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- PDB-5h83: HETEROYOHIMBINE SYNTHASE HYS FROM CATHARANTHUS ROSEUS - APO FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h83
タイトルHETEROYOHIMBINE SYNTHASE HYS FROM CATHARANTHUS ROSEUS - APO FORM
要素heteroyohimbine synthase HYS
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heteroyohimbine synthase / medium chain dehydrogenase/reductase / NADP+ dependent enzyme / zinc binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heteroyohimbine synthase HYS
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Stavrinides, A. / Tatsis, E.C. / Caputi, L. / Foureau, E. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Courdavault, V. / O'Connor, S.E.
資金援助 英国, フランス, 4件
組織認可番号国
European Research Council311363 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
Region CentreABISAL grant フランス
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilDoctoral Training Partnership 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural investigation of heteroyohimbine alkaloid synthesis reveals active site elements that control stereoselectivity.
著者: Stavrinides, A. / Tatsis, E.C. / Caputi, L. / Foureau, E. / Stevenson, C.E. / Lawson, D.M. / Courdavault, V. / O'Connor, S.E.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heteroyohimbine synthase HYS
B: heteroyohimbine synthase HYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6296
ポリマ－77,3672
非ポリマー2624
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.630, 188.630, 58.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 heteroyohimbine synthase HYS


分子量: 38683.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Native N-terminal MET is replaced by a GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of the affinity tag
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
遺伝子: Cr_032583b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SOLUBL21 / 参照: UniProt: A0A1C7D195*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.32 Å / Num. obs: 49387 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 251519
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.25-2.3151.3661.11758435450.510.66497.8
10.06-48.324.60.0340.927866000.9990.01599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FI3

5fi3


解像度: 2.25→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2242 / WRfactor Rwork: 0.1902 / FOM work R set: 0.8312 / SU B: 12.478 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.2024 / SU Rfree: 0.1748 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 2536 5.1 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.192 46849 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.17 Å2 / Biso mean: 52.8 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å20 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----3.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5217 0 4 180 5401
Biso mean--51.89 42.3 -
残基数----704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9717268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533.00211740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79524.926203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68715857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6561514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2082.6452824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2082.6452823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3593.9563530
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 156 -
Rwork0.324 3379 -
all-3535 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0989-2.1361-0.78436.36652.31543.0459-0.1083-0.2118-0.22730.41840.1234-0.1520.81710.0265-0.01510.2312-0.0112-0.02320.13860.09440.2184-40.786930.974721.573
21.266-0.8552-1.02033.62731.19763.82640.06850.0605-0.032-0.0311-0.0053-0.5910.23290.317-0.06310.04490.0202-0.01360.07260.00680.1316-37.42236.837812.9088
35.83190.14460.04620.95350.26431.75130.0376-0.05830.23780.0310.0271-0.32120.020.5917-0.06470.024-0.0167-0.00350.2245-0.00860.1239-29.804247.134414.9904
42.38471.7892-0.57331.5925-0.08065.128-0.0429-0.1184-0.13050.0399-0.0526-0.19740.24980.34670.09550.02920.0131-0.01260.043-0.010.0673-37.357343.48229.3269
54.78820.38350.29211.1748-0.10621.76530.09990.3296-0.2767-0.079-0.0536-0.34390.19290.3972-0.04630.04060.00890.02940.3062-0.01590.1615-22.759942.149-13.4544
62.2170.2693-0.27443.47340.07293.1913-0.0431-0.0212-0.1936-0.09580.0517-0.14460.31050.1501-0.00860.03330.01320.00410.0078-0.00140.0214-40.363237.24631.6641
7100.0756-109.6494-74.1844121.59596.1829207.5182-1.30670.8002-0.76791.7834-1.08171.01714.5555-2.69422.38840.4572-0.04810.09250.38770.01730.438415.208264.895-34.869
83.6637-1.22051.23521.5413-0.93252.3190.29990.80870.5615-0.5132-0.17990.2036-0.1913-0.2672-0.120.37790.0940.03020.68960.1280.367111.817459.3154-20.8731
95.7006-0.5427-1.89320.07550.22672.3925-0.10630.16820.0655-0.02890.0528-0.04480.2179-0.12040.05350.3659-0.02140.01160.38060.00330.3911.474955.4018-22.3531
104.0150.3201-0.68011.9961-0.26162.93490.0937-0.18450.3621-0.0666-0.124-0.0409-0.2511-0.22860.03030.03590.0525-0.01580.4245-0.07480.25387.024254.5353-1.3866
116.40060.0866-1.80053.09930.23053.97350.0421-0.4352-0.66820.1721-0.1398-0.16250.6096-0.00320.09770.1194-0.0186-0.00270.56660.01430.3478-2.276139.70614.0883
124.42950.4409-0.68850.7957-0.04850.56160.13470.27310.2935-0.0855-0.00560.0575-0.1839-0.1973-0.12910.11840.0555-0.00840.4480.00210.158610.254751.0822-7.5507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3A88 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4A126 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5A171 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6A299 - 357
7X-RAY DIFFRACTION7B6 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8B11 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9B115 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10B132 - 225
11X-RAY DIFFRACTION11B226 - 279
12X-RAY DIFFRACTION12B280 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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