PDB-5mwt: Galectin-1 in Complex with Ligand JB97

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mwt

タイトル

Galectin-1 in Complex with Ligand JB97

要素

Galectin-1

キーワード

TRANSFERASE / Sucrose Phosphorylase / bisp / Bifidobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.711 Å

データ登録者

Grimm, C. / Bechold, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the redesign of a sucrose phosphorylase by induced loop repositioning
著者: Grimm, C. / Bechold, J.

履歴

登録	2017年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mwt.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mwt.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/5mwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/5mwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4q1p-d 5mwx-d 4q2f-d 3oyw-d 4q27-d 4y1y-d 6m5y-d 4xbl-d 3wud-1 1w6q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.290, 58.250, 111.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1 分子量: 14756.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-JB9 / ~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-[[1-[[3-[(~{Z})-3-[bis(azanyl)methylideneamino]prop-1-enyl]phenyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-2-prop-2-enoxy-oxan-3-yl]ethanamide / JB97 分子量: 691.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₅N₇O₁₁
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, PH 7.5,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.711→60 Å / Num. obs: 30672 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 9.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2443	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.711→51.603 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	1493	4.87 %
R_work	0.2047	-	-
obs	0.206	30671	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.64 Å² / B_iso mean: 34.5841 Å² / B_iso min: 16.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.711→51.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	111	184	2358
B_iso mean	-	-	69.55	39.72	-
残基数	-	-	-	-	266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	3184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.29	1465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7107-1.7659	0.3764	152	0.353	2560	2712	98
1.7659-1.829	0.3122	143	0.3375	2591	2734	98
1.829-1.9022	0.3221	124	0.3182	2647	2771	99
1.9022-1.9888	0.2735	133	0.2769	2616	2749	99
1.9888-2.0937	0.3091	126	0.2215	2645	2771	99
2.0937-2.2249	0.2318	136	0.2089	2640	2776	99
2.2249-2.3966	0.2157	119	0.1997	2643	2762	99
2.3966-2.6378	0.2088	129	0.2019	2693	2822	100
2.6378-3.0195	0.2179	160	0.2026	2669	2829	99
3.0195-3.804	0.2276	128	0.1709	2689	2817	97
3.804-51.6267	0.1933	143	0.1692	2785	2928	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4126	4.9657	2.9945	5.9979	-0.0833	7.022	0.2579	-0.1637	-0.2244	-0.024	-0.104	-0.0003	0.6636	0.1814	-0.085	0.2789	0.0426	0.0072	0.1619	-0.0552	0.2494	13.6081	11.4429	17.6515
2	2.1313	-4.2242	6.0327	5.8521	-1.4911	8.2611	0.3568	0.0917	-0.4628	-0.6478	-0.1892	0.3957	0.1591	-0.0655	-0.1776	0.2588	-0.0483	-0.0248	0.1918	0.0348	0.2587	5.6745	18.4514	3.5793
3	1.1247	0.2052	0.2426	2.923	-0.8712	5.1054	0.0042	0.0166	0.134	0.0683	0.096	0.1818	-0.4138	-0.2065	-0.0827	0.2361	-0.013	0.0455	0.1814	-0.0053	0.2033	5.6955	26.2362	15.6873
4	5.0802	-0.3391	2.1089	4.1777	0.427	3.5168	0.1641	-0.0314	-0.0617	-0.1589	-0.0676	-0.1734	0.0624	0.1778	-0.0628	0.2198	-0.0656	0.039	0.1994	0.0092	0.2102	15.1457	23.0244	9.0252
5	0.281	-0.3991	-1.8653	1.0614	4.7951	2.0136	0.1217	-0.0093	-0.0253	-0.0844	-0.0226	0.0141	-1.0496	0.0651	-0.1114	0.3516	-0.0731	0.0351	0.2799	-0.0086	0.2222	16.6524	28.3001	9.1258
6	2.3036	-1.315	-1.4086	5.9527	-1.2481	1.8958	-0.1951	-0.089	-0.0959	0.6885	0.2345	-0.346	-0.1358	0.3813	-0.0893	0.2704	-0.0103	-0.0092	0.2188	-0.0128	0.1771	11.9844	17.7529	21.1952
7	2.0388	-7.1609	2.804	9.71	-2.4101	7.3991	-0.008	0.4081	-0.0831	0.0401	0.1095	0.4205	0.1391	0.322	0.0605	0.2922	-0.0307	-0.0143	0.1872	-0.0005	0.2984	11.054	12.0706	6.8397
8	5.6527	2.1582	2.4841	4.4885	4.7537	8.1604	0.1845	0.0425	0.2488	0.1965	-0.1097	-0.1095	-0.085	-0.0576	-0.0977	0.2295	-0.0292	-0.0198	0.1344	0.031	0.2139	4.6081	2.8668	10.8967
9	4.2254	0.5679	-1.0444	3.8543	-0.9674	2.4026	-0.0106	-0.2685	0.0408	0.3053	-0.0061	-0.3744	0.0156	0.2179	0.0043	0.2077	0.0047	-0.0368	0.1809	-0.0366	0.165	13.1964	-5.536	14.7666
10	9.1935	1.2359	-2.5116	2.0247	0.9209	8.0178	0.2337	-0.9867	-0.0629	1.1018	0.0951	-0.7539	0.5443	0.1234	-0.2402	0.3625	0.047	-0.0827	0.3316	0.0315	0.3143	21.8313	-16.7536	18.7783
11	9.6644	-1.7148	-5.4162	2.1047	0.9916	3.5261	-0.2518	-0.2305	-0.3911	0.2599	0.0266	0.1231	0.3433	0.1249	0.214	0.2757	0.0034	0.0155	0.1968	0.0058	0.1928	8.4082	-15.7807	15.8046
12	4.5932	1.7998	2.3444	4.9936	-0.7534	4.1439	-0.4329	0.1243	0.7707	-0.0901	0.0276	-1.2096	-0.0521	0.34	0.3769	0.2115	0.0388	-0.022	0.2492	-0.0385	0.385	21.3244	-6.6638	7.4622
13	8.9495	-0.2394	1.8466	9.3235	0.327	5.9637	-0.0703	0.3943	-0.1142	-0.5667	0.0857	0.2544	0.2666	-0.285	-0.0376	0.2291	-0.014	-0.0043	0.1927	-0.0032	0.1533	4.1237	-9.2442	2.9747
14	2.8306	-0.2986	-1.569	2.5171	-0.0147	2.1107	-0.0792	0.2179	-0.1407	-0.1163	0.0418	0.0885	0.1893	-0.1579	0.0132	0.1747	-0.024	-0.0249	0.1496	-0.0082	0.108	5.4099	-9.854	6.7206
15	9.5515	-0.3793	0.494	6.9146	-2.842	3.5207	0.1416	-0.0961	0.1216	0.1045	0.0223	-0.2681	0.2595	0.2974	-0.1136	0.222	0.0014	-0.0129	0.1469	-0.0752	0.174	14.3074	1.6922	11.9497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )	A	2 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 29 )	A	17 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 76 )	A	30 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 99 )	A	77 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 109 )	A	100 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 124 )	A	110 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 134 )	A	125 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 15 )	B	2 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 17 through 48 )	B	17 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 56 )	B	49 - 56
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 57 through 76 )	B	57 - 76
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 77 through 89 )	B	77 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 99 )	B	90 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 100 through 118 )	B	100 - 118
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 119 through 134 )	B	119 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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