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万見
- PDB-5fai: EMG1 N1-Specific Pseudouridine Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fai
タイトルEMG1 N1-Specific Pseudouridine Methyltransferase
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1リボソームRNA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / EMG1 / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleologenesis / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / blastocyst development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing ...nucleologenesis / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / blastocyst development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / 染色体 / rRNA binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DONG, A. / ZENG, H. / LI, Y. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: EMG1 N1-Specific Pseudouridine Methyltransferase
著者: ZENG, H. / DONG, A. / LI, Y. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,13616
ポリマ－25,3681
非ポリマー76915
水2,846158
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
ヘテロ分子

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,27232
ポリマ－50,7352
非ポリマー1,53730
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.118, 86.118, 125.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

21A-534-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / リボソームRNA / 18S rRNA (pseudouridine(1248)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1248 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1248)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1248 methyltransferase / Nucleolar protein EMG1 homolog / Protein C2f / Ribosome biogenesis protein NEP1


分子量: 25367.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMG1, C2F / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RIL
参照: UniProt: Q92979, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M di-NH4 Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26058 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.294 / Net I/av σ(I): 26.862 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 181554
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.837.10.91212700.80.3630.9820.954100
1.83-1.867.10.78412710.8320.3130.8450.956100
1.86-1.97.10.66212650.880.2640.7140.997100
1.9-1.947.10.5412610.9210.2150.5821.019100
1.94-1.987.10.44712790.9320.1780.4821.042100
1.98-2.037.10.36612910.9620.1460.3941.057100
2.03-2.087.10.312750.9710.120.3231.097100
2.08-2.137.10.23912770.9780.0950.2581.095100
2.13-2.27.10.21812840.9780.0870.2351.128100
2.2-2.277.10.18712850.9870.0750.2011.106100
2.27-2.357.10.15212820.9930.0610.1641.117100
2.35-2.447.10.13712920.9930.0550.1481.163100
2.44-2.557.10.11912920.9930.0480.1281.186100
2.55-2.6970.113000.9960.040.1081.154100
2.69-2.8670.09113110.9960.0360.0981.311100
2.86-3.0870.07813130.9960.0320.0841.734100
3.08-3.396.80.06713210.9970.0280.0722.345100
3.39-3.886.70.05913350.9970.0240.0642.682100
3.88-4.886.60.03613660.9990.0150.0391.532100
4.88-506.30.03114880.9990.0130.0341.25899.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å64.02 Å
Translation1.85 Å64.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V3K

2v3k


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.208 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1833 807 3.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1684 25185 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.44 Å2 / Biso mean: 23.676 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.23 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 85 162 1836
Biso mean--27.6 34.68 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.412.0182481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73934024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7275234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82823.63666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7915301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2820.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4592.229900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4572.23898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2773.3361137
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 50 -
Rwork0.236 1805 -
all-1855 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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