[日本語] English
万見
- PDB-5lem: Crystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lem
タイトルCrystal structure of DARPin-DARPin rigid fusion, variant DD_Off7_11_3G124 in complex with Maltose-binding Protein and Green Fluorescent Protein
要素
  • DD_Off7_11_3G124
  • Green fluorescent protein
  • Maltose-binding periplasmic protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / X-ray crystallography / designed ankyrin repeat proteins / protein design / protein engineering / rigid domain fusions
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat-containing domain / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...Ankyrin repeat-containing domain / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Batyuk, A. / Wu, Y. / Mittl, P.R. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_166676 スイス
European Research CouncilNEXTBINDERS
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Rigidly connected multispecific artificial binders with adjustable geometries.
著者: Wu, Y. / Batyuk, A. / Honegger, A. / Brandl, F. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DD_Off7_11_3G124
B: Maltose-binding periplasmic protein
C: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6813
ポリマ－106,6813
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area39370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.430, 169.950, 95.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 DD_Off7_11_3G124


分子量: 35288.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue
#2: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 43172.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0AEY0
#3: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 28219.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P42212
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG6000 20% w/v, TAPS 0.02 M, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→48.785 Å / Num. obs: 23885 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(dev_2400)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.98→48.785 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 41.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 1185 5.02 %
Rwork0.2447 --
obs0.2472 23623 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→48.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7085 0 0 1 7086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4349824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1954287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9799-3.11550.45941360.46382551X-RAY DIFFRACTION92
3.1155-3.27980.51711480.46662792X-RAY DIFFRACTION99
3.2798-3.48520.39791470.36292787X-RAY DIFFRACTION100
3.4852-3.75420.3631470.31332788X-RAY DIFFRACTION100
3.7542-4.13180.30161480.26362819X-RAY DIFFRACTION100
4.1318-4.72930.30131490.22392830X-RAY DIFFRACTION100
4.7293-5.95670.29881510.23942870X-RAY DIFFRACTION100
5.9567-48.79130.23961590.19573001X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.854-2.4899-0.39061.81990.5611.9133-0.12370.5068-0.27310.42430.45230.26710.11990.4400.7802-0.006-0.05760.9103-0.05560.8514-0.7789-15.3555-8.8268
21.625-0.6335-1.48960.04610.59511.13810.18510.9529-0.9749-0.0950.08210.29-0.1262-0.552300.9343-0.0062-0.05280.88870.16161.0938-20.0413-6.5911-4.4207
3-0.0663-0.6602-0.80983.94210.59180.6647-0.02310.1949-0.53610.4535-0.2109-0.41360.00440.0966-0.0050.9024-0.012-0.13650.87910.20420.7902-17.117815.651614.5699
40.78151.8062-0.25151.8413-1.3381.78430.2895-0.98360.1712-1.50490.4039-1.8526-1.03860.14760.0212.11820.25480.16952.22690.31741.6998-7.5973-15.9286-64.6331
52.23240.5394-0.09954.1825-0.50264.70490.0870.2426-0.0482-0.07010.09160.34550.1284-0.9683-00.71110.1189-0.09560.86790.04520.7898-16.8329-14.413-38.6646
60.23820.0525-0.1491-0.0292-0.17280.1287-0.1031.4354-1.30290.2423-0.93490.6060.2206-0.246-0.00122.99250.1383-0.7052.0034-0.221.8064-18.6604-23.6484-65.8859
71.4273-1.70380.13661.31890.7861.26690.32970.23190.37860.0126-0.55710.1439-0.8506-0.813301.4366-0.08020.0181.17420.13970.7096-15.4505-10.0154-41.7219
82.2596-2.02070.19540.4987-0.26451.2784-0.4976-0.4261-0.41660.32970.17670.22390.1397-0.69810.0070.8647-0.01340.00910.86760.1660.8631-31.875925.9088-1.1246
9-0.4053-1.08170.51431.05430.10883.7054-0.38520.3655-0.13870.12850.3640.3634-0.31760.18450.01630.8120.02680.05950.95110.40081.114-30.276135.6195-0.8245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 158 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 325 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 83 through 273 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 274 through 296 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 297 through 368 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 69 through 230 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る