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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lio | ||||||
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タイトル | Lysozyme, collected at rotation 360 degree per second | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Lysozyme (リゾチーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.496 Å | ||||||
データ登録者 | Casanas, A. / Finke, A. / Wang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016 タイトル: EIGER detector: application in macromolecular crystallography. 著者: Casanas, A. / Warshamanage, R. / Finke, A.D. / Panepucci, E. / Olieric, V. / Noll, A. / Tampe, R. / Brandstetter, S. / Forster, A. / Mueller, M. / Schulze-Briese, C. / Bunk, O. / Wang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lio.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lio.ent.gz | 29.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/5lio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000, 1.0 M Sodium chloride, 50 mM Sodium acetate trihydrate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.496→55.42 Å / Num. obs: 18979 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.34 % / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 20.06 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.496 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DPX 解像度: 1.496→55.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 1.674 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.294 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.496→55.42 Å
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拘束条件 |
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