PDB-5f3c: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3c

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3c.cif.gz	590.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3c.ent.gz	488 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5f3c_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f3c_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5f3c_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	5f3c_validation.cif.gz	88.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4y-3 6h4q-2 6h4x-1 5f3e-3 6h4v-4 6cg1-3 5f3g-4 5f32-2 6h4r-4 6h4w-4 6h4s-3 5f3e-1 6h4t-3 5f2w-2 6h4x-3 6h4s-1 6h4t-4 2oq7-1 3rvh-2 6h4t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.101, 101.725, 142.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

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非ポリマー , 6種, 1066分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5U8 / 8-[4-[2-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 378.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉FN₆O
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→49.35 Å / Num. obs: 101106 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 47.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.06→2.11 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.06→49.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9638 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9583 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU R_free Blow DPI: 0.141 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.139

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1955	5087	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1606	-	-	-
obs	0.1624	101081	99.93 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0617 Å²	0 Å²	-3.1728 Å²
2-	-	-1.3215 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2598 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.215 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.06→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10919	0	171	1041	12131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11518	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	15673	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3712	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		221	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1878	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11518	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.37
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1446	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		13	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14135	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	380	5.13 %
R_work	0.2285	7029	-
all	0.2304	7409	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5274	-1.6687	1.9941	4.2305	1.5876	0.6265	-0.0418	-0.0505	-0.3937	-0.2427	0.0324	-0.3226	0.5156	0.2528	0.0094	0.0647	0.1374	0.1061	-0.1263	0.0942	0.0124	8.8888	-9.9258	-15.4162
2	3.5768	1.2446	-2.1337	2.4097	-1.4163	3.0364	-0.2183	-0.1539	-0.0761	-0.3337	0.0534	-0.4403	0.3955	0.2753	0.165	-0.0946	-0.025	-0.0984	-0.0284	0.0011	-0.1487	5.1685	8.044	-18.4264
3	2.1355	-0.4834	-0.9748	0.8518	0.775	1.9986	0.022	0.0593	0.3221	-0.0404	0.0465	-0.0969	-0.2883	-0.1067	-0.0685	-0.0756	-0.0274	-0.0423	-0.0369	0.0708	0.0979	-1.8419	21.5981	-17.9015
4	2.1851	-0.5491	-1.1395	2.1353	0.7276	2.8909	-0.1012	-0.0625	0.1183	-0.155	0.0479	-0.1555	0.1818	0.3147	0.0532	-0.1198	-0.0351	-0.0426	-0.0828	0.0255	-0.0845	2.1938	9.9331	-16.8028
5	3.5405	-0.216	-0.6731	0.2115	-0.5123	0.0797	-0.0434	0.1845	0.0224	-0.0996	0.0254	0.1762	0.2016	-0.0111	0.0179	0.0069	-0.0527	-0.0682	-0.0078	0.0478	-0.0316	-3.3974	8.0766	-20.4934
6	4.7483	0.8845	-1.9164	2.4295	-1.1348	2.8107	-0.1083	-0.3156	-0.2498	-0.1198	0.0488	0.1623	0.4633	-0.0511	0.0595	-0.0032	-0.0373	-0.0523	-0.0345	0.0507	-0.0493	-5.3603	1.5491	-11.5261
7	2.5175	0.0177	-1.3976	2.5774	-0.3753	2.2244	-0.1893	-0.1092	-0.1241	-0.1037	0.0827	0.2336	0.2495	-0.0171	0.1066	-0.0771	-0.03	-0.0587	-0.0559	0.0525	-0.0718	-6.0084	4.3845	-10.9351
8	2.0215	2.4431	0.3274	0.0834	1.1973	1.3381	-0.1681	0.3619	-0.5756	-0.3101	-0.0149	0.2485	0.4844	-0.2838	0.1831	0.156	-0.1464	0.0166	-0.173	-0.0462	0.0181	-12.3096	-13.0431	-22.8617
9	5.3345	0.3108	1.4854	1.8664	1.2483	1.9751	0.0476	-0.3727	-0.4512	0.3329	0.0238	0.3531	0.5537	-0.6005	-0.0714	0.0373	-0.0913	0.0472	-0.0476	0.0365	-0.1271	3.8457	-46.2117	-57.51
10	3.7869	0.9954	-3.2181	2.9437	-0.6617	5.6656	-0.1266	-0.3559	0.3653	0.347	0.0876	0.2492	-0.3233	-0.3228	0.0389	-0.0347	0.1525	0.024	0.0084	-0.1285	-0.0952	9.8018	-22.0492	-48.0506
11	4.6797	0.2637	-1.5157	2.1488	0.8486	4.5265	-0.0429	-0.1896	0.53	-0.1102	0.0605	0.1338	-0.5407	-0.2964	-0.0176	-0.0028	0.144	-0.0345	-0.1552	-0.078	-0.0275	12.5769	-17.951	-59.2072
12	2.4806	0.0935	-0.5645	1.9959	0.5773	2.5749	-0.0718	-0.2945	0.0171	0.2614	0.0864	-0.1602	0.2156	-0.0347	-0.0147	-0.0303	0.0618	-0.0445	-0.0805	-0.0329	-0.1486	15.9346	-33.4207	-56.0412
13	3.137	-2.2689	0.0878	1.915	-1.6838	2.0941	-0.1295	-0.5788	-0.5707	0.4831	0.0347	-0.4324	0.5059	0.4288	0.0948	0.1508	0.1449	-0.1137	-0.1751	0.055	-0.0666	24.8305	-51.5535	-50.4984
14	0.8709	1.1928	-1.3253	4.54	2.9319	-0.4557	0.0628	-0.0413	0.2477	-0.0478	0.0825	0.1605	-0.4395	-0.0167	-0.1453	0.1082	0.0268	0.1706	-0.1175	-0.025	0.0516	25.373	-44.1907	-9.128
15	1.8504	-0.504	-0.1502	3.2206	1.8847	2.1386	0.2153	0.1076	0.1934	-0.4551	-0.1915	0.3173	-0.4872	-0.2771	-0.0237	-0.0504	-0.0103	0.0817	-0.1253	-0.0054	-0.0844	26.5892	-58.0556	-16.4512
16	1.9803	-0.7192	0.267	1.775	0.9796	1.9149	0.0733	0.1667	0.0151	0.0721	0.0191	0.0547	0.0721	0.1138	-0.0924	-0.0237	-0.0512	-0.0073	-0.0023	-0.0353	-0.0113	33.5673	-75.6584	-16.5781
17	3.6164	1.2087	0.9452	1.6609	-0.8565	2.8645	0.0067	-0.3515	-0.0511	0.5305	0.1808	0.1272	0.0326	-0.0806	-0.1875	0.0262	-0.08	0.0593	0.0183	-0.0248	-0.0581	30.3807	-72.2539	-0.9974
18	1.2311	0.0918	-0.2374	1.1957	-0.2003	3.6679	0.0791	0.3159	0.0687	-0.2716	0.0549	-0.0378	-0.2211	-0.105	-0.134	-0.0022	-0.0588	0.0196	-0.0139	-0.0158	-0.0455	29.6394	-68.3972	-18.3171
19	2.0975	-0.3478	-0.0025	1.9167	0.7189	1.7208	0.1609	0.0913	0.3118	-0.2884	0.1144	-0.1939	-0.3497	0.1311	-0.2754	-0.0319	-0.0697	0.1304	-0.1259	-0.0523	-0.0626	36.1763	-57.8756	-13.9416
20	3.4418	2.3136	-1.5046	5.3489	-1.3664	3.9817	-0.0016	0.4764	0.4827	-0.3765	0.1171	-0.176	-0.3993	0.3959	-0.1156	0.1151	-0.1625	0.2018	-0.1748	0.0499	-0.1225	43.8556	-42.5145	-23.7403
21	1.0533	0.3725	-2.4376	4.8229	-0.6434	0.2931	0.0988	-0.0128	0.2167	-0.1617	-0.0598	-0.3158	-0.5234	0.1434	-0.039	-0.0304	-0.0272	0.0449	-0.0377	0.0484	0.0174	44.705	20.4917	-59.139
22	1.3544	0.2281	0.2319	2.2695	-0.6003	1.473	0.067	0.0284	0.0529	-0.0198	-0.0974	-0.4053	-0.0538	0.3598	0.0304	-0.1103	0.04	0.0012	-0.0342	0.0122	-0.0546	44.0462	5.98	-53.6516
23	3.8576	-0.1326	0.8245	1.2928	0.3472	1.4434	0.0142	-0.129	-0.2064	-0.1444	-0.001	-0.3061	0.3809	0.1154	-0.0132	0.0314	0.0994	-0.0487	-0.0763	0.0256	0.0778	37.7813	-12.0077	-54.4153
24	1.8931	0.2187	0.6861	2.0196	0.2903	1.8834	0.0742	0.1367	-0.1908	-0.016	-0.0285	-0.3022	0.2564	0.4333	-0.0457	-0.1142	0.0638	0.0035	-0.043	0.0123	-0.0447	41.9734	-0.7948	-56.0752
25	1.4772	0.2993	0.0239	0.4111	-1.0578	-0.0336	0.0632	-0.1194	-0.1763	0.0778	-0.143	-0.1714	0.0534	0.2304	0.0798	-0.0082	0.0641	-0.048	-0.0139	0.0006	-0.0082	36.869	0.4874	-51.5837
26	1.3003	0.2838	0.2235	0.9593	-0.0799	1.4175	0.086	0.0571	-0.0021	-0.0808	-0.0552	-0.0629	0.0492	0.0296	-0.0308	-0.0104	0.0412	-0.0199	-0.0388	-0.0046	-0.0297	32.0967	6.09	-58.1328
27	1.2711	-0.7818	-0.0382	0.0007	1.2985	3.1578	0.1529	-0.3024	0.2005	0.0483	-0.1388	-0.0919	-0.3366	-0.2944	-0.0142	0.0202	0.0265	-0.0154	-0.0252	-0.0308	-0.0223	26.7392	19.9603	-42.7175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|11 - 36}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|37 - 78}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|79 - 102}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|103 - 164}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|165 - 190}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|191 - 226}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|227 - 293}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|294 - 354}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|11 - 53}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|54 - 78}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|79 - 124}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|125 - 293}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|294 - 354}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|6 - 26}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|27 - 78}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{C\|79 - 102}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{C\|103 - 124}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{C\|125 - 144}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{C\|145 - 293}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{C\|294 - 354}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{D\|5 - 26}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{D\|27 - 78}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{D\|79 - 102}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{D\|103 - 160}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{D\|161 - 190}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{D\|191 - 293}
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{D\|294 - 353}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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