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万見
- PDB-5j51: Structure of tetrameric jacalin complexed with Gal alpha-(1,4) Gal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j51
タイトルStructure of tetrameric jacalin complexed with Gal alpha-(1,4) Gal
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Plant lectins (レクチン) / Galactose specific lectin / beta-prism I fold / post translational proteolysis / T-antigen binding protein / reducing / non-reducing sugars
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and Technology, Govt. of India インド
引用ジャーナル: IUBMB Life / 年: 2016
タイトル: Effect of linkage on the location of reducing and nonreducing sugars bound to jacalin.
著者: Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,36045
ポリマ－66,4718
非ポリマー2,88937
水8,395466
1
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,44923
ポリマ－33,2354
非ポリマー1,21319
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
2
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,91122
ポリマ－33,2354
非ポリマー1,67618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.560, 81.090, 63.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 10分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 1944.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18673
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 501分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 % / 解説: Monoclinic
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 150mM NaCl, 15% poly(ethylene glycol) 8000, 10% (v/v) isopropanol, 100mM HEPES (pH 7.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月16日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→60.14 Å / Num. obs: 63612 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.16 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLM1.0.5データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KU8

1ku8


解像度: 1.67→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.42 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21312 3223 5.1 %RANDOM
Rwork0.16445 ---
obs0.1669 60361 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-0.03 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→35.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4565 0 189 466 5220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.024945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9921.9766669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7625607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95724.063192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51515729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.087159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.665→1.708 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 236 -
Rwork0.397 4158 -
obs--92.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6486-0.1239-0.06180.8390.31641.0422-0.0025-0.0322-0.00320.04060.00460.00740.0047-0.0055-0.0020.01010.0023-0.00140.0026-0.00070.00114.38117.902336.3844
21.7562-0.4385-1.80220.50571.29774.72270.14820.15640.1179-0.1108-0.118-0.1001-0.3502-0.2908-0.03020.05470.02760.01180.05040.02410.08020.240911.876222.5152
30.9950.1589-0.10610.5523-0.1730.68340.0437-0.03110.05170.0229-0.020.0343-0.0607-0.0309-0.02370.01150.00050.00720.0221-0.00970.0094-20.79047.017422.8627
41.2037-1.5286-2.35325.14974.86945.9994-0.1107-0.1358-0.13620.08950.0472-0.01410.24980.14960.06350.02650.0118-0.00810.05070.02340.0617-8.8555-3.742522.8821
51.1326-0.13560.05030.755-0.15910.6990.02060.0737-0.0143-0.0524-0.0158-0.00030.01140.0435-0.00490.00750.00260.00490.0073-0.00020.006820.7526-2.65894.2628
60.84960.109-0.18620.35131.05683.6167-0.19920.0187-0.22470.1368-0.0520.01760.5229-0.19720.25110.139-0.01980.05580.0186-0.02220.09239.9347-9.947411.7112
70.63370.04460.00770.6871-0.04121.0230.00210.0749-0.0616-0.0604-0.02010.01470.0640.05040.0180.0152-0.00210.00040.021-0.00840.0071-4.3354-12.5892-4.4516
82.7409-1.6343-2.07372.05842.80823.88690.1550.04010.2227-0.19690.0471-0.1492-0.26930.0265-0.2020.035-0.00810.02030.05190.01420.0247-0.46850.92760.996
90.33010.0690.05120.0210.01080.00860.0120.03150.0585-0.0183-0.015-0.0029-0.00140.0120.0030.1767-0.0099-0.0060.16770.03240.16051.18993.556214.4384
101.08950.4159-0.54590.1666-0.25061.58660.05990.0960.01850.04060.02550.0437-0.07560.21-0.08550.23490.0053-0.01060.0595-0.01430.23084.37482.80425.383
110.2047-0.0044-0.00080.16430.06770.2574-0.00460.0069-0.0013-0.00080.0004-0.00560.00980.00750.00430.1199-0.0021-0.00530.09460.01790.12110.9965-0.259814.9523
12305.1877525.3754-75.4938910.5262-150.822190.465-0.40950.3008-2.73090.03780.8081-4.504-2.4533-1.167-0.39860.17560.04790.04030.02840.07240.37354.983625.239.3996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9A201 - 203
10X-RAY DIFFRACTION9C201 - 210
11X-RAY DIFFRACTION9E201 - 211
12X-RAY DIFFRACTION9G201 - 204
13X-RAY DIFFRACTION10A204 - 206
14X-RAY DIFFRACTION10B101
15X-RAY DIFFRACTION10C211
16X-RAY DIFFRACTION10E212
17X-RAY DIFFRACTION11A301 - 419
18X-RAY DIFFRACTION11B201 - 211
19X-RAY DIFFRACTION11C301 - 392
20X-RAY DIFFRACTION11D101 - 112
21X-RAY DIFFRACTION11E301 - 400
22X-RAY DIFFRACTION11F101 - 109
23X-RAY DIFFRACTION11G301 - 405
24X-RAY DIFFRACTION11H101 - 118
25X-RAY DIFFRACTION12A207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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