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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ezo | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of PfCyRPA in complex with an invasion-inhibitory antibody Fab. | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / MALARIA INHIBITORY ANTIBODY / FAB / cyrpa | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Favuzza, P. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate antigen CyRPA and its complex with a parasite invasion inhibitory antibody. 著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. ...著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Matile, H. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ezo.cif.gz | 322.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ezo.ent.gz | 260.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ezo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23676.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23581.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 抗体 | 分子量: 39316.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PFD1130w / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8IFM8 |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 17 % PEG 5000 MME, 0.2 M NDSB-201 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.63→43 Å / Num. obs: 11401 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.184 Å2 / CC1/2: 0.921 / Rmerge(I) obs: 0.497 / Rrim(I) all: 0.595 / Χ2: 0.759 / Net I/σ(I): 2.63 / Num. measured all: 37178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ezi, 5ezn 解像度: 3.63→43 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.29 Å2 / Biso mean: 70.7961 Å2 / Biso min: 33.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.63→43 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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