PDB-5end: Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5end

タイトル

Crystal structure of beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (FabG)(Q152A) from Vibrio cholerae

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID /

Vibrio cholerae (コレラ菌) / FabG / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding /

NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Hou, J. / Cooper, D.R. / Zheng, H. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2015年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Data collection
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5end.cif.gz	173 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5end.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5end.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5end ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/5end	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3op4C 3rroC 3rshC 3tzcC 3tzkC 3u09C 4i08C 4wjzC 4wk6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3grp-d 2bd0-d 4osp-d 4eso-d 1ahh-1 5h5x-2 6ihh-1 2pr2-1 2hq1-1 1kp5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.995, 63.995, 190.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	5 - 86
2	1	1	1	B	5 - 86
1	1	2	1	A	107 - 142
2	1	2	1	B	107 - 142
1	1	3	1	A	154 - 187
2	1	3	1	B	154 - 187
1	1	4	1	A	212 - 242
2	1	4	1	B	212 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta- ...3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 26028.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Q152A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: fabG, VC_2021 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: Q9KQH7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5 % / 数: 72363 / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 0.86 / D res high: 2.55 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14503 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.92	50	1	0.035	1.098	4.6
5.49	6.92	1	0.049	0.768	5
4.8	5.49	1	0.05	0.803	5
4.36	4.8	1	0.054	1.139	5
4.05	4.36	1	0.063	1.085	5
3.81	4.05	1	0.074	0.952	5
3.62	3.81	1	0.097	1.369	5
3.46	3.62	1	0.086	0.845	5
3.33	3.46	1	0.108	0.843	5
3.21	3.33	1	0.151	0.769	5
3.11	3.21	1	0.179	0.736	5
3.02	3.11	1	0.21	0.757	5
2.94	3.02	1	0.254	0.741	5
2.87	2.94	1	0.287	0.734	5
2.81	2.87	1	0.381	0.769	5
2.75	2.81	1	0.376	0.765	5
2.69	2.75	1	0.479	0.728	5.1
2.64	2.69	1	0.617	0.786	5
2.59	2.64	1	0.63	0.789	5
2.55	2.59	1	0.755	0.779	5

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.892
1	1	K, H, -L	2	0.108

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 14503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.862 / Net I/av σ(I): 15.355 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 72363

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.55-2.59	5	0.755	698	0.659	0.374	0.844	0.779	100
2.59-2.64	5	0.63	734	0.748	0.313	0.705	0.789	100
2.64-2.69	5	0.617	734	0.719	0.307	0.691	0.786	100
2.69-2.75	5.1	0.479	702	0.842	0.234	0.535	0.728	100
2.75-2.81	5	0.376	738	0.902	0.186	0.42	0.765	100
2.81-2.87	5	0.381	715	0.883	0.188	0.426	0.769	100
2.87-2.94	5	0.287	728	0.918	0.141	0.321	0.734	100
2.94-3.02	5	0.254	724	0.939	0.124	0.284	0.741	100
3.02-3.11	5	0.21	707	0.958	0.103	0.235	0.757	100
3.11-3.21	5	0.179	742	0.97	0.087	0.2	0.736	100
3.21-3.33	5	0.151	711	0.964	0.074	0.168	0.769	100
3.33-3.46	5	0.108	732	0.981	0.052	0.12	0.843	100
3.46-3.62	5	0.086	728	0.985	0.042	0.096	0.845	100
3.62-3.81	5	0.097	726	0.98	0.047	0.108	1.369	100
3.81-4.05	5	0.074	728	0.99	0.036	0.083	0.952	100
4.05-4.36	5	0.063	718	0.989	0.031	0.071	1.085	99.7
4.36-4.8	5	0.054	723	0.989	0.026	0.06	1.139	99.7
4.8-5.49	5	0.05	731	0.996	0.023	0.055	0.803	99.7
5.49-6.92	5	0.049	734	0.996	0.023	0.055	0.768	100
6.92-50	4.6	0.035	750	0.993	0.017	0.039	1.098	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→47.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 21.916 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2548	667	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2061	-	-	-
obs	0.2084	13264	96.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.77 Å² / B_iso mean: 44.008 Å² / B_iso min: 14.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.11 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3211	0	6	49	3266
B_iso mean	-	-	43.91	30.82	-
残基数	-	-	-	-	454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.963	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.069	3	7184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.185	5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.851	24.336	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.206	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.299	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.764	2.176	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.763	2.176	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.353	3.257	2252

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1135	3.89
2	555	4.07
3	462	2.36
4	452	2.2

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	39	-
R_work	0.249	711	-
all	-	750	-
obs	-	-	72.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6205	0.4264	-0.3088	3.9578	-0.3387	2.8466	0.4662	-0.3286	0.1367	0.5496	-0.3876	0.2846	-0.1076	-0.1962	-0.0786	0.1977	-0.1942	0.0969	0.2581	-0.1042	0.0541	10.5687	-12.8447	20.2751
2	1.0902	0.8407	-0.3222	2.9074	0.6608	2	0.2623	-0.2445	0.01	0.4569	-0.2637	0.0359	-0.0466	-0.0352	0.0014	0.203	-0.1367	-0.0015	0.2929	-0.0036	0.0503	25.7852	-7.855	16.1707
3	2.962	-1.2702	0.4165	4.5909	-1.2524	1.4193	-0.0207	-0.1129	0.4443	0.5538	-0.0545	0.3341	-0.452	-0.1038	0.0753	0.1901	-0.0382	0.035	0.2331	-0.088	0.164	14.1864	1.7051	5.4935
4	4.3913	0.2696	-0.0863	2.5992	-0.7391	2.5026	0.138	0.1719	-0.2345	0.0777	-0.0851	0.3106	0.263	0.1662	-0.0529	0.1437	0.0566	-0.0755	0.2988	-0.1039	0.1303	9.6417	-15.787	-16.6934
5	2.5537	0.4242	0.3835	1.2139	1.0321	1.6094	0.1681	0.6787	0.0878	-0.2563	-0.1304	0.0532	-0.0641	0.2554	-0.0377	0.1422	0.1451	-0.0325	0.4491	-0.0123	0.0183	18.1239	-4.7735	-20.6963
6	3.5739	-0.9969	1.0213	3.241	-1.1347	2.0435	0.2297	0.3049	-0.1815	-0.2745	-0.277	-0.1781	0.3376	0.3594	0.0472	0.1528	0.0395	-0.0041	0.3122	-0.0573	0.0653	22.8493	-11.1698	-6.3699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	55 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	165 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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