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万見
- PDB-5lwj: Solution NMR structure of the GTP binding Class II RNA aptamer-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lwj
タイトルSolution NMR structure of the GTP binding Class II RNA aptamer-ligand-complex containing a protonated adenine nucleotide with a highly shifted pKa.
要素GTP Class II RNA (34-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA structure (核酸構造) / aptamer (アプタマー) / protonated adenine / GTP
機能・相同性グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wolter, A.C. / Weickhmann, A.K. / Nasiri, A.H. / Hantke, K. / Ohlenschlaeger, O. / Wunderlich, C.H. / Kreutz, C. / Duchardt-Ferner, E. / Woehnert, J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationWO901/1-1 to J.W ドイツ
German Research FoundationCollaborative Research Center (SFB) 902 Molecular principles of RNA based regulation ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A Stably Protonated Adenine Nucleotide with a Highly Shifted pKa Value Stabilizes the Tertiary Structure of a GTP-Binding RNA Aptamer.
著者: Wolter, A.C. / Weickhmann, A.K. / Nasiri, A.H. / Hantke, K. / Ohlenschlager, O. / Wunderlich, C.H. / Kreutz, C. / Duchardt-Ferner, E. / Wohnert, J.
履歴
登録2016年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP Class II RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5402
ポリマ－11,0171
非ポリマー5231
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1070 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: RNA鎖 GTP Class II RNA (34-MER)


分子量: 11016.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SELEX / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic52D 1H-1H NOESY
128isotropic63D 1H-13C NOESY aliphatic
1312isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic3D 1H-13C NOESY aliphatic
1410isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
157isotropic52D 1H-13C NOESY aromatic
1611isotropic42D 2D 1H-13C NOESY aromatic
179isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
188isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1912isotropic23D (H)CCH-TOCSY
11010isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1118isotropic23D (H)CCH-COSY
11212isotropic23D (H)CCH-COSY
11310isotropic23D (H)CCH-COSY
2144isotropic22D 1H-15N HNN-COSY
11512isotropic62D 1H-13C HNCO
1169isotropic72D 1H-13C H5(6)C5(6)C4NH3
1179isotropic72D 1H-13C H5(6)C5(6)C4N4H4
1188isotropic22D 1H-15N HCN aromatic
11912isotropic22D 1H-15N HCN aromatic
12010isotropic62D 1H-15N HCN aromatic
1218isotropic22D 1H-15N HCN aliphatic
12212isotropic22D 1H-15N HCN aliphatic
12310isotropic62D 1H-15N HCN aliphatic
1244isotropic2D 1H-15N 2bond-HSQC
1258isotropic22D 1H-1H (H)CCH-TOCSY (adenine)
1268isotropic22D 1H-31P H(C)P
12712isotropic22D 1H-31P H(C)P
12810isotropic22D 1H-31P H(C)P
1292isotropic22D (H)CCH-COSY
13011isotropic22D 1H-13C long-rangeH8(C8)C5(N1)H1
1314isotropic62D CMPG NOESY
1322isotropic63D 1H-13C NOESY aliphatic
1331isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
13413isotropic2lr-2D-HNN-COSY
13513isotropic22D-HNN-COSY NH2
1368isotropic63D 13C-F1 filtered, 13C-F3-edited NOESY HSQC
13712isotropic53D 13C-F1 filtered, 13C-F3-edited NOESY HSQC
13810isotropic63D 13C-F1 filtered, 13C-F3-edited NOESY HSQC
2394isotropic22D 1H-15N HSQC
2404isotropic62D 1H-15N HSQC NH2 only
1416isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
1426isotropic62D 1H-13C HSQC aliphatic
1433isotropic62D 15N-F2 edited 1H,1H NOESY
1448isotropic23D (H)CCH-TOCSY-CCH-E.COSY
14510isotropic23D (H)CCH-TOCSY-CCH-E.COSY
14612isotropic23D (H)CCH-TOCSY-CCH-E.COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.66 mM GTP Class II RNA (34-MER), 1.32 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II unlabeledRNAunl_H2O95% H2O/5% D2O
solution20.66 mM GTP Class II RNA (34-MER), 1.32 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 100 % D2O, 100% D2OGTP Cl II unlabeledRNA_unl_D2O100% D2O
solution30.9 mM GTP Class II RNA (34-MER), 1.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II unlabeledRNA_unl_H2O_295% H2O/5% D2O
solution40.5 mM [U-99% 15N] GTP Class II RNA (34-MER), 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium phosphate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II 15N uniformly labeled15N_RNA95% H2O/5% D2O
solution50.36 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP Class II RNA (34-MER), 0.72 mM GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2OGTP Cl II 13C15N uniformly labeled13C15N_RNA_H2O90% H2O/10% D2O
solution61.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP Class II RNA (34-MER), 2.4 mM GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 100 % D2O, 100% D2OGTP Cl II 13C15N uniformly labeled13C15NRNA_D2O100% D2O
solution71.1 mM [U-13C; U-15N]-Ade GTP Class II RNA (34-MER), 2.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II 13C15N-Ade labeledAde_H2O95% H2O/5% D2O
solution81.1 mM [U-13C; U-15N]-Ade GTP Class II RNA (34-MER), 2.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 100 % D2O, 100% D2OGTP Cl II 13C15N-Ade labeledAde_D2O100% D2O
solution90.73 mM [U-13C; U-15N]-Cyt GTP Class II RNA (34-MER), 1.46 mM [U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II 13C15N-Cyt labeledCyt_H2O95% H2O/5% D2O
solution100.73 mM [U-13C; U-15N]-Cyt GTP Class II RNA (34-MER), 1.46 mM [U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 100 % D2O, 100% D2OGTP Cl II 13C15N-Cyt labeledCyt_D2O100% D2O
solution110.82 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura GTP Class II RNA (34-MER), 1.64 mM [U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 25 mM H2O, 100 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II 13C15N-GuaUri labeledGU_H2O95% H2O/5% D2O
solution120.82 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura GTP Class II RNA (34-MER), 1.64 mM [U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 100 % D2O, 100% D2OGTP Cl II 13C15N-GuaUri labeledGU_D2O100% D2O
solution131.3 mM [U-15N]-Gua, [U-15N]-Ade GTP Class II RNA (34-MER), 2.6 mM [U-99% 15N] GTP, 2 mM magnesium acetate, 25 mM potassium phosphate, 25 mM potassium chloride, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2OGTP Cl II 15N-GuaAde labeled15N-G/A95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.66 mMGTP Class II RNA (34-MER)natural abundance1
1.32 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 mMmagnesium acetatenatural abundance1
25 mMpotassium phosphatenatural abundance1
25 mMpotassium chloridenatural abundance1
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2Onatural abundance1
0.66 mMGTP Class II RNA (34-MER)natural abundance2
1.32 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]2
2 mMmagnesium acetatenatural abundance2
25 mMpotassium phosphatenatural abundance2
25 mMpotassium chloridenatural abundance2
100 %D2Onatural abundance2
0.9 mMGTP Class II RNA (34-MER)natural abundance3
1.8 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]3
2 mMmagnesium acetatenatural abundance3
25 mMpotassium phosphatenatural abundance3
25 mMpotassium chloridenatural abundance3
95 %H2Onatural abundance3
5 %D2Onatural abundance3
0.5 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-99% 15N]4
1 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]4
2 mMmagnesium phosphatenatural abundance4
25 mMpotassium phosphatenatural abundance4
25 mMpotassium chloridenatural abundance4
95 %H2Onatural abundance4
5 %D2Onatural abundance4
0.36 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-99% 13C; U-99% 15N]5
0.72 mMGTPnatural abundance5
2 mMmagnesium acetatenatural abundance5
25 mMpotassium phosphatenatural abundance5
25 mMpotassium chloridenatural abundance5
90 %H2Onatural abundance5
10 %D2Onatural abundance5
1.2 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-99% 13C; U-99% 15N]6
2.4 mMGTPnatural abundance6
2 mMmagnesium acetatenatural abundance6
25 mMpotassium phosphatenatural abundance6
25 mMpotassium chloridenatural abundance6
100 %D2Onatural abundance6
1.1 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Ade7
2.2 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]7
2 mMmagnesium acetatenatural abundance7
25 mMpotassium phosphatenatural abundance7
25 mMpotassium chloridenatural abundance7
95 %H2Onatural abundance7
5 %D2Onatural abundance7
1.1 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Ade8
2.2 mMGTP[U-99% 13C; U-99% 15N]8
2 mMmagnesium acetatenatural abundance8
25 mMpotassium phosphatenatural abundance8
25 mMpotassium chloridenatural abundance8
100 %D2Onatural abundance8
0.73 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Cyt9
1.46 mMGTP[U-99% 15N]9
2 mMmagnesium acetatenatural abundance9
25 mMpotassium phosphatenatural abundance9
25 mMpotassium chloridenatural abundance9
95 %H2Onatural abundance9
5 %D2Onatural abundance9
0.73 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Cyt10
1.46 mMGTP[U-99% 15N]10
2 mMmagnesium acetatenatural abundance10
25 mMpotassium phosphatenatural abundance10
25 mMpotassium chloridenatural abundance10
100 %D2Onatural abundance10
0.82 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura11
1.64 mMGTP[U-99% 15N]11
2 mMmagnesium acetatenatural abundance11
25 mMpotassium phosphatenatural abundance11
25 mMpotassium chloridenatural abundance11
25 mMH2Onatural abundance11
100 %D2Onatural abundance11
0.82 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura12
1.64 mMGTP[U-99% 15N]12
2 mMmagnesium acetatenatural abundance12
25 mMpotassium phosphatenatural abundance12
25 mMpotassium chloridenatural abundance12
100 %D2Onatural abundance12
1.3 mMGTP Class II RNA (34-MER)[U-15N]-Gua, [U-15N]-Ade13
2.6 mMGTP[U-99% 15N]13
2 mMmagnesium acetatenatural abundance13
25 mMpotassium phosphatenatural abundance13
25 mMpotassium chloridenatural abundance13
95 %H2Onatural abundance13
5 %D2Onatural abundance13
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1standard NMR-buffer pH 6.3, 293 Kpotassium chloride (25) mMconditions_16.3 1 atm293 K
2standard NMR-buffer pH 6.3, 283 Kpotassium chloride (25) mMconditions_26.3 1 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002cryogenic probehead
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7007cryogenic probehead
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8006cryogenic probehead
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9005cryogenic probehead
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9504cryogenic probehead

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
TopSpin3.5Bruker Biospinデータ解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter, Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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