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- PDB-5lem: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lem | |||||||||
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Title | Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_11_3G124 in complex with Maltose-binding Protein and Green Fluorescent Protein | |||||||||
![]() |
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![]() | FLUORESCENT PROTEIN / X-ray crystallography / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions | |||||||||
Function / homology | ![]() carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries. Authors: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 522.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 454.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 459.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 472.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5le2C ![]() 5le3C ![]() 5le4C ![]() 5le6C ![]() 5le7C ![]() 5le8C ![]() 5le9C ![]() 5leaC ![]() 5lebC ![]() 5lecC ![]() 5ledC ![]() 5leeC ![]() 5lelC ![]() 5lw2C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35288.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 43172.637 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 28219.721 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: PEG6000 20% w/v, TAPS 0.02 M, pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→48.785 Å / Num. obs: 23885 / % possible obs: 98.71 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.98→48.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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