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Yorodumi- PDB-5lem: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lem | |||||||||
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Title | Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_11_3G124 in complex with Maltose-binding Protein and Green Fluorescent Protein | |||||||||
Components |
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Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / X-ray crystallography / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions | |||||||||
Function / homology | Function and homology information carbohydrate transmembrane transporter activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) Escherichia coli K-12 (bacteria) Aequorea victoria (jellyfish) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.98 Å | |||||||||
Authors | Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A. | |||||||||
Funding support | Switzerland, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries. Authors: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lem.cif.gz | 522.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lem.ent.gz | 454.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lem.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5lem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5lem | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5le2C 5le3C 5le4C 5le6C 5le7C 5le8C 5le9C 5leaC 5lebC 5lecC 5ledC 5leeC 5lelC 5lw2C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35288.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): K-12 / Variant (production host): XL1-Blue |
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#2: Protein | Mass: 43172.637 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Gene: malE, Z5632, ECs5017 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): K-12 / Variant (production host): XL1-Blue / References: UniProt: P0AEY0 |
#3: Protein | Mass: 28219.721 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aequorea victoria (jellyfish) / Gene: GFP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): K-12 / Variant (production host): XL1-Blue / References: UniProt: P42212 |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: PEG6000 20% w/v, TAPS 0.02 M, pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→48.785 Å / Num. obs: 23885 / % possible obs: 98.71 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.98→48.785 Å / SU ML: 0.8 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / Phase error: 41.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.98→48.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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