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Yorodumi- PDB-5fi5: HETEROYOHIMBINE SYNTHASE THAS1 FROM CATHARANTHUS ROSEUS - APO FORM -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fi5 | |||||||||||||||
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Title | HETEROYOHIMBINE SYNTHASE THAS1 FROM CATHARANTHUS ROSEUS - APO FORM | |||||||||||||||
Components | Tetrahydroalstonine synthase | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / heteroyohimbine synthase / medium chain dehydrogenase/reductase / NADP+ dependent enzyme / zinc binding site | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information : / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Catharanthus roseus (Madagascar periwinkle) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | |||||||||||||||
Authors | Stavrinides, A. / Tatsis, E.C. / Caputi, L. / Foureau, E. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Courdavault, V. / O'Connor, S.E. | |||||||||||||||
Funding support | United Kingdom, France, 4items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Structural investigation of heteroyohimbine alkaloid synthesis reveals active site elements that control stereoselectivity. Authors: Stavrinides, A. / Tatsis, E.C. / Caputi, L. / Foureau, E. / Stevenson, C.E. / Lawson, D.M. / Courdavault, V. / O'Connor, S.E. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fi5.cif.gz | 268.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fi5.ent.gz | 218.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fi5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fi5_validation.pdf.gz | 441.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5fi5_full_validation.pdf.gz | 443.3 KB | Display | |
Data in XML | 5fi5_validation.xml.gz | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5fi5_validation.cif.gz | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fi5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fi3SC 5h81C 5h82C 5h83C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 355 / Label seq-ID: 15 - 356
|
-Components
#1: Protein | Mass: 38381.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Native N-terminal MET is replaced by a GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of the affinity tag Source: (gene. exp.) Catharanthus roseus (Madagascar periwinkle) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): SOLUBL21 / References: UniProt: A0A0F6SD02 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: NULL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→71.27 Å / Num. obs: 41188 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 463108 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FI3 Resolution: 2.25→71.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2132 / WRfactor Rwork: 0.1768 / FOM work R set: 0.7765 / SU B: 16.177 / SU ML: 0.188 / SU R Cruickshank DPI: 0.2504 / SU Rfree: 0.2063 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.206 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.34 Å2 / Biso mean: 59.1 Å2 / Biso min: 32.85 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→71.27 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 38578 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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