PDB-5gn5: Crystal structure of glycerol kinase from Trypanosoma brucei gamb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gn5

タイトル

Crystal structure of glycerol kinase from Trypanosoma brucei gambiense complexed with cumarin derivative-17

要素

Glycerol kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Glycerol kinase /

inhibitor (酵素阻害剤) /

drug (薬物) / African trypanosomes

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol kinase /

glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process /

リン酸化 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Balogun, E.O. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Tsuge, T. / May, B. / Sato, T. / Kido, Y. / Takeshi, N. / Aoki, T. / Honma, T. ...

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: Discovery of trypanocidal coumarins with dual inhibition of both the glycerol kinase and alternative oxidase ofTrypanosoma brucei brucei.
著者: Balogun, E.O. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Tsuge, C. / May, B. / Sato, T. / Kido, Y. / Nara, T. / Aoki, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Matsuoka, S. / Michels, P.A.M. / Watanabe, Y. ...

履歴

登録	2016年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gn5.cif.gz	786.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gn5.ent.gz	657.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gn6C 5gn7C 5gn9C 3wxiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j9x-2 6zq4-1 6zq4-4 6zq6-2 6zq4-2 3wxl-2 6jae-1 5azj-1 5azj-2 3wxk-2 6j9q-1 6j9x-1 5azi-2 6zq4-3 3wxk-1 3wxj-2 3wxl-1 3wxj-1 5gn6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerol kinase

B: Glycerol kinase

C: Glycerol kinase

D: Glycerol kinase

ヘテロ分子

228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycerol kinase

B: Glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycerol kinase

D: Glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.030, 63.205, 154.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycerol kinase / 分子量: 56606.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) 遺伝子: gk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3KVM3, glycerol kinase
#2: 化合物	ChemComp-6XZ / 4-[[4-(4-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]methyl]-7,8-bis(oxidanyl)chromen-2-one 分子量: 382.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20-30% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.01M MAGNESIUM SULPHATE, 11% 1,6-HEXANEDIOL PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月28日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 56927 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WXI

3wxi

解像度: 2.85→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.508 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28629	2454	5 %	RANDOM
R_work	0.19415	-	-	-
obs	0.19881	46711	88.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.405 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	-0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-2.72 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15804	0	136	198	16138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	16272
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	15620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.865	1.963	22020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	3.002	35916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.077	5	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.081	23.006	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.063	15	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.565	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.774	3.685	8204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.774	3.685	8203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.059	5.523	10248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.059	5.523	10249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.618	3.952	8068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.618	3.952	8068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.834	5.847	11773
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.767	30.013	18336
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.767	30.011	18334
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.922 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	115	-
R_work	0.279	2245	-
obs	-	-	59.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.536	-0.2998	0.1717	0.2124	-0.1442	1.0096	-0.0501	0.1347	-0.0901	0.0402	-0.0056	0.0536	-0.0085	0.1256	0.0557	0.1668	-0.0825	0.0376	0.2158	-0.0125	0.0542	45.5568	0.5467	16.7464
2	0.6366	-0.4743	-0.2614	0.747	0.1907	1.0354	0.0888	0.2315	0.0848	-0.0611	-0.0403	-0.0946	-0.0735	-0.335	-0.0485	0.1642	-0.0385	-0.018	0.3165	0.0575	0.0236	-4.6628	35.2604	20.7478
3	0.5328	0.3111	-0.2509	0.2289	-0.1301	0.967	-0.0654	-0.1209	0.0853	-0.0464	0.0138	0.0559	0.0124	0.1372	0.0516	0.1692	0.0838	-0.0288	0.2181	-0.01	0.0487	106.076	3.9575	60.6613
4	0.5459	0.4201	0.2633	0.7062	0.2283	1.0626	0.0868	-0.2095	-0.0825	0.0548	-0.0497	-0.1084	0.0885	-0.3388	-0.0371	0.1598	0.0408	0.021	0.3109	0.0535	0.0283	55.8194	-30.7254	56.6529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 511
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-1 - 511
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-1 - 511
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 511
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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