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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i7z | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a Par-6 PDZ-Crumbs 3 C-terminal peptide complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / PDZ / cell polarity | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cell junction assembly / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / subapical complex / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / establishment of neuroblast polarity ...positive regulation of cell junction assembly / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / subapical complex / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / establishment of neuroblast polarity / RHOU GTPase cycle / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Asymmetric localization of PCP proteins / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / muscle cell postsynaptic specialization / border follicle cell migration / Tight junction interactions / asymmetric neuroblast division / morphogenesis of a polarized epithelium / apical cortex / bicellular tight junction assembly / apical protein localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of smoothened signaling pathway / centrosome cycle / positive regulation of filopodium assembly / protein kinase inhibitor activity / bicellular tight junction / positive regulation of lamellipodium assembly / synapse assembly / protein localization to plasma membrane / terminal bouton / SH3 domain binding / 細胞結合 / 細胞皮質 / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / protein domain specific binding / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.801 Å | |||||||||
データ登録者 | Whitney, D.S. / Peterson, F.C. / Prehoda, K.E. / Volkman, B.F. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Binding of Crumbs to the Par-6 CRIB-PDZ Module Is Regulated by Cdc42. 著者: Whitney, D.S. / Peterson, F.C. / Kittell, A.W. / Egner, J.M. / Prehoda, K.E. / Volkman, B.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i7z.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i7z.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i7z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10266.793 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 158-253) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: par-6, CG5884, Dmel_CG5884 / プラスミド: PBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O97111 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 967.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUF7*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 26% PEG 6000, 100 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 10639 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 43.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 70.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.801→38.448 Å / FOM work R set: 0.7847 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.85 Å2 / Biso mean: 37.11 Å2 / Biso min: 16.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.801→38.448 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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