[日本語] English
- PDB-5lel: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lel
タイトルCrystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_10_3G124 in complex with Maltose-binding Protein and Green Fluorescent Protein
要素
  • DD_Off7_10_3G124
  • Green fluorescent protein
  • Maltose-binding periplasmic protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / X-ray crystallography / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / serine-type endopeptidase inhibitor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Green fluorescent protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 ...Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Green fluorescent protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Bacterial extracellular solute-binding protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Serpin
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号
Swiss National Science Foundation310030B_166676 スイス
European Research CouncilNEXTBINDERS
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2017
タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries.
著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DD_Off7_10_3G124
B: Maltose-binding periplasmic protein
C: Green fluorescent protein
D: DD_Off7_10_3G124
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Green fluorescent protein
G: DD_Off7_10_3G124
H: Maltose-binding periplasmic protein
I: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,0319
ポリマ-319,0319
非ポリマー00
00
1
A: DD_Off7_10_3G124
B: Maltose-binding periplasmic protein
C: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3443
ポリマ-106,3443
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DD_Off7_10_3G124
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3443
ポリマ-106,3443
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
G: DD_Off7_10_3G124
H: Maltose-binding periplasmic protein
I: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3443
ポリマ-106,3443
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)235.000, 103.140, 156.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 DD_Off7_10_3G124


分子量: 34951.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 43172.637 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0AEY0
#3: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 28219.721 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P42212

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350 23.2% w/v, Sodium acetate 0.2 M, Bis-Tris propane 0.1 M, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.63 Å / Num. obs: 51171 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 5.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2429)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→46.63 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 2557 5 %
Rwork0.258 --
obs0.261 51133 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21046 0 0 0 21046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49929197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.68412731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0999-3.15960.38891410.40332671X-RAY DIFFRACTION99
3.1596-3.2240.39071410.39482675X-RAY DIFFRACTION99
3.224-3.29410.40431410.37532677X-RAY DIFFRACTION99
3.2941-3.37070.40291390.37312649X-RAY DIFFRACTION100
3.3707-3.4550.43671420.36242703X-RAY DIFFRACTION100
3.455-3.54840.35721420.34412696X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.65280.42371410.32812670X-RAY DIFFRACTION100
3.6528-3.77060.33871410.31042680X-RAY DIFFRACTION100
3.7706-3.90530.3641420.30332693X-RAY DIFFRACTION100
3.9053-4.06160.35591420.28452705X-RAY DIFFRACTION100
4.0616-4.24630.30521410.26682689X-RAY DIFFRACTION100
4.2463-4.470.31021430.23552713X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.74980.26391420.21392710X-RAY DIFFRACTION100
4.7498-5.11620.26931420.22442692X-RAY DIFFRACTION100
5.1162-5.63020.32981420.24062706X-RAY DIFFRACTION100
5.6302-6.44310.2971450.25142742X-RAY DIFFRACTION100
6.4431-8.11070.29071430.21342720X-RAY DIFFRACTION100
8.1107-46.63530.21181470.18382785X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67510.77980.25711.6219-0.04610.2803-0.8628-0.7177-0.0299-0.58010.7166-0.01820.12471.30470.05030.22410.3274-0.05291.384-0.47130.959472.1711-37.609822.8368
20.88130.0223-0.29240.7883-0.47220.1914-0.4507-0.4151-0.60180.03840.60870.23140.04-0.40430.07560.478-0.1276-0.11510.8513-0.3780.551549.5233-31.48815.955
30.0887-0.39740.15070.934-0.74760.61490.3435-0.20930.06680.23260.07740.4252-0.21440.3653-00.5255-0.02820.00290.72510.03780.58325.0238-35.731339.2592
40.03590.1259-0.06140.1595-0.1450.0699-0.69770.2829-0.0896-0.1098-0.466-0.7307-0.42710.0256-01.5503-0.2298-0.03031.87120.07951.028199.5702-23.9261-30.3226
50.68320.3195-0.91180.6838-0.59971.175-0.91180.4066-0.0496-0.19510.04780.33030.4979-0.6271-0.45320.82040.5567-0.6055-0.04220.5840.733384.7026-16.5902-25.0262
60.2909-0.16530.22570.50490.81671.8623-0.4865-0.91080.053-0.2773-0.8095-0.25960.3876-0.6057-0.59520.27780.95850.0636-1.054-0.4990.96670.9267-35.3974-2.8086
70.6434-0.0676-1.2581.6156-1.12731.80380.0173-0.33330.2328-0.5157-0.29860.0109-0.13130.35-0.04730.82580.0466-0.13660.5339-0.00580.777977.664-24.7783-13.0455
80.3280.6848-0.08930.96290.15290.38960.0225-0.59780.0367-0.49050.4780.1341-0.16960.74780.0610.51840.01360.12690.6798-0.06490.579249.1833-41.773244.3126
90.1032-0.29-0.010.79890.00060.0424-0.57120.13790.84311.61890.01080.7498-1.2945-0.1256-0.02090.89490.0459-0.05790.5471-0.17630.799639.3418-32.127859.0904
100.2039-0.1874-0.03130.0629-0.04780.5427-0.14860.19160.0897-0.30520.3994-0.6040.63710.7324-0.51730.0496-0.60910.070.7044-0.35590.950852.198-41.778756.4617
110.40.0289-0.34720.05280.05540.33630.1959-0.12980.2546-0.468-0.0210.10360.12211.2427-0.00150.528-0.04390.04170.9546-0.19450.833956.7453-40.222348.8965
121.5271-0.7634-1.15162.0395-0.12040.6825-0.2934-1.3116-0.23960.1770.3850.87640.30120.92980.30680.4748-0.00450.01240.6873-0.20560.351948.739-49.071257.0001
130.26830.1697-0.02290.060.04750.0514-0.5365-0.2552-0.0104-0.2085-0.19310.176-0.12220.4816-0.0140.5481-0.0210.02890.5524-0.21620.40140.5532-44.849945.9761
140.504-0.0516-0.46990.15020.06750.60780.46910.97360.02970.3802-0.24040.7612-0.48130.2740.10540.6278-0.030.11260.35260.23780.787612.3708-4.22259.174
150.5852-0.01910.448-0.08440.10110.713-0.1140.01030.26350.08740.13050.05130.5868-0.0141-0.00010.9086-0.10540.23610.5670.0730.72731.4793-24.867731.9573
160.36820.3648-0.0770.47380.4020.51970.20990.12040.00180.2216-0.46460.026-0.0013-0.1884-00.68120.06440.10180.77810.06710.4254-10.0758-14.95352.3246
170.11230.1220.11310.19030.12060.10220.1226-0.5660.64280.15910.06870.25560.29460.06180.00041.24550.22970.23841.02290.2110.788946.5264-14.9492-41.2708
180.84750.4928-0.50810.74980.0740.51440.25840.1183-0.0845-0.15-0.2636-0.48310.55650.1112-01.06960.24070.04080.68020.09740.520735.1091-24.8078-33.0171
190.27870.1389-0.20210.46240.08170.11050.451-0.1610.2446-0.0486-0.01850.39190.46130.46330.00020.66360.013-0.06360.4833-0.00810.68529.3501-12.7881-3.8216
200.4884-0.5835-0.06961.388-0.55061.46890.36770.00730.0728-0.16350.0235-0.0330.12820.1035-0.00010.5980.0099-0.05980.2939-0.03570.570528.6144-17.1517-15.0744
210.3661-0.51630.06710.5218-0.31090.47560.1262-0.0521-0.05750.2744-0.4462-0.24850.73620.2375-0.00030.88590.22730.1110.86450.04510.687245.2382-22.2715-25.5041
220.42910.4444-0.07730.482-0.22080.2698-0.2591.02570.2511-1.12360.01030.16640.44450.7022-0.35481.50190.6064-0.34941.0742-0.26380.042616.1901-17.2398-20.835
230.0207-0.0151-0.03540.00370.0150.07050.28260.16410.19430.2638-0.49590.2411-0.7179-0.14870.00191.0920.1836-0.08811.0914-0.3190.59538.9504-21.6533-14.4282
240.23460.14020.42670.68460.63511.36590.49490.15680.1528-0.1892-0.0764-0.5065-0.0973-1.28240.12730.71840.0210.19130.76920.29110.7785-5.7730.608132.082
250.3033-0.44220.24080.6814-0.03330.58010.11610.4554-0.06320.5150.1919-0.0301-0.2245-0.260.00010.56970.15010.09690.5341-0.04080.5538-9.05064.305638.1858
260.8524-0.4332-0.38511.3761.32690.99720.69370.33990.7363-0.2327-0.15210.0881-0.2567-0.21830.01090.62670.05320.13220.74160.21790.6978-8.981412.263437.6207
270.34030.63910.38562.00271.20330.5804-0.04610.55520.3709-0.06980.5233-0.9563-0.0034-0.36770.51760.47460.045-0.05670.65590.33680.3011-4.2594-0.030342.4402
280.41690.5305-0.17960.65670.2480.7223-0.21220.10810.1634-0.4486-0.3288-0.1060.55360.6608-00.93150.1662-0.08150.70820.22530.643371.379-12.715534.7957
290.9106-0.4315-1.15111.3892-0.20211.2705-0.40250.16070.1250.05020.3368-0.94060.0342-0.3427-0.19280.69940.1123-0.14630.63080.11611.201886.86985.73533.02
300.12890.0501-0.10950.0220.0040.07181.2373-0.69310.40960.48950.2762-0.1054-0.26190.05310.00191.73470.61450.27072.39850.36371.622923.5143-0.6872.5004
312.01050.33890.77020.47750.47190.54721.07870.8754-0.11781.8363-0.77730.27380.0004-0.18320.40351.74660.72160.58652.27710.96061.403419.8745-12.677966.0584
320.088-0.07730.1470.3437-0.02580.4382-1.1722-1.9445-0.84560.68910.69220.5642-0.0053-0.1721-0.02690.68950.24390.08481.07950.04151.097524.47290.352453.3671
330.7037-0.3023-0.8133-0.13530.39250.8194-0.2069-0.89940.27340.11140.09670.05730.03550.000400.72620.1089-0.16350.68720.0870.813748.1508-3.348242.8001
342.50620.9662-0.20050.59450.14680.3628-0.4934-3.0330.6524-0.1177-0.39080.34390.20090.0581-0.40950.73250.7474-0.54251.83090.17440.232941.4173-0.256754.6593
350.35420.07960.04170.6182-0.4440.3096-0.50760.1930.06950.02490.7794-0.42140.28230.2255-0.00631.03060.42540.01971.3197-0.44431.160230.28966.73360.2922
360.07970.10140.07930.10080.09480.0906-0.3602-0.5936-1.0914-0.58870.0490.4348-0.259-0.5872-0.00420.59890.0450.15660.85480.04480.912439.2795-14.984435.8246
371.84510.9467-0.82220.579-0.4160.3211-1.32760.05450.27030.87680.9214-0.15530.9444-0.1869-0.28721.31180.3327-0.24620.74280.02250.547993.703-11.743613.8365
380.2655-0.0164-0.10280.00360.01430.14860.0021-0.5373-0.10170.13480.0847-0.06050.43730.37130.00622.31841.755-1.18971.7913-0.38691.14299.9907-9.092922.9299
391.21591.1086-1.09131.1566-1.00791.0482-1.5533-0.6999-0.22070.16050.4904-0.26281.06660.2089-0.81931.22810.5578-0.65631.12930.0231.4437102.8459-15.491615.8348
400.72990.4592-0.55810.5372-0.43660.5818-0.9466-1.3067-0.19870.59840.7648-0.7417-0.1674-0.8983-0.14441.21340.09-0.53081.2426-0.19771.8257112.1581-15.743613.8108
410.1441-0.0418-0.3181-0.1391-0.09630.5466-0.8909-0.3667-0.297-0.39660.7266-0.3605-0.33030.2221-0.01060.99230.1083-0.18171.0718-0.29150.9662103.4568-11.601611.878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 180 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 181 THROUGH 324 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 43 THROUGH 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 119 THROUGH 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 165 THROUGH 372 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 69 THROUGH 81 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 82 THROUGH 104 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 105 THROUGH 128 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 129 THROUGH 198 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 199 THROUGH 230 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 12 THROUGH 158 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 159 THROUGH 225 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 226 THROUGH 324 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'E' AND (RESID 5 THROUGH 42 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 43 THROUGH 118 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 119 THROUGH 164 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 165 THROUGH 273 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 274 THROUGH 333 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 334 THROUGH 351 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 352 THROUGH 373 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'F' AND (RESID 2 THROUGH 48 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'F' AND (RESID 49 THROUGH 81 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'F' AND (RESID 82 THROUGH 198 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'F' AND (RESID 199 THROUGH 230 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'G' AND (RESID 13 THROUGH 134 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'G' AND (RESID 135 THROUGH 323 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'H' AND (RESID 8 THROUGH 31 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'H' AND (RESID 32 THROUGH 58 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'H' AND (RESID 59 THROUGH 118 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'H' AND (RESID 119 THROUGH 218 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'H' AND (RESID 219 THROUGH 273 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'H' AND (RESID 274 THROUGH 333 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'H' AND (RESID 334 THROUGH 373 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'I' AND (RESID 2 THROUGH 48 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'I' AND (RESID 49 THROUGH 68 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN 'I' AND (RESID 69 THROUGH 148 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN 'I' AND (RESID 149 THROUGH 175 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN 'I' AND (RESID 176 THROUGH 230 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る