PDB-5ik6: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with germacrene A and PPi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ik6

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with germacrene A and PPi

要素

5-epi-aristolochene synthase

5-epiaristolochene synthase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

terpene synthase /

TEAS / germacrene A / diphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

5-epiaristolochene synthase /

5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process /

terpene synthase activity / magnesium ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Xu, Y. / Louie, G.V. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: J.Antibiot. / 年: 2016
タイトル: Biosynthetic potential of sesquiterpene synthases: product profiles of Egyptian Henbane premnaspirodiene synthase and related mutants.
著者: Koo, H.J. / Vickery, C.R. / Xu, Y. / Louie, G.V. / O'Maille, P.E. / Bowman, M. / Nartey, C.M. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ik6.cif.gz	242.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ik6.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ik6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ik0C 5ik9C 5ikaC 5ikhC 5im1S 5idh 5idi 5idj 5idk 5idy 5idz 5il3 5il8 5ild C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dhi-d 5ik0-d 5eau-d 3m02-d 3lz9-d 1hxa-d 3n0g-2 7bzc-d 4di5-d 5il8-d 1hxg-d 5ilz-d 5dhk-d 3m00-d 5ili-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.510, 126.510, 123.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-883- HOH
2	1	A-925- HOH
3	1	A-930- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / 5-epiaristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CRE / GERMACRENE A / 8-ISOPROPENYL-1,5-DIMETHYL-CYCLODECA-1,5-DIENE / ゲルマクレン分子量: 204.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄ / コメント: 抗菌剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト / ピロリン酸塩分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.53 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM MOPSO, pH 7, 300 mM Mg Acetate, 13% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→44.13 Å / Num. obs: 42184 / % possible obs: 93.82 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.08375 / Net I/σ(I): 12.24
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.5803 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. measured obs: 3738

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IM1

5im1

解像度: 2.3→44.13 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	2099	4.98 %
R_work	0.1626	-	-
obs	0.1645	42147	93.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	27	235	4608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4488
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	6076
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.646	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3535	0.3094	124	0.2468	2373	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3535-2.4124	0.2917	109	0.2252	2368	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4124-2.4776	0.2347	142	0.205	2342	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4776-2.5505	0.257	121	0.202	2342	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5505-2.6328	0.2239	126	0.1899	2348	X-RAY DIFFRACTION	83
2.6328-2.7269	0.1986	119	0.1977	2428	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7269-2.836	0.2325	153	0.1837	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.9651	0.2235	153	0.1919	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.1214	0.2253	138	0.1823	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.3169	0.2466	145	0.1807	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.5729	0.2151	156	0.1695	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5729-3.9322	0.1883	140	0.1571	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9322-4.5008	0.1501	145	0.1286	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5008-5.6686	0.1719	171	0.133	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6686-44.1412	0.1633	157	0.1309	3073	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3846	-0.0147	-0.1585	3.8555	0.4139	1.2665	0.0129	-0.2701	-0.277	0.4332	0.0233	0.3948	0.1146	-0.1237	-0.0523	0.4084	-0.0479	0.0097	0.2787	-0.0106	0.2209	32.9023	55.6489	23.8741
2	6.9894	0.1141	-3.7086	4.9079	3.0166	5.6152	-0.0707	-0.428	-0.131	0.0524	0.409	-0.9264	-0.0558	0.9447	-0.2251	0.2699	0.0107	-0.0905	0.3514	-0.0869	0.3536	57.6454	63.9536	16.3995
3	3.6164	-1.2145	-0.7372	6.5189	3.5092	5.4696	-0.0212	0.2939	0.1343	-0.2111	0.0524	-0.3108	-0.169	0.1661	-0.0112	0.2401	-0.0451	0.0181	0.272	-0.0295	0.166	48.7259	62.7243	7.0721
4	4.278	0.0148	0.5867	7.2374	-2.5882	3.9711	-0.0406	0.1043	-0.4414	-0.4687	0.1018	-0.2691	0.2657	0.0482	-0.0729	0.2132	-0.0382	0.0213	0.2402	-0.0705	0.1653	37.0573	54.3931	13.5239
5	1.8398	0.4406	0.0178	3.5377	0.4587	0.8393	0.0046	-0.2079	0.5803	0.0293	-0.1552	1.4136	-0.1842	-0.3498	0.0787	0.3469	0.0399	0.0231	0.36	-0.1481	0.7317	18.197	77.7438	21.8685
6	3.0812	-0.1204	-0.3211	5.0968	-0.692	3.3158	0.0532	0.201	0.3569	-0.4288	-0.1149	0.3443	-0.2459	-0.1314	0.0306	0.3038	0.0272	-0.0347	0.2072	-0.0709	0.3037	35.1022	80.7483	16.6721
7	7.9877	2.2212	-0.1924	3.3	-4.7993	8.9017	-0.2887	0.5005	0.5672	-0.7737	-0.0224	0.5216	-0.3754	-0.1396	0.2807	0.4801	0.0078	-0.107	0.379	-0.1328	0.3621	24.5615	63.8282	8.2854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 223 through 412 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 413 through 519 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

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新型コロナ情報

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