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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k7q | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of thaumatin at 2.5 A resolution | |||||||||
要素 | Thaumatin-1 | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Sweet protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thaumatococcus daniellii (植物) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | de la Cruz, M.J. / Hattne, J. / Shi, D. / Seidler, P. / Rodriguez, J. / Reyes, F.E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Gonen, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED. 著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen / 要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k7q.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k7q.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k7q_validation.pdf.gz | 869.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k7q_full_validation.pdf.gz | 871.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k7q_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k7q_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8219MC 8216C 8217C 8218C 8220C 8221C 8222C 8472C 5k7nC 5k7oC 5k7pC 5k7rC 5k7sC 5k7tC 5ty4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/287 / データの種類: diffraction image data / 詳細: SB Data Grid |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thaumatin / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.022166 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thaumatococcus daniellii (植物) |
緩衝液 | pH: 7 |
緩衝液成分 | 濃度: 1.1 M / 名称: ammonium tartate |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 | ||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN | ||||||||||||||||||||||||
撮影 | 平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 0.004 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 471 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 471 | ||||||||||||||||||||||||
画像スキャン | サンプリングサイズ: 0.0311999992 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 2000 mm | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 2.5→2.86 Å / フーリエ空間範囲: 92.2 % / 多重度: 3.9 / 構造因子数: 2825 / 位相残差: 52.4 ° | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 81.5 % / 再高解像度: 2.11 Å / 測定した強度の数: 51116 / 構造因子数: 12786 / 位相誤差: 28.74 ° / 位相残差: 41.7 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.434 / Rsym: 0.434 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.11→27.73 Å / Num. all: 51116 / Num. obs: 12786 / % possible obs: 81.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Rpim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 2.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155: ???) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 57.78 Å / B: 57.78 Å / C: 149.7 Å / 空間群名: P41212 / 空間群番号: 92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4EK0 PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 1-207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.5→27.732 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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