PDB-5lv2: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor LH1246

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lv2

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor LH1246

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Halby, L. / Arimondo, P. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.Lond.B Biol.Sci. / 年: 2018
タイトル: Hijacking DNA methyltransferase transition state analogues to produce chemical scaffolds for PRMT inhibitors.
著者: Halby, L. / Marechal, N. / Pechalrieu, D. / Cura, V. / Franchini, D.M. / Faux, C. / Alby, F. / Troffer-Charlier, N. / Kudithipudi, S. / Jeltsch, A. / Aouadi, W. / Decroly, E. / Guillemot, J.C. ...

履歴

登録	2016年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lv2.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lv2.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lv3C 5lv4C 5lv5C 5tbhC 5tbiC 5tbjC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lv3-d 5tbi-d 6s7a-d 6s77-d 5is6-d 5dwq-d 2y1w-d 5tbj-d 5k8x-d 6s71-d 6s79-d 2y1x-d 5isa-d 6s7c-d 5k8v-d 5is7-d 6s70-d 6arj-d 5tbh-d 5isg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

E: Histone-arginine methyltransferase CARM1

F: Histone-arginine methyltransferase CARM1

G: Histone-arginine methyltransferase CARM1

H: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

332 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

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ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Histone-arginine methyltransferase CARM1

F: Histone-arginine methyltransferase CARM1

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ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.684, 74.832, 206.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 9種, 1197分子

#2: 化合物	ChemComp-SAO / 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 385.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-LHB / 5-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]methyl]-4-azanyl-1-(methoxymethyl)pyrimidin-2-one 分子量: 433.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₉O₅
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#7: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 17 % NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→49.34 Å / Num. obs: 134100 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.6 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.162 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.412 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.29→49.34 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.01

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	12853	4.91 %	Random selection
R_work	0.2051	-	-	-
obs	0.2067	134021	98.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21990	0	365	1166	23521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	22974
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	31095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.734	8422
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	3387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4090

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2938-2.3199	0.3433	401	0.3426	7046	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3199-2.3472	0.3256	390	0.3295	8479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3472-2.3758	0.3569	373	0.319	8336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3758-2.4059	0.3334	472	0.327	8383	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4059-2.4375	0.3652	449	0.3244	8206	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4375-2.4709	0.3454	393	0.3099	8473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4709-2.5062	0.3172	494	0.2995	8238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5062-2.5436	0.3626	410	0.2863	8352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5436-2.5834	0.3395	440	0.2856	8467	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5834-2.6257	0.3313	426	0.2766	8204	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6257-2.671	0.2804	393	0.2742	8487	X-RAY DIFFRACTION	99
2.671-2.7195	0.289	426	0.2548	8276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7195-2.7718	0.2972	401	0.2554	8393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8284	0.2389	412	0.2524	8302	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8284-2.8899	0.3089	421	0.246	8464	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8899-2.9571	0.278	395	0.2345	8226	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9571-3.0311	0.2503	477	0.2247	8348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0311-3.113	0.2896	376	0.2279	8485	X-RAY DIFFRACTION	99
3.113-3.2046	0.2601	464	0.2092	8187	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2046-3.308	0.2588	369	0.2072	8437	X-RAY DIFFRACTION	99
3.308-3.4262	0.2376	515	0.2031	8276	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4262-3.5634	0.2288	397	0.1755	8372	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5634-3.7255	0.2008	459	0.1648	8284	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7255-3.9218	0.1911	433	0.1587	8331	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9218-4.1674	0.183	435	0.1428	8373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1674-4.489	0.1792	461	0.1378	8345	X-RAY DIFFRACTION	100
4.489-4.9404	0.1643	447	0.1266	8331	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9404-5.6544	0.1517	397	0.1472	8406	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6544-7.1205	0.2165	479	0.1852	8332	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1205-49.3513	0.1928	448	0.1832	8220	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5709	0.3095	0.2664	1.6187	-0.1723	1.0569	0.0428	-0.0101	-0.0335	0.0576	-0.0673	-0.185	-0.0395	0.1321	-0	0.3478	0.007	-0.0309	0.3983	-0.0176	0.298	16.3265	-17.6917	29.4067
2	0.2945	-0.005	0.1894	0.3741	-0.0289	0.0557	0.0202	0.0014	-0.1242	-0.0589	0.0264	0.1026	0.0039	-0.0363	-0	0.2927	-0.0137	0.0072	0.3666	-0.0147	0.3077	-16.5799	-5.7386	12.0218
3	0.7065	-0.1671	0.3508	0.9046	0.5054	0.4231	0.033	0.0728	-0.1842	0.0323	-0.0811	0.1311	0.0816	-0.0071	-0	0.3773	0.0198	0.0297	0.3342	-0.0609	0.3213	-4.425	-23.4693	16.16
4	0.2955	-0.2652	0.3491	0.5897	-0.2941	0.2453	-0.0184	-0.142	-0.2111	-0.2235	0.0695	-0.1032	0.0509	0.1775	0	0.3461	0.0061	0.0138	0.4403	-0.079	0.3405	1.4562	7.9944	14.556
5	0.1849	0.0741	0.2448	0.0269	-0.0254	0.1431	-0.1228	-0.2076	0.1093	0.1621	0.1557	0.5449	-0.1178	-0.4513	0.0035	0.4455	-0.011	0.065	0.3802	-0.0548	0.4402	-18.6143	21.1498	16.7478
6	0.3733	0.4106	0.0914	0.5085	0.4216	0.8152	-0.0614	0.1037	0.028	-0.1668	0.0303	0.018	-0.1222	0.0681	0	0.3897	-0.084	0.0428	0.3652	0.0176	0.2972	-9.0212	18.878	4.4066
7	0.521	0.1855	0.2201	-0.0777	-0.0182	0.0337	-0.0596	-0.0199	0.0582	0.0548	0.1399	0.099	0.0007	-0.0488	-0.0002	0.4716	-0.0423	0.0393	0.3762	-0.0391	0.3038	-2.7821	19.6428	25.4318
8	0.1752	-0.4145	0.2488	0.2057	-0.3789	0.2877	-0.0094	-0.2366	0.1055	0.3141	0.1092	0.0263	-0.0154	-0.013	-0	0.5774	-0.0816	0.0135	0.4813	-0.0441	0.3578	3.1614	-0.1111	42.8759
9	0.2501	-0.3232	0.4696	0.0988	-0.2082	0.3835	-0.1469	0.0721	-0.013	0.0848	0.0762	-0.0012	-0.6104	0.0181	-0.0059	0.5242	-0.0049	0.0694	0.388	-0.0215	0.3477	0.3772	26.3749	33.1163
10	-0.196	0.0936	0.3881	0.4309	-0.0586	0.2406	0.0066	-0.0452	0.0948	0.1145	-0.0537	0.1677	-0.0469	-0.0172	0	0.4177	0.0028	0.0333	0.4153	-0.0348	0.3204	-7.4256	18.5387	36.2317
11	0.3197	-0.2868	0.1091	0.2951	-0.3842	0.5724	-0.0006	0.1544	-0.1657	0.1089	-0.1197	0.1093	0.088	-0.0854	-0.0015	0.4488	-0.0296	0.0384	0.4264	-0.0568	0.379	5.2306	13.6913	36.1047
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13	0.4455	-0.2556	-0.0174	0.9176	0.0927	1.0128	-0.0319	0.0522	-0.0296	-0.1482	0.0124	-0.1486	0.0149	0.0875	0.0001	0.216	-0.0671	0.0679	0.2264	-0.0362	0.2285	14.9683	16.7696	71.9935
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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