[日本語] English
- PDB-5gzr: Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gzr
タイトルZika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab
要素
  • Z23 Fab heavy chain
  • Z23 Fab light chain
  • structural protein E
  • strutural protein M
キーワードVIRUS / Zika virus / Neutralizing antibody / Single Particle Reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / centrosome / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Gao, G.G. / Shi, Y. / Peng, R. / Liu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
China Ministry of Science and Technology Key Research and Development Program2016YFC1200300 中国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / : 2016
タイトル: Molecular determinants of human neutralizing antibodies isolated from a patient infected with Zika virus.
著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / ...著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / Ying Xiong / Yong Liao / Jianhua Li / Jianping Yang / Zhou Tong / Bryan D Griffin / Yuhai Bi / Mifang Liang / Xiaoning Xu / Chuan Qin / Gong Cheng / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Xiangguo Qiu / Gary Kobinger / Yi Shi / Jinghua Yan / George F Gao /
要旨: The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and ...The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and countermeasures are needed to treat and prevent ZIKV infection. We report the isolation of 13 specific human monoclonal antibodies from a single patient infected with ZIKV. Two of the isolated antibodies (Z23 and Z3L1) demonstrated potent ZIKV-specific neutralization in vitro without binding or neutralizing activity against strains 1 to 4 of dengue virus, the closest relative to ZIKV. These two antibodies provided postexposure protection to mice in vivo. Structural studies revealed that Z23 and Z3L1 bound to tertiary epitopes in envelope protein domain I, II, or III, indicating potential targets for ZIKV-specific therapy. Our results suggest the potential of antibody-based therapeutics and provide a structure-based rationale for the design of future ZIKV-specific vaccines.
履歴
登録2016年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_software / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_software.name / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9542
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9542
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: structural protein E
B: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
E: strutural protein M
F: strutural protein M
H: Z23 Fab heavy chain
L: Z23 Fab light chain
M: Z23 Fab heavy chain
N: Z23 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,69010
ポリマ-282,69010
非ポリマー00
00
1
A: structural protein E
B: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
E: strutural protein M
F: strutural protein M
H: Z23 Fab heavy chain
L: Z23 Fab light chain
M: Z23 Fab heavy chain
N: Z23 Fab light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,961,372600
ポリマ-16,961,372600
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: structural protein E
B: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
E: strutural protein M
F: strutural protein M
H: Z23 Fab heavy chain
L: Z23 Fab light chain
M: Z23 Fab heavy chain
N: Z23 Fab light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.41 MDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,413,44850
ポリマ-1,413,44850
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: structural protein E
B: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
E: strutural protein M
F: strutural protein M
H: Z23 Fab heavy chain
L: Z23 Fab light chain
M: Z23 Fab heavy chain
N: Z23 Fab light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.7 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,696,13760
ポリマ-1,696,13760
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
6
A: structural protein E
B: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
E: strutural protein M
F: strutural protein M
H: Z23 Fab heavy chain
L: Z23 Fab light chain
M: Z23 Fab heavy chain
N: Z23 Fab light chain
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 17 MDa, 600 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,961,372600
ポリマ-16,961,372600
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.80143517, 0.51349197, 0.3066393), (-0.50609295, 0.30904479, 0.80520882), (0.31870299, -0.80051066, 0.50755403)-245.39278, 153.93894, 384.64172
3generate(0.48015053, 0.32475452, 0.81485579), (-0.30538362, -0.80894423, 0.50234458), (0.82231157, -0.49004463, -0.28924029)-245.06651, 635.42143, 378.43101
4generate(0.48015053, -0.30538361, 0.82231156), (0.32475452, -0.80894423, -0.49004463), (0.8148558, 0.50234459, -0.28924029)0.52791, 779.05504, -10.04915
5generate(0.80143517, -0.50609294, 0.31870299), (0.51349198, 0.30904479, -0.80051066), (0.3066393, 0.80520882, 0.50755403)151.98735, 386.343, -243.93238
6generate(-0.52368743, 0.30574217, 0.79515608), (0.30574217, -0.80374594, 0.5104059), (0.79515609, 0.5104059, 0.32743337)164.25637, 390.29395, -248.46278
7generate(-0.32101686, -0.81095218, 0.48918782), (0.81447058, -0.49998271, -0.29437219), (0.48330723, 0.30393065, 0.82099957)645.68132, 387.86263, -239.07247
8generate(0.3090486, -0.80706018, -0.50313299), (0.81196579, 0.49935512, -0.30225159), (0.49517727, -0.31511634, 0.80963027)787.78147, -2.1972, 4.90488
9generate(0.4957799, 0.31203955, -0.81045271), (0.30168935, 0.81321663, 0.49765676), (0.81436223, -0.49123317, 0.30903746)394.17924, -240.83612, 146.30086
10generate(-0.01887927, 0.99978922, -0.00806594), (-0.01117405, 0.00785588, 0.99990671), (0.99975934, 0.01896764, 0.01102339)8.81954, 1.73675, -10.28897
11generate(0.33203361, -0.80759354, -0.48738726), (-0.80759355, -0.51036721, 0.29549615), (-0.48738727, 0.29549615, -0.8216664)772.76515, 796.30319, 792.51118
12generate(0.51948904, 0.31107271, -0.79584226), (-0.29476512, -0.80896695, -0.50861184), (-0.80202536, 0.49880481, -0.32855607)379.49693, 1029.57558, 641.55368
13generate(0.00526777, 0.99996905, 0.0058413), (0.01108122, 0.00578265, -0.99992188), (-0.99992473, 0.00533208, -0.01105042)-6.20986, 781.74397, 788.77402
14generate(-0.49999387, 0.30706416, 0.80976399), (-0.31272377, 0.80792534, -0.4994602), (-0.80759518, -0.50295949, -0.30793146)148.67845, 395.30321, 1030.7187
15generate(-0.29804148, -0.81007096, 0.50493197), (-0.81869261, 0.48892718, 0.30115217), (-0.49082961, -0.32362823, -0.80891969)630.11149, 404.30131, 1033.02839
16generate(-0.80834618, 0.50185137, -0.30776882), (0.50185138, 0.31411315, -0.80590206), (-0.30776882, -0.80590206, -0.50576697)633.20252, 391.03777, 1031.93859
17generate(-0.99990735, -0.0136125, 1.514E-5), (-0.0136125, 0.99990487, -0.0022248), (1.514E-5, -0.0022248, -0.99999753)790.43858, 6.25775, 788.86406
18generate(-0.7944669, -0.51766339, -0.31756411), (-0.51766339, 0.30380646, 0.79982889), (-0.31756411, 0.79982889, -0.50933956)1033.71895, 162.6667, 403.87709
19generate(-0.47593655, -0.31372009, -0.82162284), (-0.3137201, -0.81219774, 0.49184807), (-0.82162285, 0.49184807, 0.2881343)1026.83844, 644.11277, 409.01659
20generate(-0.48451442, 0.31637468, -0.81556902), (0.31637469, -0.80582786, -0.50054823), (-0.81556903, -0.50054823, 0.29034228)779.30567, 785.25385, 797.17995
21generate(0.80196597, 0.51702829, -0.29921953), (0.49805646, -0.30214593, 0.81280232), (0.32983383, -0.80086802, -0.49982003)-8.2895, -2.17881, 777.3153
22generate(0.2856972, 0.81111641, 0.51035994), (0.81111642, -0.48828555, 0.3219742), (0.51035995, 0.3219742, -0.79741165)-240.58769, 141.72739, 380.84005
23generate(-0.01887927, -0.01117405, 0.99975932), (0.99978924, 0.00785589, 0.01896764), (-0.00806594, 0.99990671, 0.01102338)10.47241, -8.63617, -1.55203
24generate(0.30915088, -0.81346563, 0.4926453), (0.8033355, 0.50062777, 0.3225274), (-0.50899688, 0.29604982, 0.80825533)397.93427, -245.47216, 158.59193
25generate(0.81646114, -0.48701862, -0.31016778), (0.49324758, 0.30903611, 0.81314421), (-0.30016334, -0.81689016, 0.49253674)386.33878, -241.48129, 639.95841
26generate(-0.49982838, -0.32308799, 0.80360794), (0.29310005, 0.80998453, 0.50795416), (-0.8150239, 0.48942743, -0.31015615)399.57645, -240.24671, 643.10535
27generate(0.01904477, -0.99980324, -0.00554587), (-0.01314026, -0.00579669, 0.99989686), (-0.99973229, -0.01896993, -0.01324808)781.59605, 7.89717, 799.14927
28generate(0.51948903, -0.29476511, -0.80202535), (0.31107272, -0.80896695, 0.49880481), (-0.79584227, -0.50861183, -0.32855607)620.88078, 394.83141, 1036.46039
29generate(0.30990745, 0.81768766, -0.48512291), (0.81768767, -0.48957224, -0.30282981), (-0.48512293, -0.30282981, -0.82033521)139.53368, 385.82604, 1027.08279
30generate(-0.32006535, 0.80018316, 0.50721303), (0.80657996, 0.5109948, -0.29717521), (-0.49697783, 0.31399237, -0.80896343)2.76008, -6.67383, 783.97601
31generate(-0.00543327, -0.99995504, 0.00777051), (0.01323309, -0.00784184, -0.99988169), (0.99989768, -0.00532979, 0.01327511)786.01831, 786.25702, -1.64733
32generate(0.50419227, -0.31804121, -0.80289472), (-0.30409112, 0.80478755, -0.50975051), (0.80828136, 0.50116542, 0.30905416)636.40844, 397.20633, -242.72931
33generate(0.30915089, 0.80333548, -0.50899687), (-0.81346564, 0.50062777, 0.29604982), (0.49264531, 0.3225274, 0.80825533)154.89756, 399.64492, -245.05172
34generate(-0.32101686, 0.81447056, 0.48330722), (-0.8109522, -0.49998271, 0.30393065), (0.48918783, -0.29437219, 0.82099957)6.91734, 790.20274, -5.40508
35generate(-0.51544056, -0.30002427, 0.80268702), (-0.30002428, -0.81423421, -0.49699908), (0.80268704, -0.49699907, 0.32967477)396.97142, 1029.14216, 145.02711
36generate(-0.29670432, 0.80601474, -0.51215892), (-0.8043896, -0.49999675, -0.32087478), (-0.51470761, 0.31677038, 0.79670108)392.91878, 1033.8034, 157.21368
37generate(-0.80893424, 0.50672804, 0.29808065), (-0.49388504, -0.31070531, -0.81212055), (-0.31890902, -0.80416969, 0.50160556)392.80724, 1030.80401, 638.72698
38generate(-0.80976065, -0.49739631, 0.3112629), (-0.49739632, 0.30048329, -0.81382228), (0.3112629, -0.81382227, -0.49072264)783.9733, 791.79474, 786.13035
39generate(-0.29804148, -0.8186926, -0.4908296), (-0.81007098, 0.48892718, -0.32362823), (0.50493198, 0.30115218, -0.80891969)1025.83876, 647.07828, 395.71735
40generate(0.01904477, -0.01314026, -0.99973227), (-0.99980326, -0.0057967, -0.01896993), (-0.00554587, 0.99989686, -0.01324807)784.15377, 796.64786, 7.02546
41generate(0.80196597, 0.49805645, 0.32983383), (0.51702829, -0.30214594, -0.80086802), (-0.29921954, 0.81280231, -0.49982003)-248.65182, 626.15455, 387.80832
42generate(0.4957799, 0.30168934, 0.81436222), (0.31203956, 0.81321663, -0.49123317), (-0.81045272, 0.49765675, 0.30903745)-241.91034, 144.72026, 394.10492
43generate(0.50419228, -0.30409111, 0.80828135), (-0.31804121, 0.80478755, 0.50116542), (-0.80289473, -0.50975051, 0.30905416)-3.89173, 4.38493, 788.46162
44generate(0.81557747, -0.48211692, 0.31999477), (-0.5024638, -0.31578447, 0.80486664), (-0.28699045, -0.81721688, -0.499793)136.47039, 399.08723, 1025.89086
45generate(0.99961174, 0.01363754, 0.02429794), (0.01363753, -0.99990699, 0.00016571), (0.02429794, 0.00016571, -0.99970475)-14.79966, 783.36198, 778.27351
46generate(-0.00543326, 0.0132331, 0.99989767), (-0.99995506, -0.00784184, -0.0053298), (0.00777051, -0.99988169, 0.0132751)-4.48681, 792.13991, 780.0781
47generate(0.3076188, -0.79912906, 0.51649144), (-0.79912907, -0.51162582, -0.315645), (0.51649145, -0.31564499, -0.79599298)383.48593, 1034.26444, 629.35671
48generate(0.81557747, -0.50246379, -0.28699044), (-0.48211693, -0.31578447, -0.81721689), (0.31999478, 0.80486663, -0.499793)383.64558, 1030.19557, 147.85127
49generate(0.81646114, 0.49324757, -0.30016333), (-0.48701864, 0.30903611, -0.81689016), (-0.31016779, 0.81314421, 0.49253674)-4.22849, 785.55635, 0.98593
50generate(0.30904861, 0.81196578, 0.49517726), (-0.8070602, 0.49935512, -0.31511635), (-0.503133, -0.30225159, 0.80963026)-244.1075, 638.42986, 391.7236
51generate(-0.29670433, -0.80438959, -0.51470761), (0.80601476, -0.49999675, 0.31677038), (-0.51215893, -0.32087478, 0.79670108)1029.08047, 150.39937, 407.70599
52generate(0.00526776, 0.01108122, -0.99992472), (0.99996907, 0.00578265, 0.00533209), (0.0058413, -0.99992188, -0.01105042)780.08468, -2.5167, 790.43545
53generate(-0.32006536, 0.80657994, -0.49697782), (0.80018318, 0.5109948, 0.31399238), (0.50721304, -0.29717521, -0.80896343)395.88507, -244.96077, 630.82468
54generate(-0.82310437, 0.48275437, 0.29907757), (0.48275439, 0.31745367, 0.81619322), (0.29907758, 0.81619322, -0.4943493)407.43245, -241.88338, 149.45033
55generate(-0.80866646, -0.51287955, 0.28811996), (0.4863585, -0.30737347, 0.81791012), (-0.33092894, 0.80154608, 0.49800594)798.76873, 2.46262, 11.5554
56generate(-0.49982838, 0.29310004, -0.81502389), (-0.32308799, 0.80998453, 0.48942743), (0.80360796, 0.50795415, -0.31015615)794.2822, 8.94108, 0.39458
57generate(-0.80866646, 0.48635849, -0.33092894), (-0.51287956, -0.30737347, 0.80154608), (0.28811997, 0.81791012, 0.49800594)648.56379, 401.16691, -237.91009
58generate(-0.99970439, -2.504E-5, -0.02431309), (-2.504E-5, -0.99999788, 0.00205909), (-0.02431308, 0.00205909, 0.99970227)794.58513, 788.01517, 8.84943
59generate(-0.80893425, -0.49388503, -0.31890902), (0.50672805, -0.31070531, -0.80416969), (0.29808066, -0.81212054, 0.50160556)1030.54969, 634.87471, 399.65986
60generate(-0.49999388, -0.31272377, -0.80759517), (0.30706416, 0.80792534, -0.50295949), (0.809764, -0.4994602, -0.30793146)1030.36247, 153.38044, 394.43448

-
要素

#1: タンパク質 structural protein E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 細胞株: Aedes albopictus C6/36 cells / : isolate ZIKV_SMGC-1 / 参照: UniProt: A0A024B7W1, UniProt: A0A1B0XTC8*PLUS
#2: タンパク質 strutural protein M / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 細胞株: Aedes albopictus C6/36 cells / : ZIKV_SMGC-1 / 参照: UniProt: A0A024B7W1, UniProt: A0A1B0XTC8*PLUS
#3: 抗体 Z23 Fab heavy chain / IgG heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23516.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Z23 Fab light chain / IgG light chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23416.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 FabCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Zika virusCOMPLEX#1-#21NATURALZika virus strain ZIKA-SMGC-1 propagated in Aedes albopictus C6/36 cells
3Neutralizing antibody Z23 FabCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID単位実験値
11MEGADALTONSNO
21NO
31NO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / : ZIKA-SMGC-1
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T / プラスミド: pCAGGS
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
112 mMTris-HClTris-HCl1
2120 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 230 divisions/in.
グリッドのタイプ: Zhongjikeyi ultra-thin carbon-coated copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and ...詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 41139 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 566

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択e2boxer.py
4CTFFIND3CTF補正
7Chimera1.11モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.43次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 17024
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 9.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3369 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る