+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f2s | ||||||
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Title | Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 15 | ||||||
Components | Lysine-specific demethylase 4A | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08 Å | ||||||
Authors | Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2016 Title: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors. Authors: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, ...Authors: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. / Velupillai, S. / Krojer, T. / England, K.S. / Sejberg, J. / Thai, C. / Donovan, A. / Pal, A. / Scozzafava, G. / Bennett, J.M. / Kawamura, A. / Johansson, C. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Walters, Z. / Shipley, J. / Raynaud, F.I. / Westaway, S.M. / Prinjha, R.K. / Fedorov, O. / Burke, R. / Schofield, C.J. / Westwood, I.M. / Bountra, C. / Muller, S. / van Montfort, R.L. / Brennan, P.E. / Blagg, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f2s.cif.gz | 592.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f2s.ent.gz | 488.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5f2s_validation.pdf.gz | 502.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5f2s_full_validation.pdf.gz | 509 KB | Display | |
Data in XML | 5f2s_validation.xml.gz | 59.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5f2s_validation.cif.gz | 86.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5f2wC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41854.617 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / Plasmid: pNIC28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta2 References: UniProt: O75164, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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-Non-polymers , 6 types, 993 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-5TZ / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-DMS / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→57.82 Å / Num. obs: 95776 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.13 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OQ7 Resolution: 2.08→56.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9585 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9509 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143
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Displacement parameters | Biso mean: 39.24 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.209 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.08→56.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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