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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gjh | ||||||
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タイトル | Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Antigens (抗原) / Phosphopeptides | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD28 co-stimulation ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD28 co-stimulation / CD28 dependent Vav1 pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of interleukin-10 production / 液性免疫 / Generation of second messenger molecules / 免疫シナプス / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of viral genome replication / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / FLT3 Signaling / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of translation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / apoptotic signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / cytokine-mediated signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Ras protein signal transduction / protease binding / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / エンドソーム / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Inaba, S. / Numoto, N. / Morii, H. / Ogawa, S. / Ikura, T. / Abe, R. / Ito, N. / Oda, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Crystal Structures and Thermodynamic Analysis Reveal Distinct Mechanisms of CD28 Phosphopeptide Binding to the Src Homology 2 (SH2) Domains of Three Adaptor Proteins 著者: Inaba, S. / Numoto, N. / Ogawa, S. / Morii, H. / Ikura, T. / Abe, R. / Ito, N. / Oda, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gjh.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gjh.ent.gz | 88.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gjh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11883.263 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRAP2, GADS, GRB2L, GRID / プラスミド: pGEX-4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75791 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1038.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-196 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10747 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 61484 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R1Q 解像度: 1.2→47.85 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→47.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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