PDB-4qeq: High resolution structure of egg white lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qeq

タイトル

High resolution structure of egg white lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.381 Å

データ登録者

Shaik, M.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structure of egg white Lysozyme
著者: Shaik, M.M.

履歴

登録	2014年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qeq.cif.gz	65.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qeq.ent.gz	48.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qeq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/4qeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/4qeq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dpwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lio-d 5v4h-d 3qe8-1 4dda-d 6qwy-d 5k2p-d 1uie-d 2lyo-d 5lin-d 4hv2-d 4etd-d 5i4w-d 5e9r-d 2a7f-d 6bre-d 7d01-d 7byo-d 3wvy-d 3w6a-d 2c8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.650, 77.650, 37.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-216- HOH
2	1	A-268- HOH
3	1	A-311- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 9% w/v sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→24.56 Å / Num. obs: 23732 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.38→1.46 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3429 / R_sym value: 0.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
mx	cube	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPW

1dpw

解像度: 1.381→21.536 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1825	1212	5.11 %
R_work	0.1642	-	-
obs	0.1652	23704	99.18 %
all	-	23958	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.381→21.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	0	138	1138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	1381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.891	365
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.381-1.4364	0.2267	133	0.1934	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4364-1.5017	0.1919	126	0.1742	2450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5017-1.5809	0.1831	128	0.1666	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5809-1.6799	0.1812	126	0.1524	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6799-1.8096	0.1785	142	0.1591	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8096-1.9915	0.1851	150	0.1559	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9915-2.2795	0.1765	152	0.1438	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2795-2.8708	0.1915	127	0.1747	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8708-21.5388	0.1755	128	0.168	2577	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7198	1.6355	-0.513	4.1738	-0.3837	2.6549	-0.2625	0.1918	-0.4665	-0.5288	0.2412	-0.4518	0.1767	0.2731	0.008	0.2136	-0.0236	0.0834	0.1657	-0.077	0.2198	-16.3155	-6.9636	-18.5575
2	2.3491	-0.9679	-0.0964	3.7723	-0.0336	0.8941	-0.1988	-0.1935	-0.8717	0.0358	-0.008	0.1131	0.4288	0.2158	0.1952	0.2287	0.0099	0.05	0.1419	0.0213	0.2548	-23.6572	-11.7657	-7.5193
3	2.8659	1.5935	0.1568	1.586	0.2463	0.6292	-0.1813	0.1445	-0.01	-0.2151	0.1432	0.0047	-0.0334	0.0225	0.0333	0.1529	-0.0245	0.0114	0.1219	-0.0189	0.1342	-21.5025	0.1467	-15.1665
4	4.0796	-2.9625	-3.6283	6.0655	3.9943	3.7051	0.1553	-0.1389	0.3398	-0.1229	0.097	0.1104	-0.3955	-0.3392	-0.3149	0.2056	-0.0132	0.0442	0.1917	-0.0376	0.1849	-19.2826	14.1036	-4.3079
5	4.027	2.4251	1.3188	4.5377	-0.9424	1.4559	0.1655	-0.3627	0.0602	0.3479	-0.1948	-0.0158	-0.038	-0.1782	0.0477	0.1271	-0.0375	0.0168	0.1466	-0.0168	0.0912	-16.2553	6.7071	-2.2953
6	2.8594	0.0377	-1.0962	1.8498	1.7653	2.8921	0.0409	-0.5943	-0.1934	0.8961	-0.1748	-0.0763	0.1779	-0.1074	0.1176	0.2687	-0.0771	-0.0161	0.268	0.0342	0.1432	-13.6656	4.5956	4.8953
7	4.269	2.0967	-0.0374	3.0366	-0.0803	0.2447	0.0277	-0.0682	-0.4184	-0.0616	-0.0918	-0.3231	0.0994	0.1008	0.0987	0.139	0.0024	0.0095	0.1441	0.0154	0.179	-13.7465	-2.5801	-5.6158
8	5.885	1.3867	-1.2642	6.7388	-2.8527	1.496	0.19	-0.8242	0.1821	0.6666	-0.1155	0.0574	-0.2517	0.2485	-0.03	0.1809	-0.0338	0.0132	0.2112	-0.0216	0.1427	-27.5289	-1.79	-2.1262
9	6.1787	0.8093	2.0864	3.1034	-2.8664	4.002	-0.2192	-0.1491	0.4188	0.2859	0.0537	-0.183	-0.3845	-0.416	0.167	0.1806	0.0338	-0.0282	0.1202	-0.0068	0.1695	-31.6348	2.6735	-10.0706
10	5.2861	-2.3073	-3.3339	5.0018	3.5351	6.6205	-0.0879	0.435	-0.7253	-0.3215	-0.0676	0.1436	0.4258	-0.1193	0.1272	0.2183	-0.0205	-0.0287	0.1602	-0.0664	0.2005	-28.3733	-8.6237	-19.727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 100 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 101 through 108 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 109 through 114 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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