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- PDB-5inw: Structure of reaction loop cleaved lamprey angiotensinogen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inw
タイトルStructure of reaction loop cleaved lamprey angiotensinogen
要素
  • C-terminal peptide of Putative angiotensinogen
  • Putative angiotensinogenアンジオテンシン
キーワードHORMONE (ホルモン) / Angiotensinogen (アンジオテンシン) / Serpin (セルピン) / Heparin binding (ヘパリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative angiotensinogen / Putative angiotensinogen
類似検索 - 構成要素
生物種Lampetra fluviatilis (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wei, H. / Zhou, A.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2014CB910304 中国
National Natural Science Foundation of China31370727 中国
National Natural Science Foundation of China31170724 中国
Program for Professor of Special Appointment (Eastern Scholar) at Shanghai Institutions of Higher Learning, Shanghai PuJiang Program, and Innovation Program of Shanghai Municipal Education Commission12ZZ113 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Heparin Binds Lamprey Angiotensinogen and Promotes Thrombin Inhibition through a Template Mechanism
著者: Wei, H. / Cai, H. / Wu, J. / Wei, Z. / Zhang, F. / Huang, X. / Ma, L. / Feng, L. / Zhang, R. / Wang, Y. / Ragg, H. / Zheng, Y. / Zhou, A.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative angiotensinogen
B: Putative angiotensinogen
C: C-terminal peptide of Putative angiotensinogen
D: C-terminal peptide of Putative angiotensinogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4565
ポリマ－101,3604
非ポリマー961
水362
1
A: Putative angiotensinogen
C: C-terminal peptide of Putative angiotensinogen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6802
ポリマ－50,6802
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
2
B: Putative angiotensinogen
D: C-terminal peptide of Putative angiotensinogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7763
ポリマ－50,6802
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 119.360, 141.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A75 - 417
2010B75 - 417
1020C422 - 451
2020D422 - 451

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Putative angiotensinogen / アンジオテンシン


分子量: 46697.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-443 / 変異: INSERTION OF TWO ALA BETWEEN 416 AND 417, I418R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lampetra fluviatilis (魚類) / 遺伝子: agt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0MNC6
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide of Putative angiotensinogen


分子量: 3982.689 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 444-478 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lampetra fluviatilis (魚類) / 遺伝子: agt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0MNC7, UniProt: C0MNC6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1M Na acetate pH4.6, 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→91.26 Å / Num. obs: 18674 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.065 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDD

3ndd


解像度: 2.7→91.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 41.066 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27698 930 5 %RANDOM
Rwork0.20426 ---
obs0.20774 17694 90.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å2-0 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→91.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 5 2 5704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.9627847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.208313075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1615723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.49623.433233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.525151043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0391534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9525.2482910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9515.2472909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.797.8653627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7897.8663628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9865.6512905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9855.6512906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9628.334221
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61341.7756187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.61341.786188
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A389460.06
12B389460.06
21C29280.04
22D29280.04
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 66 -
Rwork0.325 1197 -
obs--85.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2999-0.2159-0.53081.56960.40292.3127-0.03310.1078-0.06170.01750.0242-0.11820.21590.10360.00890.0761-0.0325-0.02320.0560.00240.069823.8284375.76615.3301
21.8089-1.4937-0.41773.27950.46152.20790.0441-0.13360.06-0.07380.09470.0347-0.0611-0.1561-0.13880.0803-0-0.04380.05960.05120.13.8336374.45348.7057
31.50440.201-0.56920.89670.07234.6448-0.09420.0038-0.34780.3122-0.1104-0.12010.65660.23390.20450.25020.01480.04370.04940.00970.162225.4171362.892612.3228
42.9711-2.5477-1.09994.73220.78681.23260.0707-0.23330.638-0.208-0.084-0.5306-0.396-0.17240.01330.2390.1445-0.09170.1798-0.07930.30181.3339387.692951.9035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A73 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B75 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3C422 - 452
4X-RAY DIFFRACTION4D421 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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