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- PDB-5ews: Sugar binding protein - human galectin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ews
タイトルSugar binding protein - human galectin-2
要素Galectin-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lactose (ラクトース) / galectin
機能・相同性
機能・相同性情報


galectin complex / galactoside binding / T cell homeostasis / 細胞接着 / positive regulation of inflammatory response / carbohydrate binding / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Su, J.Y. / Si, Y.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31500637 中国
Drug Discovery Found of Jilin Province20150311057YY 中国
引用ジャーナル: Acta Biochim. Biophys. Sin. (Shanghai) / 年: 2016
タイトル: Human galectin-2 interacts with carbohydrates and peptides non-classically: new insight from X-ray crystallography and hemagglutination.
著者: Si, Y. / Feng, S. / Gao, J. / Wang, Y. / Zhang, Z. / Meng, Y. / Zhou, Y. / Tai, G. / Su, J.
履歴
登録2015年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Galectin-2
A: Galectin-2
C: Galectin-2
D: Galectin-2
E: Galectin-2
F: Galectin-2
G: Galectin-2
H: Galectin-2
I: Galectin-2
J: Galectin-2
K: Galectin-2
L: Galectin-2
M: Galectin-2
N: Galectin-2
O: Galectin-2
P: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,80424
ポリマ－237,06616
非ポリマー2,7388
水7,656425
1
B: Galectin-2
N: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
2
A: Galectin-2
M: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
3
C: Galectin-2
K: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
4
D: Galectin-2
L: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
5
E: Galectin-2
H: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
6
F: Galectin-2
G: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
7
I: Galectin-2
O: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
8
J: Galectin-2
P: Galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9763
ポリマ－29,6332
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.401, 106.943, 121.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111CHAIN AA1 - 134
211CHAIN BB1 - 134
311CHAIN CC1 - 134
411CHAIN DD1 - 134
511CHAIN EE1 - 134
611CHAIN FF1 - 134
711CHAIN GG1 - 134
811CHAIN HH1 - 134
911CHAIN II1 - 134
1011CHAIN JJ1 - 134
1111CHAIN KK1 - 134
1211CHAIN LL1 - 134
1311CHAIN MM1 - 134
1411CHAIN NN1 - 134
1511CHAIN OO1 - 134
1611CHAIN PP1 - 134

-
要素

#1: タンパク質
Galectin-2 / / Gal-2 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-II / HL14 / Lactose-binding lectin 2 / S-Lac lectin 2


分子量: 14816.615 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05162
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2→48.95 Å / Num. obs: 127534 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.7

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→48.946 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 2027 1.59 %
Rwork0.2137 --
obs0.2145 127532 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.97 Å2 / Biso mean: 31.9803 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16264 0 184 425 16873
Biso mean--37.54 34.33 -
残基数----2096
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
12B7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
13C7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
14D7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
15E7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
16F7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
17G7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
18H7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
19I7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
110J7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
111K7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
112L7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
113M7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
114N7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
115O7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL
116P7203X-RAY DIFFRACTION13.763TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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