登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ggn |
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タイトル | Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta-pNP |
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要素 | Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferease / O-mannosylation / alpha-dystroglycan |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective POMGNT1 causes MDDGA3, MDDGB3 and MDDGC3 / O-結合型グリコシル化 / localization of cell / reactive gliosis / protein O-linked mannosylation / O-glycan processing / acetylglucosaminyltransferase activity / basement membrane organization / dentate gyrus development ...beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective POMGNT1 causes MDDGA3, MDDGB3 and MDDGC3 / O-結合型グリコシル化 / localization of cell / reactive gliosis / protein O-linked mannosylation / O-glycan processing / acetylglucosaminyltransferase activity / basement membrane organization / dentate gyrus development / protein O-linked glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / 髄鞘 / sensory perception of sound / 遺伝子発現 / manganese ion binding / carbohydrate binding / ゴルジ体 / 生体膜類似検索 - 分子機能 Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1, PANDER-like domain / GG-type lectin domain profile. / Glycosyl transferase, family 13 / ILEI/PANDER domain / GNT-I family / Interleukin-like EMT inducer / Nucleotide-diphospho-sugar transferases類似検索 - ドメイン・相同性 Chem-LEC / Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.211 Å |
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データ登録者 | Kuwabara, N. / Senda, T. / Kato, R. |
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資金援助 | 日本, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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JSPS | 26840029 | 日本 | JSPS | 16K07284 | 日本 |
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Carbohydrate-binding domain of the POMGnT1 stem region modulates O-mannosylation sites of alpha-dystroglycan 著者: Kuwabara, N. / Manya, H. / Yamada, T. / Tateno, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Akasaka-Manya, K. / Hirose, Y. / Mizuno, M. / Ikeguchi, M. / Toda, T. / Hirabayashi, J. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R. |
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履歴 | 登録 | 2016年6月16日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2016年8月10日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2016年8月31日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2020年7月29日 | Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 1.3 | 2023年11月8日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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