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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iei | ||||||
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タイトル | X-ray crystallographic structure of a high affinity IGF2 antagonist (Domain11 AB5 RHH) based on human IGF2R domain 11 | ||||||
要素 | Cation-independent mannose-6-phosphate receptor | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / IGF2 / IGF2R / domain 11 (ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / 小胞 / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ゴルジ体 / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / 精子形成 / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nicholls, R.D. / Williams, C. / Strickland, M. / Frago, S. / Hassan, A.B. / Crump, M.P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Functional evolution of IGF2:IGF2R domain 11 binding generates novel structural interactions and a specific IGF2 antagonist. 著者: Frago, S. / Nicholls, R.D. / Strickland, M. / Hughes, J. / Williams, C. / Garner, L. / Surakhy, M. / Maclean, R. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Ebner, D. / Sanegre, S. / Yu, S. ...著者: Frago, S. / Nicholls, R.D. / Strickland, M. / Hughes, J. / Williams, C. / Garner, L. / Surakhy, M. / Maclean, R. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Ebner, D. / Sanegre, S. / Yu, S. / Buffa, F.M. / Crump, M.P. / Hassan, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iei.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iei.ent.gz | 26.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/5iei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/5iei | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15554.753 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1508-1649 / 変異: Q1569R, P1597H, S1602H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2R, MPRI / プラスミド: pET26a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11717 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 % 解説: Elongated clear bars, normally crystalise from droplet edge inward. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-(2-hydroxyethyl)imino-tris(hydroxymethyl methane, pH 7.0. PH範囲: 6.5-8.0 Temp details: Crystal growth at 277K and 298 led to precipitation or small needles. Optimal growth conditions were at 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→38.36 Å / Num. obs: 3414 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GP0 解像度: 2.8→38.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 13.074 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.441 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.36 Å
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拘束条件 |
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