PDB-5ma7: Structure of thermolysin in complex with inhibitor (JC306).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ma7

タイトル

Structure of thermolysin in complex with inhibitor (JC306).

要素

Thermolysin

テルモリシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

テルモリシン /

metalloendopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: How Nothing Boosts Affinity: Hydrophobic Ligand Binding to the Virtually Vacated S1' Pocket of Thermolysin.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ma7.cif.gz	206.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ma7.ent.gz	165.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ma7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lvdC 5m5fC 5m69C 5m9wC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5taj-d 5jt9-d 5onq-d 8tln-d 5onr-d 3do2-d 5wr2-d 5js3-d 5n34-d 6fj2-d 5n3v-d 3msa-d 6sbk-d 4n4e-d 1kto-d 1pe8-d 4mxj-d 4h57-d 3do1-d 5lif-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.754, 92.754, 129.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-781- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / テルモリシン / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン

-
非ポリマー , 6種, 392分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-7K0 / (2~{S})-2-[[(2~{S})-3-azanyl-2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]propanoyl]amino]-4-methyl-pentanoic acid 分子量: 444.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₉N₄O₇P
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 80990 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.48 % / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 26.11
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 8.68 % / Mean I/σ(I) obs: 4.38 / Num. unique all: 12879 / R_sym value: 0.49 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.3→43.672 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 10.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1389	4050	5 %
R_work	0.1121	-	-
obs	0.1134	80989	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→43.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	63	380	2856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.135	894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3003-1.3156	0.1953	136	0.1723	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3156-1.3316	0.1857	138	0.1505	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3316-1.3485	0.179	138	0.14	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3485-1.3662	0.1926	137	0.1422	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3662-1.3849	0.1624	137	0.13	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3849-1.4047	0.1609	137	0.1206	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4047-1.4257	0.151	138	0.1134	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4257-1.448	0.156	138	0.1106	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.448-1.4717	0.1339	138	0.1057	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4717-1.4971	0.1475	139	0.1025	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4971-1.5243	0.1459	137	0.0973	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5243-1.5536	0.123	138	0.0939	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5853	0.1411	139	0.0895	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5853-1.6198	0.1314	138	0.0898	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6198-1.6575	0.1367	139	0.0898	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6575-1.699	0.1314	138	0.0924	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.699-1.7449	0.1264	139	0.0905	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7449-1.7962	0.1447	139	0.0881	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7962-1.8542	0.1351	140	0.0949	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8542-1.9205	0.1064	139	0.0924	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9205-1.9974	0.1279	140	0.0961	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9974-2.0883	0.1243	141	0.099	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0883-2.1984	0.101	140	0.0949	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1984-2.3361	0.1057	141	0.0965	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3361-2.5165	0.1242	141	0.1071	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5165-2.7697	0.134	143	0.1074	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7697-3.1703	0.1436	143	0.1183	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1703-3.9939	0.1444	145	0.1266	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9939-43.6964	0.1703	154	0.1501	2910	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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