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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ebh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure HEW Lysozyme processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycosylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016 タイトル: Automated harvesting and processing of protein crystals through laser photoablation. 著者: Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquette, J.P. / Papp, G. / Landret, C. / Seroul, G. / Sinoir, J. / Rower, M. / Felisaz, F. / Rodriguez-Puente, S. / Mariaule, V. / Murphy, P. / ...著者: Zander, U. / Hoffmann, G. / Cornaciu, I. / Marquette, J.P. / Papp, G. / Landret, C. / Seroul, G. / Sinoir, J. / Rower, M. / Felisaz, F. / Rodriguez-Puente, S. / Mariaule, V. / Murphy, P. / Mathieu, M. / Cipriani, F. / Marquez, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ebh.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ebh.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ebh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5amwC 5amxC 5amzC 5an4C 5andC 5aneC 5angC 5aniC 5anjC 5ankC 5anlC 5anoC 5dwpC 4b0dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystallization experiments were carried out at the High Throughput Crystallization Laboratory of the EMBL Grenoble Outstation (https://embl.fr/htxlab) using the sitting-drop vapour diffusion ...詳細: Crystallization experiments were carried out at the High Throughput Crystallization Laboratory of the EMBL Grenoble Outstation (https://embl.fr/htxlab) using the sitting-drop vapour diffusion method and CrystalDirect plates . Crystallization experiments were set up with 100 nl of sample and 100 nl of crystallization solution on the inner surface of the films within a CrystalDirect plate with a Cartesian PixSys robot (Cartesian Technologies). The crystallization solution was 0.1 M sodium acetate, pH=4.6 and 1.25 M sodium chloride. PH範囲: 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→19.7 Å / Num. obs: 37274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4b0d 解像度: 1.2→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.983 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.2→19.7 Å
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拘束条件 |
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