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万見
- PDB-6kil: N21Q mutant thioredoxin from Halobacterium salinarum NRC-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kil
タイトルN21Q mutant thioredoxin from Halobacterium salinarum NRC-1
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / halophile
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Arai, S. / Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Adachi, M. / Ishibashi, M. / Tokunaga, H. / Tokunaga, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2020
タイトル: Catalytic mechanism and evolutional characteristics of thioredoxin from Halobacterium salinarum NRC-1.
著者: Arai, S. / Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Adachi, M. / Ishibashi, M. / Tokunaga, H. / Tokunaga, M.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1861
ポリマ－13,1861
非ポリマー00
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.917, 43.283, 54.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin / TrxA


分子量: 13186.258 Da / 分子数: 1 / 変異: N21Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: trxA, trxA1_1, trxA1_2, VNG_6073G, VNG_6453G / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O46709
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer (pH8.5), 2.0 M ammonium sulfate, 12.7 mg/mL of protein
PH範囲: 8 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 13317 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.79 / Net I/av σ(I): 12.9 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Num. unique obs: 647 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.154 / Rrim(I) all: 0.413 / Χ2: 1.345 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E0Q

2e0q


解像度: 1.6→32.71 Å / SU ML: 0.0745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3461
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1867 662 4.99 %Random selection
Rwork0.1766 ---
obs0.1771 13275 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 0 94 946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0511257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0555149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.323740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.720.24141260.19952482X-RAY DIFFRACTION99.92
1.72-1.90.2091330.18182471X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.170.20011290.18142509X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.730.17921350.18152523X-RAY DIFFRACTION100
2.73-32.710.17011390.16712628X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.8646478415 Å / Origin y: 26.4296171813 Å / Origin z: 22.4906493733 Å
111213212223313233
T0.0472041998018 Å2-0.00331623524155 Å2-0.00421894634038 Å2-0.0676832374691 Å2-0.00835781043977 Å2--0.0600547714676 Å2
L2.48942215389 °2-0.426305158421 °2-0.623362132825 °2-2.42528371364 °20.214532616104 °2--2.69651504758 °2
S-0.0313716851468 Å °0.0349230934543 Å °-0.0768250833243 Å °0.0494052974813 Å °0.00960098187698 Å °0.00369682524833 Å °0.053748820309 Å °-0.0548245342948 Å °-0.00858592150225 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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