalitis live attenuated vaccine virus
要素E protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral envelope glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell surface / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / : / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, X. / Zhao, X. / Na, R. / Li, L. / Warkentin, E. / Witt, J. / Lu, X. / Wei, Y. / Peng, G. / Li, Y. / Wang, J.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019
タイトル: The structure differences of Japanese encephalitis virus SA14 and SA14-14-2 E proteins elucidate the virulence attenuation mechanism.
著者: Liu, X. / Zhao, X. / Na, R. / Li, L. / Warkentin, E. / Witt, J. / Lu, X. / Yu, Y. / Wei, Y. / Peng, G. / Li, Y. / Wang, J.
履歴
登録2017年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8271
ポリマ－44,8271
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.600, 55.900, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 E protein


分子量: 44826.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (strain SA-14) (日本脳炎)
株: SA-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8QQT1, UniProt: P27395*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 0.2M Tri-Na citrate, pH 7.9, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97621 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97621 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28195 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.877 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5mv1

5mv1


解像度: 2.1→19.944 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1409 5 %
Rwork0.1802 --
obs0.1824 28165 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3102 0 0 236 3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1854310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4011876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1750.33091390.27522637X-RAY DIFFRACTION99
2.175-2.26190.30031410.25262674X-RAY DIFFRACTION99
2.2619-2.36470.31061390.2462646X-RAY DIFFRACTION99
2.3647-2.48920.33841390.25612642X-RAY DIFFRACTION99
2.4892-2.64480.28171400.22942664X-RAY DIFFRACTION99
2.6448-2.84850.27361410.20582676X-RAY DIFFRACTION99
2.8485-3.13420.23481410.17582673X-RAY DIFFRACTION100
3.1342-3.58540.17351410.15862687X-RAY DIFFRACTION100
3.5854-4.50860.18971430.1452710X-RAY DIFFRACTION100
4.5086-19.94510.18581450.15742747X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9895-0.20451.30220.0727-0.00370.6806-0.0165-0.2453-0.02580.0470.0095-0.0081-0.0049-0.0447-0.03810.3673-0.0032-0.04080.37560.02930.330917.0745-9.290240.0781
26.40430.60211.43490.39340.16510.94910.0352-0.4667-0.22590.0917-0.0357-0.00110.0756-0.0348-0.04140.3808-0.01390.02310.33190.02360.289919.2138-12.406643.5263
31.6053-0.44161.04750.1241-0.22292.3884-0.0685-0.2794-0.1895-0.01750.1690.2052-0.1931-0.4363-0.05030.3613-0.0233-0.0470.39330.00980.4756-8.5943-11.454127.5494
43.22690.45521.23712.0553-0.77595.2105-0.06010.3008-0.4135-0.15580.0950.24010.1421-0.5165-0.08760.3409-0.0008-0.11250.3548-0.07540.3943-19.2773-13.43758.2609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -9 through 163 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 164 through 265 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 266 through 312 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 313 through 400 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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