PDB-5isg: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0707

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isg

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0707

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.418 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0707
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isg.cif.gz	793.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isg.ent.gz	680.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s70-d 5lv2-2 2y1w-d 5is9-d 5k8x-d 5is6-d 5k8v-d 5lv3-d 5tbh-d 6s71-d 6s7c-d 5ise-d 5tbj-d 5isd-d 5lv2-1 5u4x-d 6s79-d 5dx8-d 6s7a-d 5lgs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.689, 98.160, 205.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 7種, 373分子

#2: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム / ポリエチレングリコール分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-6D6 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](3-aminopropyl)amino}-5'-deoxyadenosine / (S)-2-アミノ-4-(5′-アデノシル3-アミノプロピルアミノ)ブタン酸分子量: 424.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₈N₈O₅
#7: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 22% NaCl 200 mM

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 57672 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 37.26 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.418→20.125 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2072	2912	5.05 %	Random selection
R_work	0.1611	-	-	-
obs	0.1634	57626	98.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.418→20.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11012	0	251	344	11607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.546	15623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.352	6886
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.418-2.4576	0.2796	102	0.2004	2028	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4576-2.4999	0.2478	142	0.2003	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4999-2.5453	0.2652	122	0.1959	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5453-2.5941	0.3121	123	0.1962	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5941-2.6469	0.2431	135	0.1867	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6469-2.7044	0.2138	162	0.1755	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7044-2.7671	0.2313	137	0.1724	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7671-2.8361	0.2249	132	0.1807	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8361-2.9126	0.2255	142	0.1814	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9126-2.998	0.2336	148	0.1906	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.998-3.0945	0.2508	143	0.1847	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0945-3.2047	0.2299	138	0.182	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2047-3.3324	0.2366	140	0.1786	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3324-3.4833	0.1982	157	0.1608	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4833-3.666	0.2167	144	0.1562	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.666-3.8941	0.1817	127	0.1505	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8941-4.1923	0.1706	142	0.1276	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1923-4.6095	0.1493	125	0.1221	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6095-5.2661	0.1618	147	0.1212	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2661-6.5957	0.2275	160	0.1727	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5957-20.1255	0.1981	144	0.173	2798	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7545	0.1013	0.048	0.456	0.3268	0.9693	0.0443	-0.1023	0.1013	0.048	-0.0435	0.0117	-0.0705	-0.0323	0	0.283	-0.0582	0.0262	0.2653	-0.0663	0.2693	55.1014	40.3259	132.0082
2	0.7672	-0.0714	0.3036	0.053	0.1011	0.3545	0.1306	0.0246	0.0339	0.0137	-0.07	0.095	0.0216	0.0863	0.2273	0.173	-0.0286	0.0211	0.2276	-0.0081	0.3129	47.7989	11.8707	118.27
3	0.344	-0.0642	-0.0519	1.529	0.2917	1.0125	0.0049	-0.0425	-0.0622	-0.1046	0.0179	-0.0679	0.0139	0.0077	0.0001	0.1337	-0.0524	0.0474	0.235	-0.0196	0.2481	60.3159	19.033	118.145
4	0.7352	-0.0601	-0.4839	1.0065	0.4961	1.2815	0.1217	0.0954	0.0177	0.0015	0.0187	-0.0023	-0.1418	-0.0714	0.0074	0.1917	0.0301	0.0176	0.1956	0.0234	0.2478	18.9393	19.7711	114.0859
5	0.368	0.2149	-0.2378	0.1088	-0.1648	0.1579	0.2444	-0.3054	-0.1241	0.1003	-0.1481	0.0393	0.0518	0.0849	0.002	0.375	-0.0944	0.0616	0.4403	-0.0248	0.322	38.4286	29.5018	147.2643
6	0.1516	-0.0513	0.0346	0.4828	0.6237	0.8238	0.0298	-0.2749	0.1978	0.0048	-0.0607	-0.0035	0.1087	-0.186	0.0001	0.3209	0.0053	0.0859	0.3537	0.0266	0.3528	17.1013	21.9442	136.8068
7	0.4776	0.0483	0.0113	0.2655	0.6194	1.1557	0.1288	-0.1252	-0.123	0.0867	-0.0328	-0.0182	0.0887	-0.0725	0.0001	0.3198	-0.0265	0.0274	0.3187	0.0169	0.2798	16.8969	22.6524	139.3854
8	0.1594	0.2795	0.1306	0.4682	0.1555	0.3471	0.0699	-0.2113	0.0645	-0.0197	-0.0648	-0.2312	-0.1087	0.2033	-0	0.3573	-0.0199	0.0653	0.3937	-0.0314	0.361	24.5595	30.2012	140.6339
9	0.8576	0.2951	-0.2433	0.7079	-0.4373	0.853	-0.0007	0.1513	0.1337	0.0147	-0.0007	0.0522	-0.1062	0.0163	0	0.4017	0.0586	0.0094	0.3796	0.012	0.3153	23.0698	42.4294	173.8511
10	0.4493	-0.1214	0.0678	0.3286	-0.2433	0.1746	-0.0066	-0.006	-0.1418	0.1602	0.0446	0.1256	-0.0571	-0.0662	0	0.3747	0.0231	0.0188	0.3059	-0.0029	0.3422	26.0898	20.9005	189.0716
11	0.444	-0.1145	-0.3827	1.3689	-0.4069	0.3793	-0.0306	0.098	-0.2236	0.1268	-0.015	0.2507	-0.0637	-0.019	-0.0161	0.3813	0.048	0.077	0.3792	-0.01	0.4072	16.2036	20.2184	189.0217
12	0.7064	0.3691	-0.4268	1.2032	-0.1451	0.7473	0.1185	-0.066	-0.1248	-0.003	-0.1054	-0.1029	-0.1283	0.0813	0	0.4082	-0.0147	-0.0304	0.3339	0.0045	0.3396	57.2388	18.123	193.8259
13	0.3805	-0.3332	0.1792	0.2453	-0.0671	0.1209	0.0258	0.2377	-0.0654	-0.0875	-0.0167	-0.0326	0.111	-0.0332	0.0001	0.474	0.0368	0.031	0.5404	-0.0414	0.3807	39.6849	28.391	161.983
14	0.121	0.022	-0.0593	0.1261	-0.2073	0.3557	-0.1576	0.2199	-0.0185	0.1634	-0.1455	0.0642	0.0118	0.4758	-0.0345	0.5023	0.0153	0.0113	0.4614	0.015	0.4031	63.6325	23.3792	173.3945
15	0.1551	0.1269	-0.222	0.0815	-0.2299	0.4166	-0.0428	0.099	-0.2222	-0.079	-0.0907	-0.072	0.1631	-0.0109	0	0.3948	0.0529	0.0185	0.3274	-0.0292	0.3098	58.3913	17.5883	168.0793
16	0.6121	-0.0448	0.5264	0.1595	0.1115	0.5838	-0.0248	0.1766	-0.1253	0.0668	-0.0887	0.2098	-0.1913	0.0263	-0.0352	0.444	0.0728	0.0909	0.4512	-0.0282	0.334	53.9739	29.0066	167.2945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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