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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jsz | |||||||||
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タイトル | Folate ECF transporter: apo state | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ECF transporter / folate (葉酸) / membrane protein (膜タンパク質) / vitamin transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トランスロカーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å | |||||||||
データ登録者 | Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural insight in the toppling mechanism of an energy-coupling factor transporter. 著者: Swier, L.J. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jsz.cif.gz | 795 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jsz.ent.gz | 663 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jsz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33166.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 10 HIS-TAG AND TEV-CLEAVAGE SITE AT N-TERMINUS 由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー) 株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778 遺伝子: ecfA1, cbiO1, Ldb0424 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1GBJ0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する #2: タンパク質 | 分子量: 31672.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー) 株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778 遺伝子: ecfA2, cbiO2, Ldb0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1GBI9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する #3: タンパク質 | 分子量: 20483.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STREPII TAG AT C-TERMINUS 由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー) 株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778 遺伝子: Ldb1625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1G929 #4: タンパク質 | 分子量: 30290.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌) 遺伝子: ecfT, AT236_00396, CFL1_00754, SB57_06620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061BSU4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50MM TRIS, 17% PEG 350MME, 2% NG, 10MM SPERMIDINE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 52519 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 1.76 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 10.54 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 1.72 % / % possible all: 86.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5D3M 解像度: 3.004→49.004 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.004→49.004 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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